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万見
- PDB-6kig: Structure of cyanobacterial photosystem I-IsiA supercomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kig
タイトルStructure of cyanobacterial photosystem I-IsiA supercomplex
要素
  • (Photosystem I ...光化学系I) x 10
  • Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
  • PsaM
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / Photosystem / Antenna / Chlorophyll-binding protein / Membrane protein (膜タンパク質) / iron stress-induced protein A
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthetic electron transport chain / 光化学系I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthetic electron transport chain / 光化学系I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI ...Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / PsaD / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Β-カロテン / クロロフィルa / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / フィロキノン / 鉄・硫黄クラスター / Chem-SQD / Iron stress-induced chlorophyll-binding protein / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit VIII ...Β-カロテン / クロロフィルa / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / フィロキノン / 鉄・硫黄クラスター / Chem-SQD / Iron stress-induced chlorophyll-binding protein / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I iron-sulfur center
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Cao, P. / Cao, D.F. / Si, L. / Su, X.D. / Chang, W.R. / Liu, Z.F. / Zhang, X.Z. / Li, M.
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2020
タイトル: Structural basis for energy and electron transfer of the photosystem I-IsiA-flavodoxin supercomplex.
著者: Peng Cao / Duanfang Cao / Long Si / Xiaodong Su / Lijin Tian / Wenrui Chang / Zhenfeng Liu / Xinzheng Zhang / Mei Li /
要旨: Under iron-deficiency stress, which occurs frequently in natural aquatic environments, cyanobacteria reduce the amount of iron-enriched proteins, including photosystem I (PSI) and ferredoxin (Fd), ...Under iron-deficiency stress, which occurs frequently in natural aquatic environments, cyanobacteria reduce the amount of iron-enriched proteins, including photosystem I (PSI) and ferredoxin (Fd), and upregulate the expression of iron-stress-induced proteins A and B (IsiA and flavodoxin (Fld)). Multiple IsiAs function as the peripheral antennae that encircle the PSI core, whereas Fld replaces Fd as the electron receptor of PSI. Here, we report the structures of the PSI-IsiA-Fld and PSI-IsiA supercomplexes from Synechococcus sp. PCC 7942, revealing features that are different from the previously reported PSI structures, and a sophisticated pigment network that involves previously unobserved pigment molecules. Spectroscopic results demonstrated that IsiAs are efficient light harvesters for PSI. Three Flds bind symmetrically to the trimeric PSI core-we reveal the detailed interaction and the electron transport path between PSI and Fld. Our results provide a structural basis for understanding the mechanisms of light harvesting, energy transfer and electron transport of cyanobacterial PSI under stressed conditions.
履歴
登録2019年7月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9995
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I reaction center subunit III
I: Photosystem I PsaI protein
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit PsaK
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: PsaM
1: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
2: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
3: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
4: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
5: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
6: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
G: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
H: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
N: Photosystem I iron-sulfur center
O: Photosystem I reaction center subunit II
Q: Photosystem I reaction center subunit IV
R: Photosystem I reaction center subunit III
S: Photosystem I PsaI protein
T: Photosystem I reaction center subunit IX
U: Photosystem I reaction center subunit PsaK
V: Photosystem I reaction center subunit XI
W: PsaM
Y: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
Z: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
a: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
b: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
c: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
d: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
e: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
f: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
g: Photosystem I iron-sulfur center
h: Photosystem I reaction center subunit II
i: Photosystem I reaction center subunit IV
j: Photosystem I reaction center subunit III
k: Photosystem I PsaI protein
l: Photosystem I reaction center subunit IX
m: Photosystem I reaction center subunit PsaK
n: Photosystem I reaction center subunit XI
o: PsaM
q: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
r: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
s: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
t: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
u: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
v: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,103,987897
ポリマ－1,424,54551
非ポリマー679,442846
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem I ... , 10種, 30分子 AGeBHfCNgDOhEQiFRjISkJTlKUmLVn

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / 光化学系I / PsaA


分子量: 83994.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942 / 参照: UniProt: Q31LJ0, 光化学系I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / 光化学系I / PsaB


分子量: 81554.742 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942 / 参照: UniProt: Q31LJ1, 光化学系I
#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 光化学系I / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8807.235 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942 / 参照: UniProt: Q31QV2, 光化学系I
#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II / 光化学系I / PsaD


分子量: 15536.583 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942 / 参照: UniProt: Q31PI7
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV / 光化学系I


分子量: 8147.134 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942 / 参照: UniProt: Q31NL7
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / 光化学系I


分子量: 17125.742 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942 / 参照: UniProt: Q31NT9
#7: タンパク質・ペプチド Photosystem I PsaI protein / 光化学系I / PsaI / Photosystem I subunit VIII


分子量: 4002.733 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942 / 参照: UniProt: P95823
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / 光化学系I / PsaJ


分子量: 4713.585 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942 / 参照: UniProt: Q31NU0
#9: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit PsaK / 光化学系I / Photosystem I subunit X


分子量: 8397.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942 / 参照: UniProt: Q31PR9
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / 光化学系I / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 17302.688 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942 / 参照: UniProt: P95822

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タンパク質・ペプチド / タンパク質 / 糖 , 3種, 39分子 MWo123456YZabcdqrstuv

#11: タンパク質・ペプチド PsaM


分子量: 3239.867 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942 / 参照: 光化学系I
#12: タンパク質
Iron stress-induced chlorophyll-binding protein / CP43'


分子量: 37004.453 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942 / 参照: UniProt: P15347
#18: 糖
ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 8種, 882分子

#13: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 594 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#14: 化合物
ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#15: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#16: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#17: 化合物...
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / Phosphatidylglycerol


分子量: 722.970 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#19: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#20: 化合物...
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#21: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Photosystem I-IsiA supercomplex光化学系I / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア)
株: PCC 7942
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 63332 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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