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万見
- PDB-6kuv: Structure of influenza D virus polymerase bound to cRNA promoter ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kuv
タイトルStructure of influenza D virus polymerase bound to cRNA promoter in class 2
要素
  • 3'-cRNA
  • 5'-cRNA
  • Polymerase 3ポリメラーゼ
  • Polymerase PB2
  • RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA (ウイルス性) / influenza D virus (D型インフルエンザウイルス) / polymerase (ポリメラーゼ) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / VIRAL PROTEIN-RNA complex (ウイルス性) / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / : / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region ...RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / : / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase basic protein 2 / Polymerase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza D virus (インフルエンザウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Peng, Q. / Peng, R. / Qi, J. / Gao, G.F. / Shi, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB08020100 中国
引用
ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Structural insight into RNA synthesis by influenza D polymerase.
著者: Qi Peng / Yuqian Liu / Ruchao Peng / Min Wang / Wei Yang / Hao Song / Yuhai Chen / Sheng Liu / Min Han / Xinzheng Zhang / Peiyi Wang / Jinghua Yan / Buchang Zhang / Jianxun Qi / Tao Deng / ...著者: Qi Peng / Yuqian Liu / Ruchao Peng / Min Wang / Wei Yang / Hao Song / Yuhai Chen / Sheng Liu / Min Han / Xinzheng Zhang / Peiyi Wang / Jinghua Yan / Buchang Zhang / Jianxun Qi / Tao Deng / George F Gao / Yi Shi /
要旨: The influenza virus polymerase uses capped RNA primers to initiate transcription, and a combination of terminal and internal de novo initiations for the two-step replication process by binding the ...The influenza virus polymerase uses capped RNA primers to initiate transcription, and a combination of terminal and internal de novo initiations for the two-step replication process by binding the conserved viral genomic RNA (vRNA) or complementary RNA (cRNA) promoter. Here, we determined the apo and promoter-bound influenza D polymerase structures using cryo-electron microscopy and found the polymerase has an evolutionarily conserved stable core structure with inherently flexible peripheral domains. Strikingly, two conformations (mode A and B) of the vRNA promoter were observed where the 3'-vRNA end can bind at two different sites, whereas the cRNA promoter only binds in the mode B conformation. Functional studies confirmed the critical role of the mode B conformation for vRNA synthesis via the intermediate cRNA but not for cRNA production, which is mainly regulated by the mode A conformation. Both conformations participate in the regulation of the transcription process. This work advances our understanding of the regulatory mechanisms for the synthesis of different RNA species by influenza virus polymerase and opens new opportunities for antiviral drug design.
#1: ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Structural insight into RNA synthesis by influenza D polymerase.
著者: Qi Peng / Yuqian Liu / Ruchao Peng / Min Wang / Wei Yang / Hao Song / Yuhai Chen / Sheng Liu / Min Han / Xinzheng Zhang / Peiyi Wang / Jinghua Yan / Buchang Zhang / Jianxun Qi / Tao Deng / ...著者: Qi Peng / Yuqian Liu / Ruchao Peng / Min Wang / Wei Yang / Hao Song / Yuhai Chen / Sheng Liu / Min Han / Xinzheng Zhang / Peiyi Wang / Jinghua Yan / Buchang Zhang / Jianxun Qi / Tao Deng / George F Gao / Yi Shi /
要旨: The influenza virus polymerase uses capped RNA primers to initiate transcription, and a combination of terminal and internal de novo initiations for the two-step replication process by binding the ...The influenza virus polymerase uses capped RNA primers to initiate transcription, and a combination of terminal and internal de novo initiations for the two-step replication process by binding the conserved viral genomic RNA (vRNA) or complementary RNA (cRNA) promoter. Here, we determined the apo and promoter-bound influenza D polymerase structures using cryo-electron microscopy and found the polymerase has an evolutionarily conserved stable core structure with inherently flexible peripheral domains. Strikingly, two conformations (mode A and B) of the vRNA promoter were observed where the 3'-vRNA end can bind at two different sites, whereas the cRNA promoter only binds in the mode B conformation. Functional studies confirmed the critical role of the mode B conformation for vRNA synthesis via the intermediate cRNA but not for cRNA production, which is mainly regulated by the mode A conformation. Both conformations participate in the regulation of the transcription process. This work advances our understanding of the regulatory mechanisms for the synthesis of different RNA species by influenza virus polymerase and opens new opportunities for antiviral drug design.
履歴
登録2019年9月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2019年10月2日ID: 6JU3
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB
改定 1.22021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9888
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase 3
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
C: Polymerase PB2
R: 3'-cRNA
V: 5'-cRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,8955
ポリマ－266,8955
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Polymerase 3 / ポリメラーゼ


分子量: 83036.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza D virus (D/swine/Oklahoma/1334/2011) (インフルエンザウイルス)
株: D/swine/Oklahoma/1334/2011 / 遺伝子: P3
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: K9LHJ4
#2: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / polymerase PB1


分子量: 86138.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza D virus (D/swine/Oklahoma/1334/2011) (インフルエンザウイルス)
株: D/swine/Oklahoma/1334/2011 / 遺伝子: PB1
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: K9LH03, RNA依存性RNAポリメラーゼ
#3: タンパク質 Polymerase PB2


分子量: 88480.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza D virus (D/swine/Oklahoma/1334/2011) (インフルエンザウイルス)
株: D/swine/Oklahoma/1334/2011 / 遺伝子: PB2
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: K9LHF3
#4: RNA鎖 3'-cRNA


分子量: 4337.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: RNA鎖 5'-cRNA


分子量: 4902.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of influenza D virus polymerase bound to cRNA promoter in class 2
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Influenza D virus (インフルエンザウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 54216 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00314034
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.78418966
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.3568551
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.052079
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062333

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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