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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jd0 | ||||||
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タイトル | Structure of mutant human cathepsin L, engineered for GAG binding | ||||||
要素 | Cathepsin L1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / cathepsin L / collagenase / GAG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 enkephalin processing / cathepsin L / CD4-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / macrophage apoptotic process / クロム親和性細胞 / elastin catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus ...enkephalin processing / cathepsin L / CD4-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / macrophage apoptotic process / クロム親和性細胞 / elastin catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus / zymogen activation / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / protein autoprocessing / Collagen degradation / fibronectin binding / collagen catabolic process / antigen processing and presentation / serpin family protein binding / Attachment and Entry / cysteine-type peptidase activity / positive regulation of apoptotic signaling pathway / endocytic vesicle lumen / collagen binding / MHC class II antigen presentation / Degradation of the extracellular matrix / エンドソーム / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosomal lumen / Endosomal/Vacuolar pathway / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / histone binding / collagen-containing extracellular matrix / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / 獲得免疫系 / リソソーム / 免疫応答 / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / fusion of virus membrane with host endosome membrane / ゴルジ体 / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞核 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.805 Å | ||||||
データ登録者 | Choudhury, D. / Biswas, S. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2021 タイトル: Structure-guided protein engineering of human cathepsin L for efficient collagenolytic activity. 著者: Choudhury, D. / Biswas, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6jd0.cif.gz | 153.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6jd0.ent.gz | 119.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6jd0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/6jd0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/6jd0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 40973.535 Da / 分子数: 1 変異: E105K, C121S, L165Y, M257L, G260A, M291N, G292K, A310L 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSL, CTSL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07711, cathepsin L |
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-非ポリマー , 9種, 207分子
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | ChemComp-PO4 / #6: 化合物 | ChemComp-POL / #7: 化合物 | ChemComp-PGE / #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 4000, 2-propanol etc |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月20日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 34526 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 24.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 0.905 / Net I/σ(I): 10.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1CS8 解像度: 1.805→32.408 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.46
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 125.63 Å2 / Biso mean: 37.8924 Å2 / Biso min: 15.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.805→32.408 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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