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- PDB-6ixw: pCBH ParM non-polymerisable quadruple mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ixw
タイトルpCBH ParM non-polymerisable quadruple mutant
要素pCBH ParM
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Actin ParM
機能・相同性Actin-like protein, N-terminal / Actin like proteins N terminal domain / ParM-like / ATPase, nucleotide binding domain / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Actin-like protein N-terminal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Clostridium botulinum Prevot_594 (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.253 Å
データ登録者Koh, F. / Popp, D. / Narita, A. / Robinson, R.C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The structure of a 15-stranded actin-like filament from Clostridium botulinum.
著者: Fujiet Koh / Akihiro Narita / Lin Jie Lee / Kotaro Tanaka / Yong Zi Tan / Venkata P Dandey / David Popp / Robert C Robinson /
要旨: Microfilaments (actin) and microtubules represent the extremes in eukaryotic cytoskeleton cross-sectional dimensions, raising the question of whether filament architectures are limited by protein ...Microfilaments (actin) and microtubules represent the extremes in eukaryotic cytoskeleton cross-sectional dimensions, raising the question of whether filament architectures are limited by protein fold. Here, we report the cryoelectron microscopy structure of a complex filament formed from 15 protofilaments of an actin-like protein. This actin-like ParM is encoded on the large pCBH Clostridium botulinum plasmid. In cross-section, the ~26 nm diameter filament comprises a central helical protofilament surrounded by intermediate and outer layers of six and eight twisted protofilaments, respectively. Alternating polarity of the layers allows for similar lateral contacts between each layer. This filament design is stiffer than the actin filament, and has likely been selected for during evolution to move large cargos. The comparable sizes of microtubule and pCBH ParM filaments indicate that larger filament architectures are not limited by the protomer fold. Instead, function appears to have been the evolutionary driving force to produce broad, complex filaments.
履歴
登録2018年12月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: pCBH ParM
B: pCBH ParM
A: pCBH ParM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,80111
ポリマ－119,3983
非ポリマー1,4038
水0
1
C: pCBH ParM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2754
ポリマ－39,7991
非ポリマー4763
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area16170 Å2
手法PISA
2
B: pCBH ParM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2513
ポリマ－39,7991
非ポリマー4522
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area15910 Å2
手法PISA
3
A: pCBH ParM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2754
ポリマ－39,7991
非ポリマー4763
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area15870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.153, 93.922, 114.699
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 131.550, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 pCBH ParM


分子量: 39799.254 Da / 分子数: 3 / 変異: F42D, I46D, S298D, R299D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum Prevot_594 (ボツリヌス菌)
遺伝子: T258_3831 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4W229
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.78 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 28% PEG 400 0.1 M Hepes 0.15 M MgCl2 pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→20 Å / Num. obs: 20481 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 61.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.17 / Χ2: 0.943 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.25-3.313.20.5749950.5620.3880.6960.95199.1
3.31-3.373.20.49710370.6660.3310.5990.92699.5
3.37-3.433.30.4479850.6910.2960.5380.92699.9
3.43-3.53.40.40710450.7320.2640.4870.94899.8
3.5-3.583.40.4059850.7940.2590.4821.038100
3.58-3.663.50.37810230.7830.2390.4481.07199.9
3.66-3.753.50.30910430.8360.1950.3671.037100
3.75-3.853.50.2439850.9060.1520.2871.038100
3.85-3.963.50.22810430.9140.1420.2691.006100
3.96-4.093.50.18510530.9570.1140.2170.993100
4.09-4.233.60.169980.9630.0990.1890.98100
4.23-4.43.60.13410190.9670.0830.1580.998100
4.4-4.63.50.11810110.9780.0740.1391.00799.9
4.6-4.843.60.110210.9820.0620.1170.955100
4.84-5.143.60.09710440.9870.060.1140.911100
5.14-5.533.60.10910270.9820.0670.1280.887100
5.53-6.073.60.11110260.9780.0690.1310.85100
6.07-6.913.60.09110370.9820.0570.1080.782100
6.91-8.593.50.05610480.9950.0350.0660.807100
8.59-203.40.0410560.9950.0260.0480.765100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.253→19.974 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.55
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 1012 5.11 %
Rwork0.1577 --
obs0.1607 19789 96.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 192.89 Å2 / Biso mean: 60.3091 Å2 / Biso min: 3.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.253→19.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8156 0 86 0 8242
Biso mean--61.52 --
残基数----1024
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.253-3.42370.27021200.2062269238983
3.4237-3.6370.28391040.19112652275693
3.637-3.91590.25091460.16882720286698
3.9159-4.30640.20891480.143727772925100
4.3064-4.92140.18351750.123627432918100
4.9214-6.16990.18131520.159127982950100
6.1699-19.97450.21361670.156728182985100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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