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- PDB-6hbj: Echovirus 18 empty particle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hbj
タイトルEchovirus 18 empty particle
要素
  • Viral protein 1ウイルス性
  • Viral protein 2ウイルス性
  • Viral protein 3ウイルス性
キーワードVIRUS (ウイルス) / echovirus / echovirus 18 / empty particle / B-particle / enterovirus (エンテロウイルス) / picornavirus (ピコルナウイルス科)
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / cytoplasmic vesicle membrane / : ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / cytoplasmic vesicle membrane / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / DNA複製 / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / structural molecule activity / virion attachment to host cell / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 ...Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily / Peptidase S1, PA clan / サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Echovirus E18 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Buchta, D. / Fuzik, T. / Hrebik, D. / Levdansky, Y. / Moravcova, J. / Plevka, P.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
European Research Council335855 チェコ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Enterovirus particles expel capsid pentamers to enable genome release.
著者: David Buchta / Tibor Füzik / Dominik Hrebík / Yevgen Levdansky / Lukáš Sukeník / Liya Mukhamedova / Jana Moravcová / Robert Vácha / Pavel Plevka /
要旨: Viruses from the genus Enterovirus are important human pathogens. Receptor binding or exposure to acidic pH in endosomes converts enterovirus particles to an activated state that is required for ...Viruses from the genus Enterovirus are important human pathogens. Receptor binding or exposure to acidic pH in endosomes converts enterovirus particles to an activated state that is required for genome release. However, the mechanism of enterovirus uncoating is not well understood. Here, we use cryo-electron microscopy to visualize virions of human echovirus 18 in the process of genome release. We discover that the exit of the RNA from the particle of echovirus 18 results in a loss of one, two, or three adjacent capsid-protein pentamers. The opening in the capsid, which is more than 120 Å in diameter, enables the release of the genome without the need to unwind its putative double-stranded RNA segments. We also detect capsids lacking pentamers during genome release from echovirus 30. Thus, our findings uncover a mechanism of enterovirus genome release that could become target for antiviral drugs.
履歴
登録2018年8月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_admin / pdbx_database_proc ...em_admin / pdbx_database_proc / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _em_admin.last_update
改定 1.22019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-0183
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0183
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Viral protein 1
B: Viral protein 2
C: Viral protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5113
ポリマ－87,5113
非ポリマー00
水0
1
A: Viral protein 1
B: Viral protein 2
C: Viral protein 3
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,250,633180
ポリマ－5,250,633180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
A: Viral protein 1
B: Viral protein 2
C: Viral protein 3
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 438 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)437,55315
ポリマ－437,55315
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
A: Viral protein 1
B: Viral protein 2
C: Viral protein 3
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 525 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)525,06318
ポリマ－525,06318
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Viral protein 1 / ウイルス性


分子量: 32564.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E18 (ウイルス) / 細胞株: GMK
参照: UniProt: Q8V635, ピコルナイン2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA依存性RNAポリメラーゼ
#2: タンパク質 Viral protein 2 / ウイルス性


分子量: 28802.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E18 (ウイルス) / 細胞株: GMK
参照: UniProt: Q8V635, ピコルナイン2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA依存性RNAポリメラーゼ
#3: タンパク質 Viral protein 3 / ウイルス性


分子量: 26143.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E18 (ウイルス) / 細胞株: GMK
参照: UniProt: Q8V635, ピコルナイン2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA依存性RNAポリメラーゼ

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Echovirus E18 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 5.24 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Echovirus E18 (ウイルス) / 株: Metcalf
由来(組換発現)生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 細胞: GMK
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Homo sapiens
ウイルス殻名称: Capsidカプシド / 直径: 330 nm / 三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 5.8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMsodium phosphate dibasicNa2HPO41
21.8 mMmonobasic potassium phosphateKH2PO41
3137 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
42.7 mMpotassium chlorideKCl1
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 75000 X / 倍率（補正後）: 79725 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 357 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3816 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 16784
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 8

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (1.14rc1_3161: ???) / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch8粒子像選択
2EPU画像取得
7Coot0.87モデルフィッティング
9PHENIX1.14モデル精密化
10RELION2.1初期オイラー角割当
11RELION2.1最終オイラー角割当
12RELION2.1分類
13RELION2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 472267
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8511 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 117.89 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: R-factors
詳細: Reciprocal space refinement of atom positions and group B-factors
精密化解像度: 3.16→263.079 Å / SU ML: 0.63 / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 37.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3357 14516 5 %
Rwork0.3318 --
obs0.332 290304 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00325785
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.63635230
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.78615115
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0464030
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0074415

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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