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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jb3 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of SUR1 subunit bound with repaglinide | |||||||||||||||
要素 | ATP-binding cassette sub-family C member 8 isoform X2 | |||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / KATP (ATP感受性カリウムチャネル) / channel / repaglinide (レパグリニド) / Kir / ABC transporter / SUR / diabetes (糖尿病) / insulin secretagogue | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamate secretion, neurotransmission / inward rectifying potassium channel / sulfonylurea receptor activity / ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / inorganic cation transmembrane transport / neuromuscular process / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / potassium channel activity / negative regulation of insulin secretion / ABC-type transporter activity ...glutamate secretion, neurotransmission / inward rectifying potassium channel / sulfonylurea receptor activity / ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / inorganic cation transmembrane transport / neuromuscular process / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / potassium channel activity / negative regulation of insulin secretion / ABC-type transporter activity / ADP binding / presynapse / transmembrane transporter binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Mesocricetus auratus (ゴールデンハムスター) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Chen, L. / Ding, D. / Wang, M. / Wu, J.-X. / Kang, Y. | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019 タイトル: The Structural Basis for the Binding of Repaglinide to the Pancreatic K Channel. 著者: Dian Ding / Mengmeng Wang / Jing-Xiang Wu / Yunlu Kang / Lei Chen / 要旨: Repaglinide (RPG) is a short-acting insulin secretagogue widely prescribed for the treatment of type 2 diabetes. It boosts insulin secretion by inhibiting the pancreatic ATP-sensitive potassium ...Repaglinide (RPG) is a short-acting insulin secretagogue widely prescribed for the treatment of type 2 diabetes. It boosts insulin secretion by inhibiting the pancreatic ATP-sensitive potassium channel (K). However, the mechanisms by which RPG binds to the K channel are poorly understood. Here, we describe two cryo-EM structures: the pancreatic K channel in complex with inhibitory RPG and adenosine-5'-(γ-thio)-triphosphate (ATPγS) at 3.3 Å and a medium-resolution structure of a RPG-bound mini SUR1 protein in which the N terminus of the inward-rectifying potassium channel 6.1 (Kir6.1) is fused to the ABC transporter module of the sulfonylurea receptor 1 (SUR1). These structures reveal the binding site of RPG in the SUR1 subunit. Furthermore, the high-resolution structure reveals the complex architecture of the ATP binding site, which is formed by both Kir6.2 and SUR1 subunits, and the domain-domain interaction interfaces. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6jb3.cif.gz | 160.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6jb3.ent.gz | 120.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6jb3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/6jb3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/6jb3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 177295.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mesocricetus auratus (ゴールデンハムスター) 遺伝子: Abcc8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1U7R319 |
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#2: 化合物 | ChemComp-BJX / |
#3: 化合物 | ChemComp-AJP / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SUR1ABCC8 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (1.12_2829: ???) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 2 / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 653991 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.001→74.897 Å / SU ML: 1.4 / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 64.36 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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