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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ji1 | |||||||||
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タイトル | Tetrameric PepTSo2 incorporated in salipro nano particle | |||||||||
要素 | Proton:oligopeptide symporter POT family | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Peptide transporter | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dipeptide transmembrane transport / tripeptide transmembrane transporter activity / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Kawamoto, A. / Matoba, K. / Takagi, J. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2019 タイトル: Structural basis for oligomerization of the prokaryotic peptide transporter PepT. 著者: Reina Nagamura / Masahiro Fukuda / Akihiro Kawamoto / Kyoko Matoba / Naoshi Dohmae / Ryuichiro Ishitani / Junichi Takagi / Osamu Nureki / 要旨: Proton-dependent oligopeptide transporters (POTs) belong to the major facilitator superfamily (MFS) and transport dipeptides and tripeptides from the extracellular environment into the target cell. ...Proton-dependent oligopeptide transporters (POTs) belong to the major facilitator superfamily (MFS) and transport dipeptides and tripeptides from the extracellular environment into the target cell. The human POTs PepT1 and PepT2 are also involved in the absorption of various orally ingested drugs. Previously reported structures revealed that the bacterial POTs possess 14 helices, of which H1-H6 and H7-H12 constitute the typical MFS fold and the residual two helices are involved in the cytoplasmic linker. PepT from Shewanella oneidensis is a unique POT which reportedly assembles as a 200 kDa tetramer. Although the previously reported structures suggested the importance of H12 for tetramer formation, the structural basis for the PepT-specific oligomerization remains unclear owing to the lack of a high-resolution tetrameric structure. In this study, the expression and purification conditions for tetrameric PepT were optimized. A single-particle cryo-EM analysis revealed the tetrameric structure of PepT incorporated into Salipro nanoparticles at 4.1 Å resolution. Furthermore, a combination of lipidic cubic phase (LCP) crystallization and an automated data-processing system for multiple microcrystals enabled crystal structures of PepT to be determined at resolutions of 3.5 and 3.9 Å. The present structures in a lipid bilayer revealed the detailed mechanism for the tetrameric assembly of PepT, in which a characteristic extracellular loop (ECL) interacts with two asparagine residues on H12 which were reported to be important for tetramerization and plays an essential role in oligomeric assembly. This study provides valuable insights into the oligomerization mechanism of this MFS-type transporter, which will further pave the way for understanding other oligomeric membrane proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ji1.cif.gz | 310.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ji1.ent.gz | 252.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ji1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/6ji1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/6ji1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57626.559 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア) 株: MR-1 / 遺伝子: SO_1277 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q8EHE6 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Tetrameric PepTSo2 with saposin A / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Shewanella oneidensis (バクテリア) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blotted for 4.5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 96000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 最高温度: 79.55 K / 最低温度: 79.55 K |
撮影 | 電子線照射量: 82 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 実像数: 1609 |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (1.13_2998: phenix.real_space_refine) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 288417 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 43172 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |