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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ilr | |||||||||
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タイトル | Structure of Arabidopsis thaliana Ribokinase in unligand form | |||||||||
要素 | Ribokinaseリボキナーゼ | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Ribose (リボース) / Ribokinase (リボキナーゼ) / AtRBSK / PfkB family / Phosphotransferase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plastid nucleoid / chloroplast nucleoid / リボキナーゼ / ribokinase activity / D-ribose catabolic process / nucleoside metabolic process / 葉緑体 / 葉緑体 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.972 Å | |||||||||
データ登録者 | Kang, P. / Oh, J. / Rhee, S. | |||||||||
資金援助 | 韓国, 2件
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引用 | ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2019 タイトル: Crystal structure and mutational analyses of ribokinase from Arabidopsis thaliana. 著者: Kang, P.A. / Oh, J. / Lee, H. / Witte, C.P. / Rhee, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ilr.cif.gz | 131.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ilr.ent.gz | 101.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ilr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/6ilr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/6ilr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32928.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: To make AtRBSK crystal, we deleted 1-67 residues of AtRBSK. The reason for target protein truncation is to remove the disorder. Miss matched sequence Met67 is expression tag. The full-length ...詳細: To make AtRBSK crystal, we deleted 1-67 residues of AtRBSK. The reason for target protein truncation is to remove the disorder. Miss matched sequence Met67 is expression tag. The full-length AtRBSK sequence is as follows : >ribokinase.at MMKGISSVSQSINYNPYIEFNRPQLQISTVNPNPAQSRFSRPRSLRVLSLSADPSANRNPKSAVDAHAPPLVVVGSANADIYVEIERLPKEGETISAKTGQTLAGGKGANQAACGAKLMYPTYFVGRLGEDAHGKLIAEALGDDGCGVHLDYVRSVNNEPTGHAVVMLQSDGQNSIIIVGGANMKAWPEIMSDDDLEIVRNAGIVLLQREIPDSINIQVAKAVKKAGVPVILDVGGMDTPIPNELLDSIDILSPNETELSRLTGMPTETFEQISQAVAKCHKLGVKQVLVKLGSKGSALFIQGEKPIQQSIIPAAQVVDTTGAGDTFTAAFAVAMVEGKSHEECLRFAAAAASLCVQVKGAIPSMPDRKSVLKLLKFSI Therefore, N-terminal residues 1-67 were deleted to make AtRBSK crystal. 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At1g17160, F20D23.14, F20D23_14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A1A6H3, リボキナーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.07 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium citrate (pH 5.5), 40 % (v/v) PEG 600 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.972→50 Å / Num. obs: 58558 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 23.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.98→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 1.788 / CC1/2: 0.588 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1RKD 解像度: 1.972→27.469 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.17
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.972→27.469 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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