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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hcg
タイトルKlebsiella pneumoniae type II secretion system outer membrane complex. PulD, PulS and PulC HR domain.
要素
  • Pectic enzymes secretion protein OutC
  • Pullulanaseプルラナーゼ
  • Type II secretion system protein DType II secretion system
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Type II secretion system / secretin (セクレチン) / outer membrane channel
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / cell outer membrane / intracellular protein transport / membrane => GO:0016020 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Type II secretion system protein GspC / Chaperone lipoprotein, PulS/OutS / Chaperone lipoprotein, PulS/OutS-like / PulS/OutS-like superfamily / Type II secretion system pilotin lipoprotein (PulS_OutS) / Bacterial type II secretion system protein C signature. / Type II secretion system protein GspC, N-terminal / Type II secretion system protein C / Type II secretion system protein GspD / GspD/PilQ family ...Type II secretion system protein GspC / Chaperone lipoprotein, PulS/OutS / Chaperone lipoprotein, PulS/OutS-like / PulS/OutS-like superfamily / Type II secretion system pilotin lipoprotein (PulS_OutS) / Bacterial type II secretion system protein C signature. / Type II secretion system protein GspC, N-terminal / Type II secretion system protein C / Type II secretion system protein GspD / GspD/PilQ family / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / NolW-like / Bacterial type II/III secretion system short domain / NolW-like superfamily / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / PDZ superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
General secretion pathway protein C / Pullulanase D protein / Pullulanase-specific type II secretion system component C / Pullulanase secretion protein PulS / General secretion pathway protein D
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Chernyatina, A.A. / Low, H.H.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust200074/Z/15/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Core architecture of a bacterial type II secretion system.
著者: Anastasia A Chernyatina / Harry H Low /
要旨: Bacterial type II secretion systems (T2SSs) translocate virulence factors, toxins and enzymes across the cell outer membrane. Here we use negative stain and cryo-electron microscopy to reveal the ...Bacterial type II secretion systems (T2SSs) translocate virulence factors, toxins and enzymes across the cell outer membrane. Here we use negative stain and cryo-electron microscopy to reveal the core architecture of an assembled T2SS from the pathogen Klebsiella pneumoniae. We show that 7 proteins form a ~2.4 MDa complex that spans the cell envelope. The outer membrane complex includes the secretin PulD, with all domains modelled, and the pilotin PulS. The inner membrane assembly platform components PulC, PulE, PulL, PulM and PulN have a relative stoichiometric ratio of 2:1:1:1:1. The PulE ATPase, PulL and PulM combine to form a flexible hexameric hub. Symmetry mismatch between the outer membrane complex and assembly platform is overcome by PulC linkers spanning the periplasm, with PulC HR domains binding independently at the secretin base. Our results show that the T2SS has a highly dynamic modular architecture, with implication for pseudo-pilus assembly and substrate loading.
履歴
登録2018年8月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0193
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type II secretion system protein D
B: Type II secretion system protein D
C: Type II secretion system protein D
D: Type II secretion system protein D
E: Type II secretion system protein D
F: Type II secretion system protein D
G: Type II secretion system protein D
H: Type II secretion system protein D
I: Type II secretion system protein D
J: Type II secretion system protein D
K: Type II secretion system protein D
L: Type II secretion system protein D
M: Type II secretion system protein D
N: Type II secretion system protein D
O: Type II secretion system protein D
P: Pullulanase
Q: Pullulanase
R: Pullulanase
S: Pullulanase
T: Pullulanase
U: Pullulanase
V: Pullulanase
W: Pullulanase
X: Pullulanase
Y: Pullulanase
Z: Pullulanase
a: Pullulanase
b: Pullulanase
c: Pullulanase
d: Pullulanase
e: Pectic enzymes secretion protein OutC
f: Pectic enzymes secretion protein OutC
g: Pectic enzymes secretion protein OutC
h: Pectic enzymes secretion protein OutC
i: Pectic enzymes secretion protein OutC
j: Pectic enzymes secretion protein OutC
k: Pectic enzymes secretion protein OutC
l: Pectic enzymes secretion protein OutC
m: Pectic enzymes secretion protein OutC
n: Pectic enzymes secretion protein OutC
o: Pectic enzymes secretion protein OutC
p: Pectic enzymes secretion protein OutC
q: Pectic enzymes secretion protein OutC
r: Pectic enzymes secretion protein OutC
s: Pectic enzymes secretion protein OutC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,746,71145
ポリマ－1,746,71145
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Type II secretion system protein D / Type II secretion system / Type II secretion system protein GspD


分子量: 70328.633 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: gspD, pulD, B4U30_01620, BANRA_04386, BL124_00006830, C3F39_10150, CK508_015045, E0760_18600, E1814_01470, EAO17_18605, SK89_02022
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0J2GHI1, UniProt: A0A0H3GIG3*PLUS
#2: タンパク質
Pullulanase / プルラナーゼ


分子量: 15872.848 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: BU230_24515 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3GNG8*PLUS
#3: タンパク質
Pectic enzymes secretion protein OutC / PulC protein / Type II secretion system protein C / Type II secretion system protein GspC


分子量: 30245.924 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: pulC, gspC, outC, B1727_29100, B4U22_01185, BL124_0006760, C3F39_10145, C9J88_23460, CPT10_02240, CSC88_13925, CWQ24_23120, KpST82_0728, PMK1_02469, SM57_00150
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A060VDD0, UniProt: A0A0H3GMS7*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Klebsiella pneumoniae type II secretion system outer membrane complex. PulD, PulS and PulC HR domain.Type II secretion system
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.3 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影平均露光時間: 0.3 sec. / 電子線照射量: 1.25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4Gctf1.06CTF補正
13RELION2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C15 (15回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7284 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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