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万見
- PDB-6i2n: Helical RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i2n
タイトルHelical RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid
要素
  • Nucleoprotein核タンパク質
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*U)-3')
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Nucleoprotein (核タンパク質) / Nucleocapsid (カプシド) / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


: / helical viral capsid / : / host cell Golgi apparatus / viral nucleocapsid / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Hantavirus nucleocapsid protein / Hantavirus nucleocapsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / 核タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Hantaan orthohantavirus (ウイルス)
Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Arragain, B. / Reguera, J. / Desfosses, A. / Gutsche, I. / Schoehn, G. / Malet, H.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
G7H-IRS17H50 フランス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: High resolution cryo-EM structure of the helical RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid reveals its assembly mechanisms.
著者: Benoît Arragain / Juan Reguera / Ambroise Desfosses / Irina Gutsche / Guy Schoehn / Hélène Malet /
要旨: Negative-strand RNA viruses condense their genome into helical nucleocapsids that constitute essential templates for viral replication and transcription. The intrinsic flexibility of nucleocapsids ...Negative-strand RNA viruses condense their genome into helical nucleocapsids that constitute essential templates for viral replication and transcription. The intrinsic flexibility of nucleocapsids usually prevents their full-length structural characterisation at high resolution. Here, we describe purification of full-length recombinant metastable helical nucleocapsid of Hantaan virus ( family, order) and determine its structure at 3.3 Å resolution by cryo-electron microscopy. The structure reveals the mechanisms of helical multimerisation via sub-domain exchanges between protomers and highlights nucleotide positions in a continuous positively charged groove compatible with viral genome binding. It uncovers key sites for future structure-based design of antivirals that are currently lacking to counteract life-threatening hantavirus infections. The structure also suggests a model of nucleoprotein-polymerase interaction that would enable replication and transcription solely upon local disruption of the nucleocapsid.
履歴
登録2018年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: em_admin / entity_src_gen / pdbx_database_proc
Item: _em_admin.last_update / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.22019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_and_software_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0333
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
U: RNA (5'-R(P*UP*UP*U)-3')
D: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1362
ポリマ－49,1362
非ポリマー00
水0
1
U: RNA (5'-R(P*UP*UP*U)-3')
D: Nucleoprotein
x 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)343,95114
ポリマ－343,95114
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1
point symmetry operation6
Buried area900 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area20000 Å2
手法PISA

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*U)-3')


分子量: 873.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: A poly-U has been built but the RNA corresponds to heterogeneous insect cell RNA that bind to nucleoproteins during expression.
由来: (天然) Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
細胞株: SF21
#2: タンパク質 Nucleoprotein / 核タンパク質 / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 48262.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hantaan orthohantavirus (ウイルス)
Variant: KHF / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P05133

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1RNA-bound Hantaan virus nucleocapsidCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Hantaan virus nucleoproteinCOMPLEX#21RECOMBINANT
3RNAリボ核酸COMPLEX#11NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
112.554 kDa/nmNO
210.0482 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
13Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
22Hantaan orthohantavirus (ウイルス)1980471
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株: SF21 / プラスミド: pFastBac
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
2300 mMSodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
310 mMMagnesium chlorideMgCl21
42 mMBeta-mercapto-ethanol1
520 mMImidazoleイミダゾール1
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 30 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K
詳細: 3 ul of sample were applied on the resulting glow-discharged grids and excess solution was blotted during 2.5 sec force 7

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（補正後）: 46860 X / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4328
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3840 / 縦: 3712 / 動画フレーム数/画像: 28 / 利用したフレーム数/画像: 3-18

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION2.1粒子像選択manual picking
2EPU画像取得
4GctfCTF補正global
5GctfCTF補正local CTF-determination was calculated for each segment
6RELION3CTF補正CTF-refinement
9UCSF Chimeraモデルフィッティングinitial rigid fitting
11RELION2.1初期オイラー角割当
12RELION2.1最終オイラー角割当
14RELION3３次元再構成
15PHENIX1.13モデル精密化
16Coot0.8.9モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -99.95 ° / 軸方向距離/サブユニット: 18.87 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 168709
詳細: Straight HTNV-NC were manually picked and computationally cut with an inter-box distance of 38 A along the helical axis into overlapping boxes of 400*400 pixels, resulting in 168,709 ...詳細: Straight HTNV-NC were manually picked and computationally cut with an inter-box distance of 38 A along the helical axis into overlapping boxes of 400*400 pixels, resulting in 168,709 extracted segments. 2D classification was used to eliminate bad quality filaments.
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 105665 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築B value: 103 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
詳細: Fiber model was iteratively rebuilt and all-atom refined using stereochemical and NCS restraints
原子モデル構築PDB-ID: 5FSG

5fsg


Pdb chain residue range: 113-429

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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