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- PDB-6j32: Crystal Structure Analysis of the Glycotransferase of kitacinnamycin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j32
タイトルCrystal Structure Analysis of the Glycotransferase of kitacinnamycin
要素Kcn28
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Glycotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glycosyltransferase activity / hexosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
UDP-glycosyltransferase, MGT-like / UDP-glycosyltransferase family, conserved site / UDP-glycosyltransferases signature. / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / Glycogen Phosphorylase B; / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グリコシルトランスフェラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Kitasatospora (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Shi, J. / Liu, C.L. / Zhang, B. / Guo, W.J. / Zhu, J.P. / Xu, X. / Xu, Q. / Jiao, R.H. / Tan, R.X. / Ge, H.M.
資金援助 中国, 9件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)81522042 中国
National Science Foundation (China)21572100
National Science Foundation (China)81773591
National Science Foundation (China)81530089
National Science Foundation (China)81673333
National Science Foundation (China)81803380
National Science Foundation (China)21861142005
National Science Foundation (China)21761142001
National Science Foundation (China)21661140001
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2019
タイトル: Genome mining and biosynthesis of kitacinnamycins as a STING activator.
著者: Shi, J. / Liu, C.L. / Zhang, B. / Guo, W.J. / Zhu, J. / Chang, C.Y. / Zhao, E.J. / Jiao, R.H. / Tan, R.X. / Ge, H.M.
履歴
登録2019年1月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kcn28
B: Kcn28
C: Kcn28
D: Kcn28


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,4784
ポリマ－174,4784
非ポリマー00
水3,009167
1
A: Kcn28
B: Kcn28
D: Kcn28


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,8583
ポリマ－130,8583
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Kcn28

C: Kcn28

C: Kcn28


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,8583
ポリマ－130,8583
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
単位格子
Length a, b, c (Å)242.900, 242.900, 242.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 62 or resid 73...
21(chain B and (resid 2 through 62 or resid 73...
31(chain C and (resid 2 through 14 or (resid 15...
41(chain D and (resid 2 through 14 or (resid 15...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROPROPRO(chain A and (resid 2 through 62 or resid 73...AA2 - 625 - 65
12ASPASPLYSLYS(chain A and (resid 2 through 62 or resid 73...AA73 - 13676 - 139
13PROPROPROPRO(chain A and (resid 2 through 62 or resid 73...AA2 - 3955 - 398
14PROPROPROPRO(chain A and (resid 2 through 62 or resid 73...AA2 - 3955 - 398
15PROPROPROPRO(chain A and (resid 2 through 62 or resid 73...AA2 - 3955 - 398
16PROPROPROPRO(chain A and (resid 2 through 62 or resid 73...AA2 - 3955 - 398
17PROPROPROPRO(chain A and (resid 2 through 62 or resid 73...AA2 - 3955 - 398
18PROPROPROPRO(chain A and (resid 2 through 62 or resid 73...AA2 - 3955 - 398
19PROPROPROPRO(chain A and (resid 2 through 62 or resid 73...AA2 - 3955 - 398
21PROPROPROPRO(chain B and (resid 2 through 62 or resid 73...BB2 - 625 - 65
22ASPASPLYSLYS(chain B and (resid 2 through 62 or resid 73...BB73 - 13676 - 139
23PROPROALAALA(chain B and (resid 2 through 62 or resid 73...BB2 - 3965 - 399
24PROPROALAALA(chain B and (resid 2 through 62 or resid 73...BB2 - 3965 - 399
25PROPROALAALA(chain B and (resid 2 through 62 or resid 73...BB2 - 3965 - 399
26PROPROALAALA(chain B and (resid 2 through 62 or resid 73...BB2 - 3965 - 399
27PROPROALAALA(chain B and (resid 2 through 62 or resid 73...BB2 - 3965 - 399
28PROPROALAALA(chain B and (resid 2 through 62 or resid 73...BB2 - 3965 - 399
29PROPROALAALA(chain B and (resid 2 through 62 or resid 73...BB2 - 3965 - 399
31PROPROSERSER(chain C and (resid 2 through 14 or (resid 15...CC2 - 145 - 17
32ARGARGARGARG(chain C and (resid 2 through 14 or (resid 15...CC1518
33PROPROPROPRO(chain C and (resid 2 through 14 or (resid 15...CC2 - 3955 - 398
34PROPROPROPRO(chain C and (resid 2 through 14 or (resid 15...CC2 - 3955 - 398
35PROPROPROPRO(chain C and (resid 2 through 14 or (resid 15...CC2 - 3955 - 398
36PROPROPROPRO(chain C and (resid 2 through 14 or (resid 15...CC2 - 3955 - 398
41PROPROSERSER(chain D and (resid 2 through 14 or (resid 15...DD2 - 145 - 17
42ARGARGARGARG(chain D and (resid 2 through 14 or (resid 15...DD1518
43PROPROPROPRO(chain D and (resid 2 through 14 or (resid 15...DD2 - 3955 - 398
44PROPROPROPRO(chain D and (resid 2 through 14 or (resid 15...DD2 - 3955 - 398
45PROPROPROPRO(chain D and (resid 2 through 14 or (resid 15...DD2 - 3955 - 398
46PROPROPROPRO(chain D and (resid 2 through 14 or (resid 15...DD2 - 3955 - 398

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要素

#1: タンパク質
Kcn28


分子量: 43619.430 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kitasatospora (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A514S208*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.4 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 10% v/v 1,4-Dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97894 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97894 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→99.16 Å / Num. obs: 81520 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 59.28 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 461803 / Scaling rejects: 3545
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.5551.0272239644540.5450.5051.1491.699.9
12.99-99.165.50.03333896180.9970.0170.03725.798.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.1データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IYF

2iyf


解像度: 2.5→70.119 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 4090 5.03 %
Rwork0.2688 77277 -
obs0.2696 81367 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 228.7 Å2 / Biso mean: 86.0655 Å2 / Biso min: 36.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→70.119 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11805 0 0 167 11972
Biso mean---60 -
残基数----1541
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7177X-RAY DIFFRACTION20.48TORSIONAL
12B7177X-RAY DIFFRACTION20.48TORSIONAL
13C7177X-RAY DIFFRACTION20.48TORSIONAL
14D7177X-RAY DIFFRACTION20.48TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.52940.35211260.358227022828100
2.5294-2.56030.37151280.358426362764100
2.5603-2.59270.34021330.346926372770100
2.5927-2.62680.38031020.355726892791100
2.6268-2.66280.37571480.344327282876100
2.6628-2.70080.36061250.336326512776100
2.7008-2.74110.38771630.366226072770100
2.7411-2.7840.40621460.352526792825100
2.784-2.82960.3621450.353326692814100
2.8296-2.87840.31231540.327126442798100
2.8784-2.93080.31591300.316526602790100
2.9308-2.98710.37831520.316526592811100
2.9871-3.04810.33581320.318626702802100
3.0481-3.11440.33671670.316226332800100
3.1144-3.18680.32051270.316227012828100
3.1868-3.26650.32831250.304626372762100
3.2665-3.35480.34211720.313226352807100
3.3548-3.45350.34191480.298226672815100
3.4535-3.5650.28661510.27612656280799
3.565-3.69240.26641400.26712556269696
3.6924-3.84030.25991370.27082655279299
3.8403-4.0150.25331200.242926862806100
4.015-4.22670.25221480.243326682816100
4.2267-4.49140.25231590.233226782837100
4.4914-4.83820.27661450.222126822827100
4.8382-5.32490.2241380.240327042842100
5.3249-6.0950.29741380.25852700283899
6.095-7.67760.25641390.2482614275396
7.6776-70.14680.22571520.21052774292699
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.5493 Å / Origin y: 86.0425 Å / Origin z: -38.2027 Å
111213212223313233
T0.375 Å20.054 Å20.0182 Å2-0.425 Å20.0294 Å2--0.5121 Å2
L0.2988 °2-0.2299 °20.1995 °2-0.6121 °20.1331 °2--0.4312 °2
S0.0641 Å °0.0353 Å °-0.0755 Å °-0.0095 Å °0.0193 Å °-0.134 Å °0.1298 Å °0.0384 Å °-0.0732 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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