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- PDB-6hu9: III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex from S. cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hu9
タイトルIII2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex from S. cerevisiae
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 8
  • (Cytochrome c oxidase polypeptide ...) x 2
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...シトクロムcオキシダーゼ) x 9
  • Cox26
  • Cytochrome bシトクロムb
  • Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / Cytochrome c oxidase Cytochrome bc1 Mitochondria Respiratory chain Supercomplex / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / Respiratory electron transport / mitochondrial respirasome assembly / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / mitochondrial respiratory chain complex III / mitochondrial respiratory chain complex IV / mitochondrial respirasome / シトクロムcオキシダーゼ ...mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / Respiratory electron transport / mitochondrial respirasome assembly / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / mitochondrial respiratory chain complex III / mitochondrial respiratory chain complex IV / mitochondrial respirasome / シトクロムcオキシダーゼ / quinol-cytochrome-c reductase / 細胞呼吸 / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / electron transport coupled proton transport / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / 細胞呼吸 / proton transmembrane transport / nuclear periphery / ミトコンドリア / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metalloendopeptidase activity / ミトコンドリア内膜 / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / ミトコンドリア / タンパク質分解 / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase subunit VII, budding yeast / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome C Oxidase; Chain L ...Cytochrome c oxidase subunit VII, budding yeast / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome C Oxidase; Chain L / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / 3-layer Sandwich / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / シトクロムb / : / : / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Chem-UQ6 ...CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Chem-UQ6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial / シトクロムb / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Hartley, A.M. / Pinotsis, N. / Marechal, A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/M00936X/1 英国
Wellcome Trust105628/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Structure of yeast cytochrome c oxidase in a supercomplex with cytochrome bc.
著者: Andrew M Hartley / Natalya Lukoyanova / Yunyi Zhang / Alfredo Cabrera-Orefice / Susanne Arnold / Brigitte Meunier / Nikos Pinotsis / Amandine Maréchal /
要旨: Cytochrome c oxidase (complex IV, CIV) is known in mammals to exist independently or in association with other respiratory proteins to form supercomplexes (SCs). In Saccharomyces cerevisiae, CIV is ...Cytochrome c oxidase (complex IV, CIV) is known in mammals to exist independently or in association with other respiratory proteins to form supercomplexes (SCs). In Saccharomyces cerevisiae, CIV is found solely in an SC with cytochrome bc (complex III, CIII). Here, we present the cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structure of S. cerevisiae CIV in a IIIIV SC at 3.3 Å resolution. While overall similarity to mammalian homologs is high, we found notable differences in the supernumerary subunits Cox26 and Cox13; the latter exhibits a unique arrangement that precludes CIV dimerization as seen in bovine. A conformational shift in the matrix domain of Cox5A-involved in allosteric inhibition by ATP-may arise from its association with CIII. The CIII-CIV arrangement highlights a conserved interaction interface of CIII, albeit one occupied by complex I in mammalian respirasomes. We discuss our findings in the context of the potential impact of SC formation on CIV regulation.
履歴
登録2018年10月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月9日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年1月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年1月23日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn ...pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
改定 1.42019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0262
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
B: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
C: Cytochrome b
D: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
E: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
F: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
G: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
H: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
I: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
J: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
L: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
M: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
N: Cytochrome b
O: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
P: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
Q: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
R: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
S: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
T: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
U: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
a: Cytochrome c oxidase subunit 1
b: Cytochrome c oxidase subunit 2
c: Cytochrome c oxidase subunit 3
d: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial
e: Cytochrome c oxidase polypeptide 5A, mitochondrial
f: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial
g: Cytochrome c oxidase subunit 7
h: Cytochrome c oxidase polypeptide VIII, mitochondrial
i: Cytochrome c oxidase subunit 7A
j: Cytochrome c oxidase subunit 6B
k: Cytochrome c oxidase subunit 6A, mitochondrial
l: Cox26
m: Cytochrome c oxidase subunit 1
n: Cytochrome c oxidase subunit 2
o: Cytochrome c oxidase subunit 3
p: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial
q: Cytochrome c oxidase polypeptide 5A, mitochondrial
r: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial
s: Cytochrome c oxidase subunit 7
t: Cytochrome c oxidase polypeptide VIII, mitochondrial
u: Cytochrome c oxidase subunit 7A
v: Cytochrome c oxidase subunit 6B
w: Cytochrome c oxidase subunit 6A, mitochondrial
x: Cox26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)936,427113
ポリマ－890,51444
非ポリマー45,91369
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 8種, 16分子 ALBMEPFQGRHSITJU

#1: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Complex III subunit 1 / Core protein I / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 1


分子量: 47459.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P07256
#2: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Complex III subunit 2 / Core protein II / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2


分子量: 38751.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P07257
#5: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Complex III subunit 5 / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron- ...Complex III subunit 5 / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit


分子量: 20122.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P08067, quinol-cytochrome-c reductase
#6: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Complex III subunit 6 / Complex III subunit VI / Cytochrome c1 non-heme 17 kDa protein / ...Complex III subunit 6 / Complex III subunit VI / Cytochrome c1 non-heme 17 kDa protein / Mitochondrial hinge protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 17 kDa protein


分子量: 17276.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P00127
#7: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Complex III subunit 7 / Complex III subunit VII / Ubiquinol-cytochrome c reductase c reductase ...Complex III subunit 7 / Complex III subunit VII / Ubiquinol-cytochrome c reductase c reductase complex 14 kDa protein


分子量: 14583.755 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P00128
#8: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Complex III subunit 8 / Complex III subunit VII / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 11 kDa ...Complex III subunit 8 / Complex III subunit VII / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 11 kDa protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C


分子量: 10856.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P08525
#9: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Complex III subunit 9 / Complex III subunit X / Cytochrome c1 non-heme 7.3 kDa protein / Ubiquinol- ...Complex III subunit 9 / Complex III subunit X / Cytochrome c1 non-heme 7.3 kDa protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.3 kDa protein


分子量: 7485.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22289
#10: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Complex III subunit 10 / Complex III subunit XI / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 8.5 kDa protein


分子量: 8602.913 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P37299

-
タンパク質 , 3種, 6分子 CNDOlx

#3: タンパク質 Cytochrome b / シトクロムb / Complex III subunit 3 / Complex III subunit CYTB / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 ...Complex III subunit 3 / Complex III subunit CYTB / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Cytochrome b-c1 complex subunit CYTB / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit


分子量: 43686.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P00163
#4: タンパク質 Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / / Complex III subunit 4 / Complex III subunit IV / Cytochrome b-c1 complex subunit 4 / Ubiquinol- ...Complex III subunit 4 / Complex III subunit IV / Cytochrome b-c1 complex subunit 4 / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome c1 subunit / Cytochrome c-1


分子量: 27807.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P07143
#22: タンパク質 Cox26


分子量: 7461.718 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q2V2P9

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 9種, 18分子 ambncodpfrgsiujvkw

#11: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase polypeptide I / COX1


分子量: 58832.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P00401, シトクロムcオキシダーゼ
#12: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / / Cytochrome c oxidase polypeptide II / COX2


分子量: 26779.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P00410, シトクロムcオキシダーゼ
#13: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase polypeptide III / COX3


分子量: 30383.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P00420, シトクロムcオキシダーゼ
#14: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase polypeptide IV / COX4


分子量: 14188.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04037, シトクロムcオキシダーゼ
#16: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase polypeptide VI / COX6


分子量: 12641.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P00427, シトクロムcオキシダーゼ
#17: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7 / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase polypeptide VII / COX7


分子量: 6811.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P10174, シトクロムcオキシダーゼ
#19: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7A / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIA / COX9


分子量: 6471.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P07255, シトクロムcオキシダーゼ
#20: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6B / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase polypeptide VIb / COX12


分子量: 9668.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q01519, シトクロムcオキシダーゼ
#21: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6A, mitochondrial / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa / COX13


分子量: 15117.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: COX13, YGL191W, G1341 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): W303-1B / 参照: UniProt: P32799, シトクロムcオキシダーゼ

-
Cytochrome c oxidase polypeptide ... , 2種, 4分子 eqht

#15: タンパク質 Cytochrome c oxidase polypeptide 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide Va / COX5A


分子量: 14891.784 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P00424, シトクロムcオキシダーゼ
#18: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase polypeptide VIII, mitochondrial


分子量: 5375.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04039, シトクロムcオキシダーゼ

-
非ポリマー , 13種, 69分子

#23: 化合物...
ChemComp-PEF / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 3-[AMINOETHYLPHOSPHORYL]-[1,2-DI-PALMITOYL]-SN-GLYCEROL / DPPE / ホスファチジルエタノールアミン


分子量: 691.959 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO8P / コメント: リン脂質*YM
#24: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#25: 化合物 ChemComp-UQ6 / 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL


分子量: 592.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H60O4
#26: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL / Cardiolipin


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#27: 化合物
ChemComp-PCF / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE / ジパルミトイルホスファチジルコリン


分子量: 734.039 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P
#28: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#29: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#30: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#31: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A / Heme A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#32: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#33: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#34: 化合物
ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#35: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#22 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303-1B
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 92 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: 3 microL of sample applied to negatively glow discharged grid, blot force -10; blotting time 8.5 sec

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 130000 X / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 1.645 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch0.53粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFINDCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIX1.13_2998モデル精密化
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 44915 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
11KYO

1kyo

1
21V54

1v54

1
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00864705
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.06987763
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.85638221
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0579460
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00810892

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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