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- PDB-6i7o: The structure of a di-ribosome (disome) as a unit for RQC and NGD... -

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データベース: PDB / ID: 6i7o
タイトルThe structure of a di-ribosome (disome) as a unit for RQC and NGD quality control pathways recognition.
構成要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 31
  • (60S ribosomal protein ...) x 40
  • 18S ribosomal RNA
  • 25S ribosomal RNAリボソームRNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • A/P hybrid tRNA
  • E-site tRNA
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
  • P-site tRNA
  • P/E hybrid tRNA
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
  • mRNA伝令RNA
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / ribosome (リボソーム) / disome / di-ribosome / stalling
機能・相同性60s Acidic ribosomal protein / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein L44 / Ribosomal family S4e / Ribosomal S17 / Ribosomal L39 protein / Ribosomal L29 protein / Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A / Ribosomal L15 / ribosomal L5P family C-terminus ...60s Acidic ribosomal protein / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein L44 / Ribosomal family S4e / Ribosomal S17 / Ribosomal L39 protein / Ribosomal L29 protein / Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A / Ribosomal L15 / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L4/L1 family / Ribosomal protein L13 / KOW motif / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal L40e family / WD domain, G-beta repeat / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein L30p/L7e / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L13e / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L37e / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein L32 / Ribosomal protein S27a / S4 domain / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein L19e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L21e / Ubiquitin family / Ribosomal protein L22p/L17e / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32e superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / Ribosomal L18e/L15P superfamily / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L19, eukaryotic / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5, C-terminal / Ribosomal protein L15 / 60S acidic ribosomal protein P0 / Ubiquitin-like domain superfamily / 50S ribosomal protein L30e-like / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S10 domain / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain superfamily / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S19
機能・相同性情報
試料の由来Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
実験手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 5.3 Å 分解能
データ登録者Tesina, P. / Cheng, J. / Becker, T. / Beckmann, R.
資金援助ドイツ , 日本 , 3件
組織認可番号
German Research FoundationFOR1805ドイツ
German Research FoundationBE1814/15-1ドイツ
Japan Society for the Promotion of Science26116003日本
引用ジャーナル: EMBO J. / : 2019
タイトル: Collided ribosomes form a unique structural interface to induce Hel2-driven quality control pathways.
著者: Ken Ikeuchi / Petr Tesina / Yoshitaka Matsuo / Takato Sugiyama / Jingdong Cheng / Yasushi Saeki / Keiji Tanaka / Thomas Becker / Roland Beckmann / Toshifumi Inada
要旨: Ribosome stalling triggers quality control pathways targeting the mRNA (NGD: no-go decay) and the nascent polypeptide (RQC: ribosome-associated quality control). RQC requires Hel2-dependent uS10 ...Ribosome stalling triggers quality control pathways targeting the mRNA (NGD: no-go decay) and the nascent polypeptide (RQC: ribosome-associated quality control). RQC requires Hel2-dependent uS10 ubiquitination and the RQT complex in yeast. Here, we report that Hel2-dependent uS10 ubiquitination and Slh1/Rqt2 are crucial for RQC and NGD induction within a di-ribosome (disome) unit, which consists of the leading stalled ribosome and the following colliding ribosome. Hel2 preferentially ubiquitinated a disome over a monosome on a quality control inducing reporter mRNA in an translation reaction. Cryo-EM analysis of the disome unit revealed a distinct structural arrangement suitable for recognition and modification by Hel2. The absence of the RQT complex or uS10 ubiquitination resulted in the elimination of NGD within the disome unit. Instead, we observed Hel2-mediated cleavages upstream of the disome, governed by initial Not4-mediated monoubiquitination of eS7 and followed by Hel2-mediated K63-linked polyubiquitination. We propose that Hel2-mediated ribosome ubiquitination is required both for canonical NGD (NGD) and RQC coupled to the disome and that RQC-uncoupled NGD outside the disome (NGD) can occur in a Not4-dependent manner.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2018年11月16日 / 公開: 2019年1月16日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02019年1月16日Structure modelrepositoryInitial release
1.12019年3月13日Structure modelData collection / Database referencescitation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / em_admin / pdbx_database_proc_citation.journal_volume / _em_admin.last_update

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  • マップデータ: EMDB-4427
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
BQ: 25S ribosomal RNA
BR: 5S ribosomal RNA
BS: 5.8S ribosomal RNA
AW: 60S ribosomal protein L2-A
BA: 60S ribosomal protein L3
BE: 60S ribosomal protein L4-A
BI: 60S ribosomal protein L5
BM: 60S ribosomal protein L6-A
BO: 60S ribosomal protein L7-A
AA: 60S ribosomal protein L8-A
AD: 60S ribosomal protein L9-A
BD: 60S ribosomal protein L10
AG: 60S ribosomal protein L11-B
AJ: 60S ribosomal protein L13-A
AM: 60S ribosomal protein L14-A
AQ: 60S ribosomal protein L15-A
AU: 60S ribosomal protein L16-A
2: 18S ribosomal RNA
P: 40S ribosomal protein S0-A
Q: 40S ribosomal protein S1-A
R: 40S ribosomal protein S2
A: 40S ribosomal protein S3
S: 40S ribosomal protein S4-A
B: 40S ribosomal protein S5
T: 40S ribosomal protein S6-A
U: 40S ribosomal protein S7-A
V: 40S ribosomal protein S8-A
W: 40S ribosomal protein S9-A
C: 40S ribosomal protein S10-A
X: 40S ribosomal protein S11-A
D: 40S ribosomal protein S12
Y: 40S ribosomal protein S13
Z: 40S ribosomal protein S14-B
E: 40S ribosomal protein S15
F: 40S ribosomal protein S16-A
G: 40S ribosomal protein S17-A
H: 40S ribosomal protein S18-A
I: 40S ribosomal protein S19-A
J: 40S ribosomal protein S20
a: 40S ribosomal protein S21-A
b: 40S ribosomal protein S22-A
c: 40S ribosomal protein S23-A
d: 40S ribosomal protein S24-A
K: 40S ribosomal protein S25-A
e: 40S ribosomal protein S26-B
f: 40S ribosomal protein S27-A
L: 40S ribosomal protein S28-A
M: 40S ribosomal protein S29-A
g: 40S ribosomal protein S30-A
N: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
O: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
AX: 60S ribosomal protein L17-A
BB: 60S ribosomal protein L18-A
BF: 60S ribosomal protein L19-A
BH: 60S ribosomal protein L20-A
BJ: 60S ribosomal protein L21-A
BL: 60S ribosomal protein L22-A
AB: 60S ribosomal protein L23-A
AE: 60S ribosomal protein L24-A
AH: 60S ribosomal protein L25
AK: 60S ribosomal protein L26-A
AN: 60S ribosomal protein L27-A
AR: 60S ribosomal protein L28
AV: 60S ribosomal protein L29
AY: 60S ribosomal protein L30
BC: 60S ribosomal protein L31-A
BG: 60S ribosomal protein L32
BK: 60S ribosomal protein L33-A
BN: 60S ribosomal protein L34-A
BP: 60S ribosomal protein L35-A
AC: 60S ribosomal protein L36-A
AF: 60S ribosomal protein L37-A
AI: 60S ribosomal protein L38
AL: 60S ribosomal protein L39
AO: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
AS: 60S ribosomal protein L41-B
AP: 60S ribosomal protein L42-A
AT: 60S ribosomal protein L43-A
BU: 60S acidic ribosomal protein P0
2b: 18S ribosomal RNA
Pb: 40S ribosomal protein S0-A
Qb: 40S ribosomal protein S1-A
Rb: 40S ribosomal protein S2
Ab: 40S ribosomal protein S3
Sb: 40S ribosomal protein S4-A
Bb: 40S ribosomal protein S5
Tb: 40S ribosomal protein S6-A
Ub: 40S ribosomal protein S7-A
Vb: 40S ribosomal protein S8-A
Wb: 40S ribosomal protein S9-A
Cb: 40S ribosomal protein S10-A
Xb: 40S ribosomal protein S11-A
Db: 40S ribosomal protein S12
Yb: 40S ribosomal protein S13
Zb: 40S ribosomal protein S14-B
Eb: 40S ribosomal protein S15
Fb: 40S ribosomal protein S16-A
Gb: 40S ribosomal protein S17-A
Hb: 40S ribosomal protein S18-A
Ib: 40S ribosomal protein S19-A
Jb: 40S ribosomal protein S20
ab: 40S ribosomal protein S21-A
bb: 40S ribosomal protein S22-A
cb: 40S ribosomal protein S23-A
db: 40S ribosomal protein S24-A
Kb: 40S ribosomal protein S25-A
eb: 40S ribosomal protein S26-B
fb: 40S ribosomal protein S27-A
Lb: 40S ribosomal protein S28-A
Mb: 40S ribosomal protein S29-A
gb: 40S ribosomal protein S30-A
Nb: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
Ob: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
YQ: 25S ribosomal RNA
YR: 5S ribosomal RNA
YS: 5.8S ribosomal RNA
XW: 60S ribosomal protein L2-A
YA: 60S ribosomal protein L3
YE: 60S ribosomal protein L4-A
YI: 60S ribosomal protein L5
YM: 60S ribosomal protein L6-A
YO: 60S ribosomal protein L7-A
XA: 60S ribosomal protein L8-A
XD: 60S ribosomal protein L9-A
YD: 60S ribosomal protein L10
XG: 60S ribosomal protein L11-B
XJ: 60S ribosomal protein L13-A
XM: 60S ribosomal protein L14-A
XQ: 60S ribosomal protein L15-A
XU: 60S ribosomal protein L16-A
XX: 60S ribosomal protein L17-A
YB: 60S ribosomal protein L18-A
YF: 60S ribosomal protein L19-A
YH: 60S ribosomal protein L20-A
YJ: 60S ribosomal protein L21-A
YL: 60S ribosomal protein L22-A
XB: 60S ribosomal protein L23-A
XE: 60S ribosomal protein L24-A
XH: 60S ribosomal protein L25
XK: 60S ribosomal protein L26-A
XN: 60S ribosomal protein L27-A
XR: 60S ribosomal protein L28
XV: 60S ribosomal protein L29
XY: 60S ribosomal protein L30
YC: 60S ribosomal protein L31-A
YG: 60S ribosomal protein L32
YK: 60S ribosomal protein L33-A
YN: 60S ribosomal protein L34-A
YP: 60S ribosomal protein L35-A
XC: 60S ribosomal protein L36-A
XF: 60S ribosomal protein L37-A
XI: 60S ribosomal protein L38
XL: 60S ribosomal protein L39
XO: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
XS: 60S ribosomal protein L41-B
XP: 60S ribosomal protein L42-A
XT: 60S ribosomal protein L43-A
YU: 60S acidic ribosomal protein P0
n: P-site tRNA
m: E-site tRNA
nb: A/P hybrid tRNA
mb: P/E hybrid tRNA
l: mRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,232,474178
ポリマ-6,231,493163
非ポリマ-98115
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

-
構成要素

-
RNA鎖 , 9種, 13分子 BQYQBRYRBSYS22bnmnbmbl

#1: RNA鎖 25S ribosomal RNA / リボソームRNA


分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 834774822
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA /


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1329886537
#3: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA /


分子量: 50376.758 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1489318609
#18: RNA鎖 18S ribosomal RNA /


分子量: 579761.938 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 874346701
#80: RNA鎖 P-site tRNA


分子量: 24468.551 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1329886529
#81: RNA鎖 E-site tRNA


分子量: 24004.262 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 176418
#82: RNA鎖 A/P hybrid tRNA


分子量: 24501.539 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#83: RNA鎖 P/E hybrid tRNA


分子量: 24802.785 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#84: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 17904.270 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
60S ribosomal protein ... , 40種, 80分子 AWXWBAYABEYEBIYIBMYMBOYOAAXAADXDBDYDAGXGAJXJAMXMAQXQAUXUAXXX...

#4: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L2-A / リボソーム / L5 / Large ribosomal subunit protein uL2-A / RP8 / YL6


分子量: 27217.289 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX45
#5: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L3 / / Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin resistance protein / YL1


分子量: 43719.602 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14126
#6: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L4-A / リボソーム / L2 / Large ribosomal subunit protein uL4-A / RP2 / YL2


分子量: 39027.926 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P10664
#7: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L5 / / L1 / L1a / Large ribosomal subunit protein uL18 / Ribosomal 5S RNA-binding protein / YL3


分子量: 33415.387 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26321
#8: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L6-A / リボソーム / L17 / Large ribosomal subunit protein eL6-A / RP18 / YL16


分子量: 20000.564 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02326
#9: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L7-A / リボソーム / L6 / Large ribosomal subunit protein uL30-A / RP11 / YL8


分子量: 25341.480 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05737
#10: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L8-A / リボソーム / L4 / L4-2 / L7a-1 / Large ribosomal subunit protein eL8-A / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5


分子量: 25656.840 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P17076
#11: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L9-A / リボソーム / L8 / Large ribosomal subunit protein uL6-A / RP24 / YL11


分子量: 21491.902 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05738
#12: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L10 / / L9 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex subunit VI-requiring protein


分子量: 25410.465 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41805
#13: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L11-B / リボソーム / L16 / Large ribosomal subunit protein uL5-B / RP39 / YL22


分子量: 19266.082 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E757
#14: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L13-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL13-A


分子量: 21956.312 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12690
#15: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L14-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL14-A


分子量: 15063.870 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36105
#16: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L15-A / リボソーム / L13 / Large ribosomal subunit protein eL15-A / RP15R / YL10 / YP18


分子量: 24351.162 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05748
#17: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L16-A / リボソーム / L13a / L21 / Large ribosomal subunit protein uL13-A / RP22 / YL15


分子量: 22028.951 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26784
#52: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L17-A / リボソーム / L20A / Large ribosomal subunit protein uL22-A / YL17


分子量: 20589.518 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05740
#53: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L18-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL18-A / RP28


分子量: 20478.059 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX49
#54: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L19-A / リボソーム / L23 / Large ribosomal subunit protein eL19-A / RP15L / RP33 / YL14


分子量: 21631.121 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX82
#55: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L20-A / リボソーム / L18a / Large ribosomal subunit protein eL20-A


分子量: 20478.852 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX23
#56: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L21-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL21-A


分子量: 18148.066 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02753
#57: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L22-A / リボソーム / L1c / Large ribosomal subunit protein eL22-A / RP4 / YL31


分子量: 11006.555 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05749
#58: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L23-A / リボソーム / L17a / Large ribosomal subunit protein uL14-A / YL32


分子量: 14218.625 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX41
#59: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L24-A / リボソーム / L30 / Large ribosomal subunit protein eL24-A / RP29 / YL21


分子量: 15506.229 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04449
#60: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L25 / / Large ribosomal subunit protein uL23 / RP16L / YL25 / YP42'


分子量: 13641.997 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04456
#61: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L26-A / リボソーム / L33 / Large ribosomal subunit protein uL24-A / YL33


分子量: 13892.317 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05743
#62: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L27-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL27-A


分子量: 15437.166 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C2H6
#63: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L28 / / L27a / L29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / RP44 / RP62 / YL24


分子量: 16630.471 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02406
#64: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L29 / / Large ribosomal subunit protein eL29 / YL43


分子量: 6560.688 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05747
#65: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L30 / / L32 / Large ribosomal subunit protein eL30 / RP73 / YL38


分子量: 10902.664 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14120
#66: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L31-A / リボソーム / L34 / Large ribosomal subunit protein eL31-A / YL28


分子量: 12649.754 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C2H8
#67: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L32 / / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 14478.054 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38061
#68: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L33-A / リボソーム / L37 / Large ribosomal subunit protein eL33-A / RP47 / YL37


分子量: 12045.935 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05744
#69: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L34-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL34-A


分子量: 12608.831 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P87262
#70: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L35-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein uL29-A


分子量: 13811.444 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX84
#71: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L36-A / リボソーム / L39 / Large ribosomal subunit protein eL36-A / YL39


分子量: 11020.063 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05745
#72: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L37-A / リボソーム / L43 / Large ribosomal subunit protein eL37-A / YL35 / YP55


分子量: 9300.709 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49166
#73: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L38 / / Large ribosomal subunit protein eL38


分子量: 8714.363 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49167
#74: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L39 / / L46 / Large ribosomal subunit protein eL39 / YL40


分子量: 6227.444 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04650
#76: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41-B / リボソーム / L47 / Large ribosomal subunit protein eL41-B / YL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX87
#77: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L42-A / リボソーム / L41 / Large ribosomal subunit protein eL42-A / YL27 / YP44


分子量: 12115.462 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX27
#78: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L43-A / リボソーム / L37a / Large ribosomal subunit protein eL43-A / YL35


分子量: 9981.756 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX25

+
40S ribosomal protein ... , 31種, 62分子 PPbQQbRRbAAbSSbBBbTTbUUbVVbWWbCCbXXbDDbYYbZZb...

#19: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S0-A / リボソーム / Nucleic acid-binding protein NAB1A / Small ribosomal subunit protein uS2-A


分子量: 22811.074 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32905
#20: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S1-A / リボソーム / RP10A / Small ribosomal subunit protein eS1-A


分子量: 24498.365 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P33442
#21: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S2 / / Omnipotent suppressor protein SUP44 / RP12 / S4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / YS5


分子量: 23212.979 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25443
#22: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S3 / / RP13 / Small ribosomal subunit protein uS3 / YS3


分子量: 24702.791 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05750
#23: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S4-A / リボソーム / RP5 / S7 / Small ribosomal subunit protein eS4-A / YS6


分子量: 29338.133 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX35
#24: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S5 / / RP14 / S2 / Small ribosomal subunit protein uS7 / YS8


分子量: 22908.338 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26783
#25: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S6-A / リボソーム / RP9 / S10 / Small ribosomal subunit protein eS6-A / YS4


分子量: 24965.975 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX37
#26: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S7-A / リボソーム / RP30 / RP40 / Small ribosomal subunit protein eS7-A


分子量: 21071.570 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26786
#27: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S8-A / リボソーム / RP19 / S14 / Small ribosomal subunit protein eS8-A / YS9


分子量: 22537.803 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX39
#28: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S9-A / リボソーム / RP21 / S13 / Small ribosomal subunit protein uS4-A / YP28 / YS11


分子量: 21210.662 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O13516
#29: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S10-A / リボソーム / Small ribosomal subunit protein eS10-A


分子量: 11042.562 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08745
#30: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S11-A / リボソーム / RP41 / S18 / Small ribosomal subunit protein uS17-A / YS12


分子量: 16588.461 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX47
#31: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S12 / / Small ribosomal subunit protein eS12


分子量: 13327.331 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P48589
#32: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S13 / / S27a / Small ribosomal subunit protein uS15 / YS15


分子量: 16928.748 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05756
#33: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S14-B / リボソーム / RP59B / Small ribosomal subunit protein uS11-B


分子量: 13560.528 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P39516
#34: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S15 / / RIG protein / RP52 / S21 / Small ribosomal subunit protein uS19 / YS21


分子量: 13421.732 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q01855
#35: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S16-A / リボソーム / RP61R / Small ribosomal subunit protein uS9-A


分子量: 15659.216 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX51
#36: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S17-A / リボソーム / RP51A / Small ribosomal subunit protein eS17-A


分子量: 14268.545 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02407
#37: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S18-A / リボソーム / Small ribosomal subunit protein uS13-A


分子量: 16940.443 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX55
#38: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S19-A / リボソーム / RP55A / S16a / Small ribosomal subunit protein eS19-A / YP45 / YS16A


分子量: 15810.930 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P07280
#39: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S20 / / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 11476.479 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38701
#40: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S21-A / リボソーム / S26 / Small ribosomal subunit protein eS21-A / YS25


分子量: 9758.829 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0V8
#41: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S22-A / リボソーム / RP50 / S24 / Small ribosomal subunit protein uS8-A / YP58 / YS22


分子量: 14518.867 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0W1
#42: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S23-A / リボソーム / RP37 / S28 / Small ribosomal subunit protein uS12-A / YS14


分子量: 15942.699 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX29
#43: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S24-A / リボソーム / RP50 / Small ribosomal subunit protein eS24-A


分子量: 15231.650 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX31
#44: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S25-A / リボソーム / RP45 / S31 / Small ribosomal subunit protein eS25-A / YS23


分子量: 7930.299 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E792
#45: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S26-B / リボソーム / Small ribosomal subunit protein eS26-B


分子量: 11022.989 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P39939
#46: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S27-A / リボソーム / RP61 / Small ribosomal subunit protein eS27-A / YS20


分子量: 8762.195 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P35997
#47: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S28-A / リボソーム / S33 / Small ribosomal subunit protein eS28-A / YS27


分子量: 7116.281 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E7X9
#48: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S29-A / リボソーム / S36 / Small ribosomal subunit protein uS14-A / YS29


分子量: 6335.303 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41057
#49: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S30-A / リボソーム / Small ribosomal subunit protein eS30-A


分子量: 6779.086 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX33

-
タンパク質・ペプチド , 4種, 8分子 NNbOObAOXOBUYU

#50: タンパク質・ペプチド Ubiquitin-40S ribosomal protein S31


分子量: 8329.946 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05759
#51: タンパク質・ペプチド Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1 / Small ribosomal subunit protein RACK1


分子量: 34151.426 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38011
#75: タンパク質・ペプチド Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 6032.321 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CH08
#79: タンパク質・ペプチド 60S acidic ribosomal protein P0 / A0 / L10e / Large ribosomal subunit protein uL10


分子量: 33749.121 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05317

-
非ポリマー , 1種, 15分子

#85: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 15 / : Zn / 亜鉛

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実験情報

-
実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of a native stalled di-ribosome (disome) complex from S. cerevisiae
タイプ: RIBOSOME
Entity ID: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84
由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 2.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1
3次元再構成分解能: 5.3 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15739 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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