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- PDB-6k6w: Structure of RNase J2 from Staphylococcus epidermidis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k6w
タイトルStructure of RNase J2 from Staphylococcus epidermidis
要素Ribonuclease J 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Ribonuclease RNase J2
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' RNA exonuclease activity / RNA endonuclease activity / rRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / zinc ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease J, bacteria / Ribonuclease J, C-terminal / Ribonuclease J C-terminal domain / Ribonuclease J / Ribonuclease J, domain 2 / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ribonuclease J 2
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 (表皮ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Raj, R. / Gopal, B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure of RNase J1 from Staphylococcus epidermidis
著者: Raj, R. / Gopal, B.
履歴
登録2019年6月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease J 2
B: Ribonuclease J 2
C: Ribonuclease J 2
D: Ribonuclease J 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,7378
ポリマ－257,5174
非ポリマー2204
水2,036113
1
A: Ribonuclease J 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4342
ポリマ－64,3791
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribonuclease J 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4342
ポリマ－64,3791
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ribonuclease J 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4342
ポリマ－64,3791
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ribonuclease J 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4342
ポリマ－64,3791
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.550, 131.040, 115.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ribonuclease J 2 / RNase J2


分子量: 64379.328 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 12228 / 遺伝子: rnj2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8CST0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 100mM tri-sodium citrate dihydrate pH 5.6, 20% PEG 4000, 20% Isopropanol, 40% Formamide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU R-AXIS IV / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→36.39 Å / Num. obs: 47771 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.986 / Rsym value: 0.143 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 3949 / CC1/2: 0.744 / Rsym value: 0.719 / % possible all: 81.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→36.39 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2546 2295 4.82 %
Rwork0.2002 --
obs0.2028 47629 90.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→36.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13286 0 4 113 13403
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00413563
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86318398
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4684846
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0312135
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032384
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.75870.32971320.2532519X-RAY DIFFRACTION81
2.7587-2.82290.30951270.24082541X-RAY DIFFRACTION81
2.8229-2.89340.3241280.24452578X-RAY DIFFRACTION82
2.8934-2.97160.30011340.23272609X-RAY DIFFRACTION83
2.9716-3.0590.28241620.23082610X-RAY DIFFRACTION84
3.059-3.15770.26651480.23532666X-RAY DIFFRACTION87
3.1577-3.27050.2961370.22162737X-RAY DIFFRACTION87
3.2705-3.40130.27561450.21482823X-RAY DIFFRACTION89
3.4013-3.5560.26741250.20942879X-RAY DIFFRACTION92
3.556-3.74330.22071420.19532987X-RAY DIFFRACTION94
3.7433-3.97760.22651290.18723032X-RAY DIFFRACTION96
3.9776-4.28430.23711360.17613059X-RAY DIFFRACTION97
4.2843-4.71460.21791630.16743041X-RAY DIFFRACTION97
4.7146-5.39490.22331750.18073048X-RAY DIFFRACTION97
5.3949-6.78980.28351800.22363053X-RAY DIFFRACTION97
6.7898-36.39350.23811320.18163152X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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