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万見
- PDB-6j31: Crystal Structure Analysis of the Glycotransferase of kitacinnamycin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j31
タイトルCrystal Structure Analysis of the Glycotransferase of kitacinnamycin
要素
  • DBB-DSG-VAL-MEA-VAL-GLY-GLY-DVA-DLE
  • kcn28
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Glycotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glycosyltransferase activity / hexosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
UDP-glycosyltransferase, MGT-like / UDP-glycosyltransferase family, conserved site / UDP-glycosyltransferases signature. / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / Glycogen Phosphorylase B; / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BG9 / グリコシルトランスフェラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Kitasatospora (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.244 Å
データ登録者Shi, J. / Liu, C.L. / Zhang, B. / Guo, W.J. / Zhu, J.P. / Xu, X. / Xu, Q. / Jiao, R.H. / Tan, R.X. / Ge, H.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)81522042, 21572100, 81773591, 81530089, 81673333, 81803380, 21861142005, 21761142001, 21661140001 中国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2019
タイトル: Genome mining and biosynthesis of kitacinnamycins as a STING activator.
著者: Shi, J. / Liu, C.L. / Zhang, B. / Guo, W.J. / Zhu, J. / Chang, C.Y. / Zhao, E.J. / Jiao, R.H. / Tan, R.X. / Ge, H.M.
履歴
登録2019年1月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: kcn28
B: kcn28
C: kcn28
D: kcn28
E: DBB-DSG-VAL-MEA-VAL-GLY-GLY-DVA-DLE
F: DBB-DSG-VAL-MEA-VAL-GLY-GLY-DVA-DLE
G: DBB-DSG-VAL-MEA-VAL-GLY-GLY-DVA-DLE
H: DBB-DSG-VAL-MEA-VAL-GLY-GLY-DVA-DLE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,83412
ポリマ－176,9618
非ポリマー8734
水10,196566
1
A: kcn28
E: DBB-DSG-VAL-MEA-VAL-GLY-GLY-DVA-DLE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4583
ポリマ－44,2402
非ポリマー2181
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area17310 Å2
手法PISA
2
B: kcn28
F: DBB-DSG-VAL-MEA-VAL-GLY-GLY-DVA-DLE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4583
ポリマ－44,2402
非ポリマー2181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area17610 Å2
手法PISA
3
C: kcn28
G: DBB-DSG-VAL-MEA-VAL-GLY-GLY-DVA-DLE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4583
ポリマ－44,2402
非ポリマー2181
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17580 Å2
手法PISA
4
D: kcn28
H: DBB-DSG-VAL-MEA-VAL-GLY-GLY-DVA-DLE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4583
ポリマ－44,2402
非ポリマー2181
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area17450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)243.160, 243.160, 243.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 134 or (resid 135...
21(chain B and (resid 2 through 62 or resid 72...
31(chain C and (resid 2 through 62 or resid 72 through 401))
41(chain D and (resid 2 through 62 or resid 72...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROPROPRO(chain A and (resid 2 through 134 or (resid 135...AA2 - 1342 - 134
12GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 2 through 134 or (resid 135...AA135135
13PROPROHOHHOH(chain A and (resid 2 through 134 or (resid 135...AA - M2 - 4012
14PROPROHOHHOH(chain A and (resid 2 through 134 or (resid 135...AA - M2 - 4012
15PROPROHOHHOH(chain A and (resid 2 through 134 or (resid 135...AA - M2 - 4012
16PROPROHOHHOH(chain A and (resid 2 through 134 or (resid 135...AA - M2 - 4012
21PROPROPROPRO(chain B and (resid 2 through 62 or resid 72...BB2 - 622 - 62
22THRTHRPROPRO(chain B and (resid 2 through 62 or resid 72...BB72 - 13472 - 134
23METMETHOHHOH(chain B and (resid 2 through 62 or resid 72...BB - N1 - 4011
24METMETHOHHOH(chain B and (resid 2 through 62 or resid 72...BB - N1 - 4011
25METMETHOHHOH(chain B and (resid 2 through 62 or resid 72...BB - N1 - 4011
26METMETHOHHOH(chain B and (resid 2 through 62 or resid 72...BB - N1 - 4011
27METMETHOHHOH(chain B and (resid 2 through 62 or resid 72...BB - N1 - 4011
28METMETHOHHOH(chain B and (resid 2 through 62 or resid 72...BB - N1 - 4011
29METMETHOHHOH(chain B and (resid 2 through 62 or resid 72...BB - N1 - 4011
31PROPROPROPRO(chain C and (resid 2 through 62 or resid 72 through 401))CC2 - 622 - 62
32THRTHRHOHHOH(chain C and (resid 2 through 62 or resid 72 through 401))CC - O72 - 40172
41PROPROPROPRO(chain D and (resid 2 through 62 or resid 72...DD2 - 622 - 62
42THRTHRPROPRO(chain D and (resid 2 through 62 or resid 72...DD72 - 13472 - 134
43GLUGLUGLUGLU(chain D and (resid 2 through 62 or resid 72...DD135135
44PROPROHOHHOH(chain D and (resid 2 through 62 or resid 72...DD - P2 - 4012
45PROPROHOHHOH(chain D and (resid 2 through 62 or resid 72...DD - P2 - 4012
46PROPROHOHHOH(chain D and (resid 2 through 62 or resid 72...DD - P2 - 4012

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要素

#1: タンパク質
kcn28


分子量: 43337.152 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kitasatospora (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A514S208*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
DBB-DSG-VAL-MEA-VAL-GLY-GLY-DVA-DLE / kitacinnamycin


分子量: 903.077 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-BG9 / (2E,2'E)-3,3'-(1,2-phenylene)di(prop-2-enoic acid) / 3t,3′t-o-フェニレンジアクリル酸


分子量: 218.205 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 566 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.47 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.6 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 10% v/v 1,4-Dioxane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→39.45 Å / Num. obs: 113347 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.265 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.272 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 2156843 / Scaling rejects: 1051
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.24-2.2819.81.97256290.1790.4542.024100
12.29-39.4518.90.0667280.9990.0160.06897.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.1データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IYF

2iyf


解像度: 2.244→39.446 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2485 5489 4.84 %
Rwork0.2257 --
obs0.2268 113311 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 181.82 Å2 / Biso mean: 56.4916 Å2 / Biso min: 24.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.244→39.446 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11910 0 312 566 12788
Biso mean--71.92 47.8 -
残基数----1546
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7422X-RAY DIFFRACTION18.827TORSIONAL
12B7422X-RAY DIFFRACTION18.827TORSIONAL
13C7422X-RAY DIFFRACTION18.827TORSIONAL
14D7422X-RAY DIFFRACTION18.827TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2444-2.26990.42261670.393536333800
2.2699-2.29660.35751750.370535593734
2.2966-2.32460.38761910.362436103801
2.3246-2.3540.36841550.346735553710
2.354-2.3850.34132130.343235283741
2.385-2.41760.37522260.336335783804
2.4176-2.45220.36272050.331135343739
2.4522-2.48880.32822100.315835833793
2.4888-2.52770.28931670.303735163683
2.5277-2.56910.29761570.298936363793
2.5691-2.61340.32082110.296735533764
2.6134-2.66090.27762140.2835403754
2.6609-2.71210.27531800.256835633743
2.7121-2.76740.29912040.264935743778
2.7674-2.82760.33641870.285335683755
2.8276-2.89330.28231770.268136003777
2.8933-2.96560.26231860.250635993785
2.9656-3.04580.25351760.247235833759
3.0458-3.13540.24541820.236135463728
3.1354-3.23650.24631650.231236283793
3.2365-3.35220.25851990.238435733772
3.3522-3.48630.2461580.218336243782
3.4863-3.64490.23831550.198336003755
3.6449-3.83690.24061600.201336203780
3.8369-4.0770.22011610.186236433804
4.077-4.39150.19641490.167936503799
4.3915-4.83270.17021720.160636313803
4.8327-5.53040.18072120.179536213833
5.5304-6.96140.22171800.200336403820
6.9614-39.45180.19081950.160737343929
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.6962 Å / Origin y: 107.9266 Å / Origin z: 82.8508 Å
111213212223313233
T0.3056 Å2-0.0067 Å2-0.0145 Å2-0.2858 Å20.0013 Å2--0.3615 Å2
L0.305 °20.203 °2-0.0624 °2-0.3073 °20.043 °2--0.2355 °2
S-0.011 Å °0.01 Å °-0.0412 Å °-0.0331 Å °-0.0041 Å °-0.0736 Å °0.0271 Å °0.019 Å °0.0103 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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