[日本語] English
万見
- PDB-6hcf: Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on globin mRNA at th... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hcf
タイトルStructure of the rabbit 80S ribosome stalled on globin mRNA at the stop codon
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 6
  • (60S ribosomal protein ...) x 5
  • (Ribosomal protein ...) x 15
  • 18S ribosomal RNA
  • 28S ribosomal RNA28SリボソームRNA
  • 5.8S ribosomal RNA5.8SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • ATP binding cassette subfamily E member 1
  • P-site tRNA
  • RACK1Receptor for activated C kinase 1
  • eL13
  • eL18
  • eL19
  • eL20
  • eL21
  • eL22
  • eL24
  • eL28
  • eL29
  • eL30
  • eL31
  • eL32CD59
  • eL33
  • eL34
  • eL38
  • eL39
  • eL40
  • eL41
  • eL42
  • eL43
  • eL8
  • eRF1(AAQ)
  • eS10
  • eS17
  • eS19
  • eS21
  • eS24
  • eS25
  • eS26
  • eS4
  • eS8
  • mRNA伝令RNA
  • nascent chain
  • uL1
  • uL10
  • uL13
  • uL15
  • uL22
  • uL23
  • uL29
  • uL3
  • uL30
  • uL4
  • uL6
  • uS10
  • uS11
  • uS12
  • uS13
  • uS14
  • uS15
  • uS19
  • uS2
  • uS3
  • uS5
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Translation (翻訳) / Quality Control (品質管理)
機能・相同性
機能・相同性情報


maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / cytosolic ribosome / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / 核小体 ...maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / cytosolic ribosome / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / 核小体 / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
RLI, domain 1 / RLI1 / RNase L inhibitor RLI-like, possible metal-binding domain / Possible Fer4-like domain in RNase L inhibitor, RLI / 4Fe-4S binding domain / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal L28e protein family / S25 ribosomal protein / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S30 ...RLI, domain 1 / RLI1 / RNase L inhibitor RLI-like, possible metal-binding domain / Possible Fer4-like domain in RNase L inhibitor, RLI / 4Fe-4S binding domain / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal L28e protein family / S25 ribosomal protein / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal S17 / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal_S17 N-terminal / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Plectin/S10 domain / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S28e / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein L14 / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L24e / Ribosomal L15 / Ribosomal protein L32 / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7/L30 / Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L32e signature. / Ribosomal protein L6 signature 2. / Ribosomal protein L15e signature. / Ribosomal protein L21e signature. / Ribosomal protein L37e signature. / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Ubiquitin domain signature. / Ribosomal protein L23 signature. / KHドメイン / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S19 / Ubiquitin family / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L29 signature. / Type-2 KH domain profile. / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / ribosomal L5P family C-terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
鉄・硫黄クラスター / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL33 ...鉄・硫黄クラスター / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Small ribosomal subunit protein eS12 / ATP binding cassette subfamily E member 1 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS25 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Juszkiewicz, S. / Chandrasekaran, V. / Lin, Z. / Kraatz, S. / Ramakrishnan, V. / Hegde, R.S.
資金援助 英国, フランス, 4件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_A022_1007 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105184332 英国
Wellcome TrustWT096570 英国
Louis-Jeantet Foundation フランス
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2018
タイトル: ZNF598 Is a Quality Control Sensor of Collided Ribosomes.
著者: Szymon Juszkiewicz / Viswanathan Chandrasekaran / Zhewang Lin / Sebastian Kraatz / V Ramakrishnan / Ramanujan S Hegde /
要旨: Aberrantly slow translation elicits quality control pathways initiated by the ubiquitin ligase ZNF598. How ZNF598 discriminates physiologic from pathologic translation complexes and ubiquitinates ...Aberrantly slow translation elicits quality control pathways initiated by the ubiquitin ligase ZNF598. How ZNF598 discriminates physiologic from pathologic translation complexes and ubiquitinates stalled ribosomes selectively is unclear. Here, we find that the minimal unit engaged by ZNF598 is the collided di-ribosome, a molecular species that arises when a trailing ribosome encounters a slower leading ribosome. The collided di-ribosome structure reveals an extensive 40S-40S interface in which the ubiquitination targets of ZNF598 reside. The paucity of 60S interactions allows for different ribosome rotation states, explaining why ZNF598 recognition is indifferent to how the leading ribosome has stalled. The use of ribosome collisions as a proxy for stalling allows the degree of tolerable slowdown to be tuned by the initiation rate on that mRNA; hence, the threshold for triggering quality control is substrate specific. These findings illustrate how higher-order ribosome architecture can be exploited by cellular factors to monitor translation status.
履歴
登録2018年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02019年1月23日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: atom_site / em_admin ...atom_site / em_admin / em_sample_support / pdbx_data_processing_status / pdbx_database_proc / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_auth_asym_id / _atom_site.pdbx_auth_atom_name / _atom_site.pdbx_auth_comp_id / _atom_site.pdbx_auth_seq_id / _atom_site.type_symbol / _em_admin.last_update / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_asym.entity_id / _struct_asym.pdbx_PDB_id / _struct_asym.pdbx_alt_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id / _struct_site_gen.label_seq_id / _struct_site_gen.pdbx_num_res / _struct_site_gen.site_id

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0192
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A1: 18S ribosomal RNA
B1: uS2
C1: 40S ribosomal protein S3a
D1: uS5
E1: uS3
F1: eS4
G1: Ribosomal protein S5
H1: 40S ribosomal protein S6
I1: 40S ribosomal protein S7
J1: eS8
K1: Ribosomal protein S9 (Predicted)
L1: eS10
M1: Ribosomal protein S11
N1: 40S ribosomal protein S12
O1: uS15
P1: uS11
Q1: uS19
R1: Ribosomal protein S16
S1: eS17
T1: uS13
U1: eS19
V1: uS10
W1: eS21
X1: Ribosomal protein S15a
Y1: uS12
Z1: eS24
a1: eS25
b1: eS26
c1: 40S ribosomal protein S27
d1: Ribosomal protein S28
e1: uS14
f1: 40S ribosomal protein S30
g1: Ribosomal protein S27a
h1: RACK1
j1: eRF1(AAQ)
k1: ATP binding cassette subfamily E member 1
52: 28S ribosomal RNA
72: 5S ribosomal RNA
82: 5.8S ribosomal RNA
A3: Ribosomal protein L8
B3: uL3
C3: uL4
E3: 60S ribosomal protein L6
F3: uL30
H3: uL6
L3: eL13
M3: Ribosomal protein L14
N3: Ribosomal protein L15
O3: uL13
P3: uL22
Q3: eL18
R3: eL19
S3: eL20
T3: eL21
U3: eL22
V3: Ribosomal protein L23
W3: eL24
X3: uL23
Y3: Ribosomal protein L26
Z3: 60S ribosomal protein L27
a3: uL15
b3: eL29
c3: eL30
d3: eL31
e3: eL32
f3: eL33
g3: eL34
h3: uL29
i3: 60S ribosomal protein L36
j3: Ribosomal protein L37
k3: eL38
l3: eL39
m3: eL40
n3: eL41
o3: eL42
p3: eL43
r3: eL28
s3: uL10
t3: Ribosomal protein L12
23: P-site tRNA
w3: mRNA
J3: Ribosomal protein L11
G3: eL8
D3: 60S ribosomal protein L5
I3: 60S ribosomal protein L10
1: nascent chain
u3: uL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,572,568397
ポリマ－3,564,05087
非ポリマー8,518310
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 A152728223w3

#1: RNA鎖 18S ribosomal RNA /


分子量: 602778.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#37: RNA鎖 28S ribosomal RNA / 28SリボソームRNA


分子量: 1177577.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#38: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#39: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#80: RNA鎖 P-site tRNA


分子量: 24436.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#81: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 7387.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

+
タンパク質 , 53種, 53分子 B1D1E1F1J1L1O1P1Q1S1T1U1V1W1Y1Z1a1b1e1h1j1k1B3C3F3H3L3O3P3Q3...

#2: タンパク質 uS2


分子量: 32958.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#4: タンパク質 uS5


分子量: 31327.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#5: タンパク質 uS3


分子量: 26715.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TNM3
#6: タンパク質 eS4


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#10: タンパク質 eS8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#12: タンパク質 eS10


分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV3
#15: タンパク質 uS15


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SP51
#16: タンパク質 uS11


分子量: 18133.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#17: タンパク質 uS19


分子量: 17049.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U0Q2
#19: タンパク質 eS17


分子量: 15552.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TU13
#20: タンパク質 uS13


分子量: 17759.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPG3
#21: タンパク質 eS19


分子量: 16106.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#22: タンパク質 uS10


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIZ2
#23: タンパク質 eS21


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#25: タンパク質 uS12


分子量: 15844.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#26: タンパク質 eS24


分子量: 15107.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#27: タンパク質 eS25


分子量: 13776.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDB3
#28: タンパク質 eS26


分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#31: タンパク質 uS14


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7M4
#34: タンパク質 RACK1 / Receptor for activated C kinase 1


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SJB4
#35: タンパク質 eRF1(AAQ)


分子量: 49264.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#36: タンパク質 ATP binding cassette subfamily E member 1


分子量: 67405.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SG72
#41: タンパク質 uL3


分子量: 46107.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TL06
#42: タンパク質 uL4


分子量: 47727.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#44: タンパク質 uL30


分子量: 29201.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB1
#45: タンパク質 uL6


分子量: 21871.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TX33, UniProt: G1SWI6*PLUS
#46: タンパク質 eL13


分子量: 24331.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#49: タンパク質 uL13


分子量: 23533.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#50: タンパク質 uL22


分子量: 21444.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TVT6
#51: タンパク質 eL18


分子量: 21699.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#52: タンパク質 eL19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#53: タンパク質 eL20


分子量: 20827.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#54: タンパク質 eL21 /


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHQ2
#55: タンパク質 eL22


分子量: 14813.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#57: タンパク質 eL24


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE28
#58: タンパク質 uL23


分子量: 17768.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE76
#61: タンパク質 uL15


分子量: 16620.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#62: タンパク質 eL29


分子量: 24931.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGR6
#63: タンパク質 eL30


分子量: 12807.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDL2
#64: タンパク質 eL31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHG0
#65: タンパク質 eL32 / CD59


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U437
#66: タンパク質 eL33


分子量: 12580.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SF08
#67: タンパク質 eL34 /


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#68: タンパク質 uL29


分子量: 14566.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIT5
#71: タンパク質 eL38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#72: タンパク質 eL39


分子量: 6455.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTN1
#73: タンパク質 eL40


分子量: 11699.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#75: タンパク質 eL42


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#76: タンパク質 eL43


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SY53
#77: タンパク質 eL28


分子量: 15783.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7L1
#78: タンパク質 uL10


分子量: 34380.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#83: タンパク質 eL8


分子量: 36221.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#87: タンパク質 uL1


分子量: 24879.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKZ8

-
40S ribosomal protein ... , 6種, 6分子 C1H1I1N1c1f1

#3: タンパク質 40S ribosomal protein S3a /


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SS70
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S6 /


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM55
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S7 /


分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVB0
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S12 /


分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SFR8
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S27 /


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TZ76
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S30 /


分子量: 14498.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T8A2

-
Ribosomal protein ... , 15種, 15分子 G1K1M1R1X1d1g1A3M3N3V3Y3j3t3J3

#7: タンパク質 Ribosomal protein S5 /


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFM5
#11: タンパク質 Ribosomal protein S9 (Predicted) / リボソーム


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZS8
#13: タンパク質 Ribosomal protein S11 /


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TRM4
#18: タンパク質 Ribosomal protein S16 /


分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGX4
#24: タンパク質 Ribosomal protein S15a / リボソーム


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG89
#30: タンパク質 Ribosomal protein S28 /


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TIB4
#33: タンパク質 Ribosomal protein S27a / リボソーム


分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SK22
#40: タンパク質 Ribosomal protein L8 /


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TT27
#47: タンパク質 Ribosomal protein L14 /


分子量: 23870.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ12
#48: タンパク質 Ribosomal protein L15 /


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T0C1
#56: タンパク質 Ribosomal protein L23 /


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T6D1
#59: タンパク質 Ribosomal protein L26 /


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SQH0
#70: タンパク質 Ribosomal protein L37 /


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KPD5
#79: タンパク質 Ribosomal protein L12 /


分子量: 17847.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SMR7
#82: タンパク質 Ribosomal protein L11 /


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB8

-
60S ribosomal protein ... , 5種, 5分子 E3Z3i3D3I3

#43: タンパク質 60S ribosomal protein L6 /


分子量: 33028.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKF7
#60: タンパク質 60S ribosomal protein L27 /


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXF6
#69: タンパク質 60S ribosomal protein L36 /


分子量: 12263.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTQ5
#84: タンパク質 60S ribosomal protein L5 /


分子量: 34481.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYJ6
#85: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / / Ribosomal protein L10 (Predicted)


分子量: 24643.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZQ2

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 n31

#74: タンパク質・ペプチド eL41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#86: タンパク質・ペプチド nascent chain


分子量: 1581.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

-
非ポリマー , 4種, 314分子

#88: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#89: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#90: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#91: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Rabbit 80S ribosome stalled on globin mRNA at the stop codonRIBOSOME#1-#870MULTIPLE SOURCES
2RibosomeリボソームRIBOSOME#1-#34, #36-#871NATURAL
3RACK1Receptor for activated C kinase 1COMPLEX#351RECOMBINANT
分子量値: 4.3 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
33Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 1.79 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 71954 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る