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- PDB-6h8k: Crystal structure of a variant (Q133C in PSST) of Yarrowia lipoly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h8k
タイトルCrystal structure of a variant (Q133C in PSST) of Yarrowia lipolytica complex I
要素
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 7
  • (Unknown polypeptide) x 33
  • NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
  • NUAM protein
  • NUCM protein
  • NUEM protein
  • NUGM protein
  • Subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUIM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUKM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Membrane Protein (膜タンパク質) / Respiratory chain (電子伝達系) / Mitochondrial (ミトコンドリア) / NADH:ubiquinone oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


NADHデヒドロゲナーゼ / NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / ubiquinone binding / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / electron transport coupled proton transport / NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / mitochondrial respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding ...NADHデヒドロゲナーゼ / NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / ubiquinone binding / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / electron transport coupled proton transport / NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / mitochondrial respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / respirasome / 細胞呼吸 / ミトコンドリア / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ミトコンドリア内膜 / ミトコンドリア / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Soluble ligand binding domain / SLBB domain / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. ...Soluble ligand binding domain / SLBB domain / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADHデヒドロゲナーゼ / NADH:ubiquinone oxidoreductase / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / 4Fe-4S dicluster domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / Subunit NUKM of protein NADH:Ubiquinone oxidoreductase ...FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / Subunit NUKM of protein NADH:Ubiquinone oxidoreductase / Subunit NUIM of protein NADH:Ubiquinone oxidoreductase / NUGM protein / NUCM protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NUAM protein
類似検索 - 構成要素
生物種Yarrowia lipolytica (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.79 Å
データ登録者Wirth, C. / Galemou Yoga, E. / Zickermann, V. / Hunte, C.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
EXC 294 BIOSS ドイツ
German Research FoundationZI552/4-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Locking loop movement in the ubiquinone pocket of complex I disengages the proton pumps.
著者: Cabrera-Orefice, A. / Yoga, E.G. / Wirth, C. / Siegmund, K. / Zwicker, K. / Guerrero-Castillo, S. / Zickermann, V. / Hunte, C. / Brandt, U.
履歴
登録2018年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
2: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2,NADH dehydrogenase subunit 2
3: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
4: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
5: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
6: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
A: NUAM protein
B: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
C: NUCM protein
E: NUEM protein
G: NUGM protein
H: Subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
I: Subunit NUIM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
K: Subunit NUKM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
L: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
Z: Unknown polypeptide
Y: Unknown polypeptide
U: Unknown polypeptide
X: Unknown polypeptide
W: Unknown polypeptide
V: Unknown polypeptide
T: Unknown polypeptide
S: Unknown polypeptide
R: Unknown polypeptide
Q: Unknown polypeptide
P: Unknown polypeptide
F: Unknown polypeptide
O: Unknown polypeptide
M: Unknown polypeptide
D: Unknown polypeptide
J: Unknown polypeptide
N: Unknown polypeptide
a: Unknown polypeptide
b: Unknown polypeptide
c: Unknown polypeptide
d: Unknown polypeptide
e: Unknown polypeptide
f: Unknown polypeptide
g: Unknown polypeptide
h: Unknown polypeptide
i: Unknown polypeptide
j: Unknown polypeptide
k: Unknown polypeptide
l: Unknown polypeptide
m: Unknown polypeptide
n: Unknown polypeptide
o: Unknown polypeptide
p: Unknown polypeptide
q: Unknown polypeptide
r: Unknown polypeptide
s: Unknown polypeptide
t: Unknown polypeptide
u: Unknown polypeptide
v: Unknown polypeptide
w: Unknown polypeptide
x: Unknown polypeptide
y: Unknown polypeptide
z: Unknown polypeptide
AA: Unknown polypeptide
AB: Unknown polypeptide
AC: Unknown polypeptide
AD: Unknown polypeptide
AE: Unknown polypeptide
AF: Unknown polypeptide
AG: Unknown polypeptide
AH: Unknown polypeptide
AI: Unknown polypeptide
AJ: Unknown polypeptide
AK: Unknown polypeptide
AL: Unknown polypeptide
AM: Unknown polypeptide
AN: Unknown polypeptide
AO: Unknown polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)580,52881
ポリマ－578,06673
非ポリマー2,4618
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)316.310, 316.310, 819.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 123456L

#1: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase subunit 1


分子量: 37702.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9B6E8, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#2: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2,NADH dehydrogenase subunit 2 / NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 46373.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9B6C8, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#3: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH dehydrogenase subunit 3


分子量: 12351.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9B6C7, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#4: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH dehydrogenase subunit 4


分子量: 46528.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9B6D6, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#5: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5


分子量: 61395.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q9B6D3
#6: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase subunit 6


分子量: 20175.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9B6E9, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#15: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH dehydrogenase subunit 4L


分子量: 8741.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9B6D4, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)

-
タンパク質 , 16種, 16分子 ABCEGHIKXWVQMJpAA

#7: タンパク質 NUAM protein


分子量: 56416.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q9UUU3, NADHデヒドロゲナーゼ
#8: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial


分子量: 34323.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9UUU2, NADHデヒドロゲナーゼ, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#9: タンパク質 NUCM protein


分子量: 43255.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q9UUU1, NADHデヒドロゲナーゼ
#10: タンパク質 NUEM protein


分子量: 16613.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#11: タンパク質 NUGM protein


分子量: 13497.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q9UUU0, NADHデヒドロゲナーゼ
#12: タンパク質 Subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 13304.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#13: タンパク質 Subunit NUIM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I) / Subunit NUIM of protein NADH:Ubiquinone oxidoreductase


分子量: 14426.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q9UUT8, NADHデヒドロゲナーゼ
#14: タンパク質 Subunit NUKM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I) / Subunit NUKM of protein NADH:Ubiquinone oxidoreductase


分子量: 16513.170 Da / 分子数: 1 / Mutation: Q133C / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q9UUT7, NADHデヒドロゲナーゼ
#19: タンパク質 Unknown polypeptide


分子量: 4868.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#20: タンパク質 Unknown polypeptide


分子量: 4613.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#21: タンパク質 Unknown polypeptide


分子量: 5379.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#25: タンパク質 Unknown polypeptide


分子量: 5975.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#29: タンパク質 Unknown polypeptide


分子量: 4358.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#31: タンパク質 Unknown polypeptide


分子量: 5890.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#42: タンパク質 Unknown polypeptide


分子量: 6485.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#47: タンパク質 Unknown polypeptide


分子量: 4954.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)

+
タンパク質・ペプチド , 25種, 50分子 ZrYAFUTmAISAJALRPFfACAHAMOlDNaibcgAEAKAO...

#16: タンパク質・ペプチド Unknown polypeptide


分子量: 1464.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#17: タンパク質・ペプチド Unknown polypeptide


分子量: 3422.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#18: タンパク質・ペプチド Unknown polypeptide


分子量: 869.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#22: タンパク質・ペプチド Unknown polypeptide


分子量: 1720.111 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#23: タンパク質・ペプチド Unknown polypeptide


分子量: 1635.006 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#24: タンパク質・ペプチド Unknown polypeptide


分子量: 4273.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#26: タンパク質・ペプチド Unknown polypeptide


分子量: 2400.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#27: タンパク質・ペプチド
Unknown polypeptide


分子量: 1549.902 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#28: タンパク質・ペプチド Unknown polypeptide


分子量: 2145.636 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#30: タンパク質・ペプチド Unknown polypeptide


分子量: 2571.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#32: タンパク質・ペプチド Unknown polypeptide


分子量: 1294.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#33: タンパク質・ペプチド Unknown polypeptide


分子量: 2230.741 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#34: タンパク質・ペプチド Unknown polypeptide


分子量: 1890.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#35: タンパク質・ペプチド
Unknown polypeptide


分子量: 783.958 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#36: タンパク質・ペプチド
Unknown polypeptide


分子量: 1379.692 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#37: タンパク質・ペプチド Unknown polypeptide


分子量: 1124.378 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#38: タンパク質・ペプチド Unknown polypeptide


分子量: 4017.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#39: タンパク質・ペプチド Unknown polypeptide


分子量: 4103.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#40: タンパク質・ペプチド Unknown polypeptide


分子量: 1975.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#41: タンパク質・ペプチド Unknown polypeptide


分子量: 3081.790 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#43: タンパク質・ペプチド Unknown polypeptide


分子量: 3847.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#44: タンパク質・ペプチド Unknown polypeptide


分子量: 2741.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#45: タンパク質・ペプチド Unknown polypeptide


分子量: 954.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#46: タンパク質・ペプチド Unknown polypeptide


分子量: 698.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
#48: タンパク質・ペプチド Unknown polypeptide


分子量: 3337.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)

-
非ポリマー , 2種, 8分子

#49: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#50: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: PEG 3350, calcium acetate, glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.79→50 Å / Num. obs: 120019 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 21 % / Biso Wilson estimate: 115.37 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.204 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 3.79→3.99 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / CC1/2: 0.439

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4wz7

4wz7


解像度: 3.79→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.787 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.794 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.784
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.363 5829 4.86 %RANDOM
Rwork0.361 ---
obs0.361 120019 77.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 164.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5311 Å20 Å20 Å2
2--0.5311 Å20 Å2
3----1.0622 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.4 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.79→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26641 0 8985 0 35626
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00935941HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2349582HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d9522SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes264HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes6051HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it35941HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.71
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.31
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion6085SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact39678SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.79→3.89 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 -6.19 %
Rwork0.223 727 -
all0.222 775 -
obs--6.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.64930.3908-1.6807-0.76520.39271.582-0.0417-0.45970.18810.35660.1297-0.18330.10770.1712-0.08791.0827-0.2532-0.1678-0.1008-0.2497-0.0444-2.9305131.381517.8552
22.7934-0.30440.36831.8682-0.06561.02830.04680.3323-0.08330.1847-0.0990.03440.13830.29340.05230.5273-0.0368-0.3127-0.2670.10860.181446.304839.8107-97.7811
32.11360.66161.72290.47235.22594.8225-0.1-0.0326-0.17440.1130.13430.1909-0.0124-0.0635-0.03430.6502-0.14070.3750.1261-0.0755-0.0999-53.1744127.774330.3169
41.3301-0.91530.1742.23220.550600.03-0.16990.0570.27730.1736-0.40330.0870.0988-0.20360.25640.1643-0.3546-0.09160.0670.447777.92825.6745-95.5817
50.9068-0.3665-0.7382-0.7254-1.78161.9202-0.0248-0.08170.22150.21-0.0806-0.1950.16990.03790.10540.1777-0.41020.2082-0.8659-0.2638-0.9931-23.2405110.8452-36.4563
63.00441.33170.35383.75271.82241.23690.1042-0.32010.04970.2415-0.1332-0.2295-0.15980.11540.02910.3825-0.20750.0445-0.4712-0.0026-0.063119.3469103.0412-87.0598
78.20381.00831.79616.01653.56116.21910.1106-0.06770.1093-0.1079-0.0831-0.1075-0.01250.1282-0.02750.377-0.188-0.15080.1243-0.22450.417926.5438140.9403-40.0191
8-2.2281.58110.18738.3427-1.63887.87880.0319-0.106-0.20070.0559-0.02130.00290.1086-0.0722-0.01060.703-0.25770.0332-0.00640.0445-0.0748-11.938793.0809-22.534
92.4729-2.6022-1.00651.59584.67137.22870.010.00640.0756-0.00450.01740.1349-0.0192-0.1559-0.02740.5863-0.12020.15890.1503-0.12470.1628-49.7893150.457929.8802
10-0.21921.99661.90572.84644.4067.36130.1128-0.16230.03470.2443-0.1571-0.0915-0.4404-0.10680.04430.6565-0.18190.08540.0874-0.1757-0.0462-19.1579132.9915-31.903
11-1.53092.34931.56933.9996-0.585800.1048-0.01010.0868-0.0415-0.0976-0.16030.04570.1097-0.00720.0695-0.24360.0978-0.8676-0.2427-0.6245-3.9132.3229-44.7609
12-0.309-0.33110.01722.07380.35740.2002-0.08570.11580.20120.0614-0.15610.04-0.3917-0.2650.24180.169-0.17530.2038-0.496-0.137-0.2466-8.9525119.8738-79.2273
13-1.84271.33813.92584.2161-1.52221.4259-0.0083-0.12130.14990.1931-0.0998-0.53110.0770.28050.1081-0.0801-0.1047-0.1633-0.63470.0774-0.275417.9424100.7513-88.8421
142.1710.14210.00961.8932-1.28840.25850.0231-0.178300.00530.0995-0.43940.148-0.3255-0.12260.6118-0.2331-0.116-0.00730.03460.241519.377373.9163-93.5654
150.0044-0.0805-0.09170.26580.18410.24280.14320.0952-0.02320.169-0.1766-0.12940.03460.01630.03340.6137-0.1402-0.09740.02860.11270.330428.937167.0994-85.2111
161.040.27210.22773.77590.055200.0574-0.40820.30610.2945-0.1117-0.2981-0.2490.21270.0543-0.1828-0.05940.1798-0.36060.0192-0.41710.0362105.0263-81.992
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ 4|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ 5|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ C|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ 6|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ E|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ G|* }
9X-RAY DIFFRACTION9{ H|* }
10X-RAY DIFFRACTION10{ I|* }
11X-RAY DIFFRACTION11{ K|* }
12X-RAY DIFFRACTION12{ 1|* }
13X-RAY DIFFRACTION13{ L|* }
14X-RAY DIFFRACTION14{ 2|* }
15X-RAY DIFFRACTION15{ Z|* }
16X-RAY DIFFRACTION16{ 3|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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