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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jm9 | ||||||||||||
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タイトル | cryo-EM structure of DOT1L bound to unmodified nucleosome | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / histone (ヒストン) / nucleosome (ヌクレオソーム) / methylation (メチル化) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / histone H3K79 trimethyltransferase activity / [histone H3]-lysine79 N-trimethyltransferase / histone H3K79 methyltransferase activity / regulation of transcription regulatory region DNA binding / histone H3 methyltransferase activity / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / histone methyltransferase activity / heterochromatin formation / telomere organization ...: / histone H3K79 trimethyltransferase activity / [histone H3]-lysine79 N-trimethyltransferase / histone H3K79 methyltransferase activity / regulation of transcription regulatory region DNA binding / histone H3 methyltransferase activity / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / histone methyltransferase activity / heterochromatin formation / telomere organization / DNA damage checkpoint signaling / PKMTs methylate histone lysines / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / 遺伝子発現 / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / nucleic acid binding / transcription coactivator activity / protein heterodimerization activity / DNA修復 / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Jang, S. / Song, J.J. | ||||||||||||
資金援助 | 韓国, 3件
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引用 | ジャーナル: Genes Dev / 年: 2019 タイトル: Structural basis of recognition and destabilization of the histone H2B ubiquitinated nucleosome by the DOT1L histone H3 Lys79 methyltransferase. 著者: Seongmin Jang / Chanshin Kang / Han-Sol Yang / Taeyang Jung / Hans Hebert / Ka Young Chung / Seung Joong Kim / Sungchul Hohng / Ji-Joon Song / 要旨: DOT1L is a histone H3 Lys79 methyltransferase whose activity is stimulated by histone H2B Lys120 ubiquitination, suggesting cross-talk between histone H3 methylation and H2B ubiquitination. Here, we ...DOT1L is a histone H3 Lys79 methyltransferase whose activity is stimulated by histone H2B Lys120 ubiquitination, suggesting cross-talk between histone H3 methylation and H2B ubiquitination. Here, we present cryo-EM structures of DOT1L complexes with unmodified or H2B ubiquitinated nucleosomes, showing that DOT1L recognizes H2B ubiquitin and the H2A/H2B acidic patch through a C-terminal hydrophobic helix and an arginine anchor in DOT1L, respectively. Furthermore, the structures combined with single-molecule FRET experiments show that H2B ubiquitination enhances a noncatalytic function of the DOT1L-destabilizing nucleosome. These results establish the molecular basis of the cross-talk between H2B ubiquitination and H3 Lys79 methylation as well as nucleosome destabilization by DOT1L. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6jm9.cif.gz | 354.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6jm9.ent.gz | 269.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6jm9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/6jm9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/6jm9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#1: DNA鎖 | 分子量: 37890.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5[alpha] |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 38010.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5[alpha] |
-タンパク質 , 5種, 9分子 AEBFCGDHX
#3: タンパク質 | 分子量: 11488.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P84233 #4: タンパク質 | 分子量: 9990.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P62799 #5: タンパク質 | 分子量: 11724.677 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: hist1h2aj, LOC494591, XELAEV_18003602mg / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6AZJ8 #6: タンパク質 | 分子量: 10478.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P02281 #7: タンパク質 | | 分子量: 37930.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DOT1L / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q8TEK3, ヒストンメチルトランスフェラーゼ |
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-非ポリマー , 1種, 1分子
#8: 化合物 | ChemComp-SAM / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: DOT1L bound to unmodified nucleosome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 0.27 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株: BL21 |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 37.28 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
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3次元再構成 | 解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21229 / 対称性のタイプ: POINT |