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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j7y | ||||||
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タイトル | Human mitochondrial Oligoribonuclease in complex with DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Exoribonuclease / Mitochonrial Oligoribonuclease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Mitochondrial RNA degradation / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exonucleases that are active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and produce 5'-phosphomonoesters / 3'-5'-DNA exonuclease activity / nucleotide metabolic process / nucleobase-containing compound metabolic process / 3'-5' exonuclease activity / ミトコンドリア / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / ミトコンドリアマトリックス ...Mitochondrial RNA degradation / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exonucleases that are active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and produce 5'-phosphomonoesters / 3'-5'-DNA exonuclease activity / nucleotide metabolic process / nucleobase-containing compound metabolic process / 3'-5' exonuclease activity / ミトコンドリア / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / ミトコンドリアマトリックス / focal adhesion / 核小体 / magnesium ion binding / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.203 Å | ||||||
データ登録者 | Chu, L.Y. / Agrawal, S. / Yuan, H.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Rna / 年: 2019 タイトル: Structural insights into nanoRNA degradation by human Rexo2. 著者: Chu, L.Y. / Agrawal, S. / Chen, Y.P. / Yang, W.Z. / Yuan, H.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6j7y.cif.gz | 147.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6j7y.ent.gz | 113.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6j7y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/6j7y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/6j7y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21440.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: REXO2, SFN, SMFN, CGI-114 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9Y3B8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: DNA鎖 | | 分子量: 563.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.27 % |
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結晶化 | 温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium citrate dibasic, 20% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月29日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 23925 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 2.446 / Net I/σ(I): 13.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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Serial crystallography sample delivery | 手法: fixed target |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2IGI 解像度: 2.203→28.34 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 113.46 Å2 / Biso mean: 42.5753 Å2 / Biso min: 15.94 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.203→28.34 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2026→2.2576 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 13.327 Å / Origin y: 38.5978 Å / Origin z: 42.4489 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |