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- PDB-6j8e: Human Nav1.2-beta2-KIIIA ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j8e
タイトルHuman Nav1.2-beta2-KIIIA ternary complex
要素
  • (Sodium channel ...ナトリウムチャネル) x 2
  • Mu-conotoxin KIIIA
キーワードMEMBRANE PROTEIN/TOXIN (生体膜) / transmembrane protein (膜貫通型タンパク質) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / MEMBRANE PROTEIN-TOXIN complex (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


response to pyrethroid / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / nerve development / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / paranode region of axon / voltage-gated sodium channel complex / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential ...response to pyrethroid / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / nerve development / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / paranode region of axon / voltage-gated sodium channel complex / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / dentate gyrus development / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / ランヴィエの絞輪 / high voltage-gated calcium channel activity / voltage-gated sodium channel activity / Interaction between L1 and Ankyrins / sodium ion transport / voltage-gated calcium channel complex / regulation of heart rate by cardiac conduction / Phase 0 - rapid depolarisation / calcium ion import across plasma membrane / neuronal action potential / sodium channel regulator activity / 介在板 / sodium ion transmembrane transport / cardiac muscle contraction / 髄鞘 / 横行小管 / determination of adult lifespan / 記憶 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / 遺伝子発現 / presynaptic membrane / nervous system development / response to heat / toxin activity / cellular response to hypoxia / chemical synaptic transmission / neuron apoptotic process / calmodulin binding / 神経繊維 / glutamatergic synapse / シナプス / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Myelin P0 protein-related / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif profile. ...Myelin P0 protein-related / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif profile. / IQ motif, EF-hand binding site / Voltage-dependent channel domain superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ion transport domain / Ion transport protein / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium channel subunit beta-2 / Mu-conotoxin KIIIB / Sodium channel protein type 2 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Conus kinoshitai (キノシタイモ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Pan, X. / Li, Z. / Huang, X. / Huang, G. / Yan, N.
資金援助 中国, 8件
組織認可番号
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0500402 中国
Ministry of Science and Technology (China)2017YFA0505200 中国
Ministry of Science and Technology (China)2015CB910101 中国
National Natural Science Foundation of China31621092 中国
National Natural Science Foundation of China31630017 中国
National Natural Science Foundation of China81861138009 中国
National Natural Science Foundation of China91753205 中国
National Natural Science Foundation of China31800628 中国
引用ジャーナル: Science / : 2019
タイトル: Molecular basis for pore blockade of human Na channel Na1.2 by the μ-conotoxin KIIIA.
著者: Xiaojing Pan / Zhangqiang Li / Xiaoshuang Huang / Gaoxingyu Huang / Shuai Gao / Huaizong Shen / Lei Liu / Jianlin Lei / Nieng Yan /
要旨: The voltage-gated sodium channel Na1.2 is responsible for the initiation and propagation of action potentials in the central nervous system. We report the cryo-electron microscopy structure of human ...The voltage-gated sodium channel Na1.2 is responsible for the initiation and propagation of action potentials in the central nervous system. We report the cryo-electron microscopy structure of human Na1.2 bound to a peptidic pore blocker, the μ-conotoxin KIIIA, in the presence of an auxiliary subunit, β2, to an overall resolution of 3.0 angstroms. The immunoglobulin domain of β2 interacts with the shoulder of the pore domain through a disulfide bond. The 16-residue KIIIA interacts with the extracellular segments in repeats I to III, placing Lys at the entrance to the selectivity filter. Many interacting residues are specific to Na1.2, revealing a molecular basis for KIIIA specificity. The structure establishes a framework for the rational design of subtype-specific blockers for Na channels.
履歴
登録2019年1月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / em_entity_assembly / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _em_entity_assembly.entity_id_list / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9780
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Sodium channel subunit beta-2
A: Sodium channel protein type 2 subunit alpha
D: Mu-conotoxin KIIIA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,1879
ポリマ-248,9633
非ポリマー2,2246
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, SDS-PAGE and Mass-spectrometry idenitified the presence of Nav1.2 alpha subunit and the beta2 subunit. The presence of KIIIA was confirmed by electron density analysis.
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area4760 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area67280 Å2

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要素

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Sodium channel ... , 2種, 2分子 CA

#1: タンパク質 Sodium channel subunit beta-2 / ナトリウムチャネル


分子量: 14267.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCN2B, UNQ326/PRO386 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60939
#2: タンパク質 Sodium channel protein type 2 subunit alpha / ナトリウムチャネル / HBSC II / Sodium channel protein brain II subunit alpha / Sodium channel protein type II subunit ...HBSC II / Sodium channel protein brain II subunit alpha / Sodium channel protein type II subunit alpha / Voltage-gated sodium channel subunit alpha Nav1.2


分子量: 232800.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCN2A, NAC2, SCN2A1, SCN2A2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99250

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D

#3: タンパク質・ペプチド Mu-conotoxin KIIIA


分子量: 1895.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus kinoshitai (キノシタイモ) / 参照: UniProt: P0C195

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, 3種, 4分子

#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 2分子

#7: 化合物 ChemComp-9Z9 / (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en


分子量: 544.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C34H56O5 / コメント: 可溶化剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Na

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Ternary complex of Nav1.2-beta2-KIIIACOMPLEX#1-#30RECOMBINANT
2Nav1.2-beta2COMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3KIIIACOMPLEX1RECOMBINANT
分子量: 252 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Conus kinoshitai (キノシタイモ)376876
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 5.9
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 200275 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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