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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hy0 | ||||||
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タイトル | Atomic models of P1, P4 C-terminal fragment and P8 fitted in the bacteriophage phi6 nucleocapsid reconstructed with icosahedral symmetry | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS (ウイルス) / dsRNA (リボ核酸) / capsid (カプシド) | ||||||
機能・相同性 | : / Major inner capsid protein P1 / ATPase P4 of dsRNA bacteriophage phi-12 / T=2 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral nucleocapsid / RNA binding / identical protein binding / Major inner protein P1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas phage phi6 (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | El Omari, K. / Ilca, S.L. / Stuart, D.I. / Huiskonen, J.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2019 タイトル: Multiple liquid crystalline geometries of highly compacted nucleic acid in a dsRNA virus. 著者: Serban L Ilca / Xiaoyu Sun / Kamel El Omari / Abhay Kotecha / Felix de Haas / Frank DiMaio / Jonathan M Grimes / David I Stuart / Minna M Poranen / Juha T Huiskonen / 要旨: Characterizing the genome of mature virions is pivotal to understanding the highly dynamic processes of virus assembly and infection. Owing to the different cellular fates of DNA and RNA, the life ...Characterizing the genome of mature virions is pivotal to understanding the highly dynamic processes of virus assembly and infection. Owing to the different cellular fates of DNA and RNA, the life cycles of double-stranded (ds)DNA and dsRNA viruses are dissimilar. In terms of nucleic acid packing, dsDNA viruses, which lack genome segmentation and intra-capsid transcriptional machinery, predominantly display single-spooled genome organizations. Because the release of dsRNA into the cytoplasm triggers host defence mechanisms, dsRNA viruses retain their genomes within a core particle that contains the enzymes required for RNA replication and transcription. The genomes of dsRNA viruses vary greatly in the degree of segmentation. In members of the Reoviridae family, genomes consist of 10-12 segments and exhibit a non-spooled arrangement mediated by RNA-dependent RNA polymerases. However, whether this arrangement is a general feature of dsRNA viruses remains unknown. Here, using cryo-electron microscopy to resolve the dsRNA genome structure of the tri-segmented bacteriophage ɸ6 of the Cystoviridae family, we show that dsRNA viruses can adopt a dsDNA-like single-spooled genome organization. We find that in this group of viruses, RNA-dependent RNA polymerases do not direct genome ordering, and the dsRNA can adopt multiple conformations. We build a model that encompasses 90% of the genome, and use this to quantify variation in the packing density and to characterize the different liquid crystalline geometries that are exhibited by the tightly compacted nucleic acid. Our results demonstrate that the canonical model for the packing of dsDNA can be extended to dsRNA viruses. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6hy0.cif.gz | 502.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6hy0.ent.gz | 429.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6hy0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/6hy0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/6hy0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 0299MC 0294C 0295C 0296C 0300C 0302C 0304C 0305C 0306C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 85080.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas phage phi6 (ファージ) / 参照: UniProt: P11126 #2: タンパク質 | | 分子量: 35198.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas phage phi6 (ファージ) #3: タンパク質 | 分子量: 16018.418 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas phage phi6 (ファージ) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pseudomonas phage phi6Pseudomonas virus phi6 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL | ||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas phage phi6 (ファージ) | ||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION | ||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Pseudomonas syringae | ||||||||||||
ウイルス殻 |
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緩衝液 | pH: 7.2 | ||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 33 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 55265 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5MUU |