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万見
- PDB-6izr: Whole structure of a 15-stranded ParM filament from Clostridium b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6izr
タイトルWhole structure of a 15-stranded ParM filament from Clostridium botulinum
要素Putative plasmid segregation protein ParM
キーワードPROTEIN FIBRIL / ParM / filaments / cytoskeleton (細胞骨格)
機能・相同性Actin-like protein, N-terminal / Actin like proteins N terminal domain / ParM-like / ATPase, nucleotide binding domain / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Actin-like protein N-terminal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Clostridium botulinum Prevot_594 (ボツリヌス菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Koh, F. / Narita, A. / Lee, L.J. / Tan, Y.Z. / Dandey, V.P. / Tanaka, K. / Popp, D. / Robinson, R.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Other privateSF349247 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
Other privateF00316 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The structure of a 15-stranded actin-like filament from Clostridium botulinum.
著者: Fujiet Koh / Akihiro Narita / Lin Jie Lee / Kotaro Tanaka / Yong Zi Tan / Venkata P Dandey / David Popp / Robert C Robinson /
要旨: Microfilaments (actin) and microtubules represent the extremes in eukaryotic cytoskeleton cross-sectional dimensions, raising the question of whether filament architectures are limited by protein ...Microfilaments (actin) and microtubules represent the extremes in eukaryotic cytoskeleton cross-sectional dimensions, raising the question of whether filament architectures are limited by protein fold. Here, we report the cryoelectron microscopy structure of a complex filament formed from 15 protofilaments of an actin-like protein. This actin-like ParM is encoded on the large pCBH Clostridium botulinum plasmid. In cross-section, the ~26 nm diameter filament comprises a central helical protofilament surrounded by intermediate and outer layers of six and eight twisted protofilaments, respectively. Alternating polarity of the layers allows for similar lateral contacts between each layer. This filament design is stiffer than the actin filament, and has likely been selected for during evolution to move large cargos. The comparable sizes of microtubule and pCBH ParM filaments indicate that larger filament architectures are not limited by the protomer fold. Instead, function appears to have been the evolutionary driving force to produce broad, complex filaments.
履歴
登録2018年12月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9757
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9757
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Putative plasmid segregation protein ParM
2: Putative plasmid segregation protein ParM
A: Putative plasmid segregation protein ParM
B: Putative plasmid segregation protein ParM
D: Putative plasmid segregation protein ParM
E: Putative plasmid segregation protein ParM
G: Putative plasmid segregation protein ParM
H: Putative plasmid segregation protein ParM
J: Putative plasmid segregation protein ParM
K: Putative plasmid segregation protein ParM
M: Putative plasmid segregation protein ParM
N: Putative plasmid segregation protein ParM
P: Putative plasmid segregation protein ParM
Q: Putative plasmid segregation protein ParM
b: Putative plasmid segregation protein ParM
c: Putative plasmid segregation protein ParM
e: Putative plasmid segregation protein ParM
f: Putative plasmid segregation protein ParM
h: Putative plasmid segregation protein ParM
i: Putative plasmid segregation protein ParM
k: Putative plasmid segregation protein ParM
l: Putative plasmid segregation protein ParM
n: Putative plasmid segregation protein ParM
o: Putative plasmid segregation protein ParM
q: Putative plasmid segregation protein ParM
r: Putative plasmid segregation protein ParM
t: Putative plasmid segregation protein ParM
u: Putative plasmid segregation protein ParM
w: Putative plasmid segregation protein ParM
x: Putative plasmid segregation protein ParM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,200,35090
ポリマ－1,186,80530
非ポリマー13,54560
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area76540 Å2
ΔGint-689 kcal/mol
Surface area462730 Å2

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要素

#1: タンパク質 ...
Putative plasmid segregation protein ParM


分子量: 39560.168 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum Prevot_594 (ボツリヌス菌)
遺伝子: T258_3831 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4W229
#2: 化合物...
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: ParM filament coded on pCBH plasmid from Clostridium botulinum
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum F str. 230613 (ボツリヌス菌)
Organelle: pCBH plasmid
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / プラスミド: pET-21d
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: MOLYBDENUM / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 2.1 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -50.37 ° / 軸方向距離/サブユニット: 50.26 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 33356 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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