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万見
- PDB-6j7v: Structure of HRPV6 VP5 fitted in the cryoEM density of the spike -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j7v
タイトルStructure of HRPV6 VP5 fitted in the cryoEM density of the spike
要素VP5
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / HRPV6 / spike / envelope protein (エンベロープ (ウイルス)) / fusion protein (融合タンパク質) / archaea (古細菌) / haloarchaea (高度好塩菌)
機能・相同性Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 生体膜 / VP5
機能・相同性情報
生物種Halorubrum pleomorphic virus 6 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16 Å
データ登録者El Omari, K. / Li, S. / Huiskonen, J.T. / Stuart, D.I.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research Council649053 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The structure of a prokaryotic viral envelope protein expands the landscape of membrane fusion proteins.
著者: Kamel El Omari / Sai Li / Abhay Kotecha / Thomas S Walter / Eduardo A Bignon / Karl Harlos / Pentti Somerharju / Felix De Haas / Daniel K Clare / Mika Molin / Felipe Hurtado / Mengqiu Li / ...著者: Kamel El Omari / Sai Li / Abhay Kotecha / Thomas S Walter / Eduardo A Bignon / Karl Harlos / Pentti Somerharju / Felix De Haas / Daniel K Clare / Mika Molin / Felipe Hurtado / Mengqiu Li / Jonathan M Grimes / Dennis H Bamford / Nicole D Tischler / Juha T Huiskonen / David I Stuart / Elina Roine /
要旨: Lipid membrane fusion is an essential function in many biological processes. Detailed mechanisms of membrane fusion and the protein structures involved have been mainly studied in eukaryotic systems, ...Lipid membrane fusion is an essential function in many biological processes. Detailed mechanisms of membrane fusion and the protein structures involved have been mainly studied in eukaryotic systems, whereas very little is known about membrane fusion in prokaryotes. Haloarchaeal pleomorphic viruses (HRPVs) have a membrane envelope decorated with spikes that are presumed to be responsible for host attachment and membrane fusion. Here we determine atomic structures of the ectodomains of the 57-kDa spike protein VP5 from two related HRPVs revealing a previously unreported V-shaped fold. By Volta phase plate cryo-electron tomography we show that VP5 is monomeric on the viral surface, and we establish the orientation of the molecules with respect to the viral membrane. We also show that the viral membrane fuses with the host cytoplasmic membrane in a process mediated by VP5. This sheds light on protein structures involved in prokaryotic membrane fusion.
履歴
登録2019年1月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Data collection / カテゴリ: em_imaging_optics / Item: _em_imaging_optics.phase_plate
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9779
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9779
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3341
ポリマ－57,3341
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 VP5


分子量: 57333.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Halorubrum pleomorphic virus 6 (ウイルス)
参照: UniProt: H9ABP6

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Halorubrum / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 0.057 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Halorubrum (古細菌)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Halorubrum
ウイルス殻名称: Envelope封筒
緩衝液pH: 7.2
緩衝液成分濃度: 1.6 M / 名称: sodium chloride塩化ナトリウム / 式: NaCl塩化ナトリウム
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影平均露光時間: 1.6 sec. / 電子線照射量: 1.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 位相板: VOLTA PHASE PLATE

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
10Dynamo最終オイラー角割当
12Dynamo３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 6057 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 10 / Num. of volumes extracted: 8953
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / Target criteria: cross correlation
原子モデル構築PDB-ID: 6QGL

6qgl


PDB chain-ID: A / Accession code: 6QGL / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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