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- PDB-6hy0: Atomic models of P1, P4 C-terminal fragment and P8 fitted in the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hy0
タイトルAtomic models of P1, P4 C-terminal fragment and P8 fitted in the bacteriophage phi6 nucleocapsid reconstructed with icosahedral symmetry
要素
  • Major Outer Capsid Protein P8
  • Major inner protein P1
  • Packaging Enzyme P4
キーワードVIRUS (ウイルス) / dsRNA (リボ核酸) / capsid (カプシド)
機能・相同性: / Major inner capsid protein P1 / ATPase P4 of dsRNA bacteriophage phi-12 / T=2 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral nucleocapsid / RNA binding / identical protein binding / Major inner protein P1
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage phi6 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者El Omari, K. / Ilca, S.L. / Stuart, D.I. / Huiskonen, J.T.
引用ジャーナル: Nature / : 2019
タイトル: Multiple liquid crystalline geometries of highly compacted nucleic acid in a dsRNA virus.
著者: Serban L Ilca / Xiaoyu Sun / Kamel El Omari / Abhay Kotecha / Felix de Haas / Frank DiMaio / Jonathan M Grimes / David I Stuart / Minna M Poranen / Juha T Huiskonen /
要旨: Characterizing the genome of mature virions is pivotal to understanding the highly dynamic processes of virus assembly and infection. Owing to the different cellular fates of DNA and RNA, the life ...Characterizing the genome of mature virions is pivotal to understanding the highly dynamic processes of virus assembly and infection. Owing to the different cellular fates of DNA and RNA, the life cycles of double-stranded (ds)DNA and dsRNA viruses are dissimilar. In terms of nucleic acid packing, dsDNA viruses, which lack genome segmentation and intra-capsid transcriptional machinery, predominantly display single-spooled genome organizations. Because the release of dsRNA into the cytoplasm triggers host defence mechanisms, dsRNA viruses retain their genomes within a core particle that contains the enzymes required for RNA replication and transcription. The genomes of dsRNA viruses vary greatly in the degree of segmentation. In members of the Reoviridae family, genomes consist of 10-12 segments and exhibit a non-spooled arrangement mediated by RNA-dependent RNA polymerases. However, whether this arrangement is a general feature of dsRNA viruses remains unknown. Here, using cryo-electron microscopy to resolve the dsRNA genome structure of the tri-segmented bacteriophage ɸ6 of the Cystoviridae family, we show that dsRNA viruses can adopt a dsDNA-like single-spooled genome organization. We find that in this group of viruses, RNA-dependent RNA polymerases do not direct genome ordering, and the dsRNA can adopt multiple conformations. We build a model that encompasses 90% of the genome, and use this to quantify variation in the packing density and to characterize the different liquid crystalline geometries that are exhibited by the tightly compacted nucleic acid. Our results demonstrate that the canonical model for the packing of dsDNA can be extended to dsRNA viruses.
履歴
登録2018年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / em_admin / pdbx_database_proc / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update
改定 1.22019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-0299
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0299
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major inner protein P1
B: Major inner protein P1
C: Packaging Enzyme P4
D: Major Outer Capsid Protein P8
E: Major Outer Capsid Protein P8
F: Major Outer Capsid Protein P8
G: Major Outer Capsid Protein P8
H: Major Outer Capsid Protein P8
I: Major Outer Capsid Protein P8
J: Major Outer Capsid Protein P8
K: Major Outer Capsid Protein P8
L: Major Outer Capsid Protein P8
M: Major Outer Capsid Protein P8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)365,54413
ポリマ-365,54413
非ポリマー00
0
1
A: Major inner protein P1
B: Major inner protein P1
C: Packaging Enzyme P4
D: Major Outer Capsid Protein P8
E: Major Outer Capsid Protein P8
F: Major Outer Capsid Protein P8
G: Major Outer Capsid Protein P8
H: Major Outer Capsid Protein P8
I: Major Outer Capsid Protein P8
J: Major Outer Capsid Protein P8
K: Major Outer Capsid Protein P8
L: Major Outer Capsid Protein P8
M: Major Outer Capsid Protein P8
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,932,642780
ポリマ-21,932,642780
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
point symmetry operation60
Buried area34010 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area159930 Å2
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Major inner protein P1 / Major Inner Capsid Protein P1


分子量: 85080.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas phage phi6 (ファージ) / 参照: UniProt: P11126
#2: タンパク質 Packaging Enzyme P4


分子量: 35198.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas phage phi6 (ファージ)
#3: タンパク質
Major Outer Capsid Protein P8


分子量: 16018.418 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas phage phi6 (ファージ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pseudomonas phage phi6Pseudomonas virus phi6 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage phi6 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Pseudomonas syringae
ウイルス殻
IDEntity assembly-ID名称三角数 (T数)
11Outer Capsid Shell13
21Inner Capsid Shell1
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 33 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1ETHAN粒子像選択
4RELIONCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
12RELION2.0.33次元再構成
13REFMAC5モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 55265 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築PDB-ID: 5MUU

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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