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万見
- PDB-6hqb: Monomeric cyanobacterial photosystem I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hqb
タイトルMonomeric cyanobacterial photosystem I
要素
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...光化学系I) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...光化学系I) x 8
  • Photosystem I iron-sulfur center光化学系I
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / Crystal structure (結晶構造) / Cyanobacteria (藍藻) / Membrane complexes / Photosystem I (光化学系I) / Synechocystis
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived photosystem I / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...plasma membrane-derived photosystem I / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Single helix bin / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / SH3 type barrels. - #50 ...Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Single helix bin / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / SH3 type barrels. - #50 / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Alpha-Beta Plaits - #20 / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta,beta-carotene-4,4'-dione / Β-カロテン / Chem-C7Z / クロロフィルa / beta,beta-caroten-4-one / (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / フィロキノン / 鉄・硫黄クラスター ...beta,beta-carotene-4,4'-dione / Β-カロテン / Chem-C7Z / クロロフィルa / beta,beta-caroten-4-one / (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / フィロキノン / 鉄・硫黄クラスター / Chem-SQD / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Netzer-El, S.Y. / Nelson, N. / Caspy, I.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
European Research Council293579 ベルギー
引用ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure of Photosystem I Monomer From Synechocystis PCC 6803.
著者: Netzer-El, S.Y. / Caspy, I. / Nelson, N.
履歴
登録2018年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I reaction center subunit III
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit PsaK 2
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)349,063141
ポリマ－246,44211
非ポリマー102,621130
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.322, 178.658, 181.446
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / 光化学系I / PsaA


分子量: 83036.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P29254, 光化学系I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / 光化学系I / PsaB


分子量: 81369.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P29255, 光化学系I

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 8種, 8分子 DEFIJKLM

#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II / 光化学系I / Photosystem I 16 kDa polypeptide / PSI-D


分子量: 15663.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P19569
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV / 光化学系I / Photosystem I 8.1 kDa protein / p30 protein


分子量: 7680.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P12975
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / 光化学系I / PSI-F


分子量: 15791.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P29256
#7: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / 光化学系I


分子量: 4414.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: Q55330
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / 光化学系I


分子量: 4535.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: Q55329
#9: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 / 光化学系I / Photosystem I subunit X 2


分子量: 7339.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P74564
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / 光化学系I / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 14523.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P37277
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / 光化学系I / PSI-M


分子量: 3382.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P72986

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 C

#24: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 光化学系I / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8706.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P32422, 光化学系I

-
非ポリマー , 13種, 129分子

#12: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#13: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#14: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#15: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#16: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / Phosphatidylglycerol


分子量: 722.970 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#17: 化合物 ChemComp-45D / beta,beta-carotene-4,4'-dione / Isomer of Canthaxanthin / カンタキサンチン / カンタキサンチン


分子量: 564.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H52O2
#18: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#19: 化合物 ChemComp-ECH / beta,beta-caroten-4-one / echinenone / (9′Z)-β-エキネノン / Echinenone


分子量: 550.856 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O
#20: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#21: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#22: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#23: 化合物 ChemComp-C7Z / (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol / (3S)-β,β-カロテン-3α,3′α-ジオ-ル


分子量: 568.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#25: 化合物 ChemComp-EQ3 / (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one / 3'-Hydroxyechinenone, 3'-OH-Echinenone / 3′-ヒドロキシエキネノン / 3'-Hydroxyechinenone


分子量: 566.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: KCl, MES-NaOH, PEG 3350, sulfoquinovosyldiacylglycerol or Jeffamine M-600

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
1821N
2821N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06DA10.999
シンクロトロンESRF ID23-220.873
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS EIGER X 16M1PIXEL2017年9月17日
DECTRIS PILATUS 2M2PIXEL2017年7月8日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9991
20.8731
反射解像度: 4→50 Å / Num. obs: 34852 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 24 % / Rpim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 4→50 Å / Rpim(I) all: 0.437

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3228: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4→49.289 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 584 1.89 %
Rwork0.2552 --
obs0.256 30859 88.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→49.289 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17427 0 6141 0 23568
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00424882
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29935241
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.02113495
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0453078
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074272
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.0001-4.40240.28931260.26085331X-RAY DIFFRACTION64
4.4024-5.03890.3041360.23157638X-RAY DIFFRACTION90
5.0389-6.34640.27811710.26658502X-RAY DIFFRACTION100
6.3464-49.29250.30331510.26138804X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -40.0247 Å / Origin y: -23.0823 Å / Origin z: -34.8269 Å
111213212223313233
T-0.439 Å2-0.5508 Å2-0.3488 Å2--0.5817 Å2-0.0315 Å2---0.0585 Å2
L1.2987 °20.3766 °20.4673 °2-1.6788 °2-0.0258 °2--0.8693 °2
S-0.3249 Å °-0.3971 Å °-0.0202 Å °0.7225 Å °0.0853 Å °-0.6015 Å °-0.3166 Å °0.8703 Å °-1.7852 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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