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- PDB-6h8b: Molybdenum storage protein prepared under in vivo-like conditions... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h8b
タイトルMolybdenum storage protein prepared under in vivo-like conditions and incubated with ATP and molybdate at 303 K
要素(Molybdenum storage protein subunit ...) x 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Polyoxometalate clusters / molybdenum storage protein / bionanolab
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / molybdenum ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Molybdenum storage protein subunit alpha/beta / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Amino acid kinase family / Acetylglutamate kinase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Mo5 Cluster / Chem-J7N / Chem-J7Q / molybdate cluster / Chem-J85 / Molybdate cluster / Chem-J8E / MOLYBDATE ION / Molybdenum storage protein subunit beta / Molybdenum storage protein subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ermler, U. / Poppe, J.
引用ジャーナル: J. Inorg. Biochem. / 年: 2018
タイトル: The molybdenum storage protein - A bionanolab for creating experimentally alterable polyoxomolybdate clusters.
著者: Brunle, S. / Poppe, J. / Hail, R. / Demmer, U. / Ermler, U.
履歴
登録2018年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rsym_value ..._reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Molybdenum storage protein subunit beta
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,19512
ポリマ－57,4932
非ポリマー6,70210
水3,585199
1
B: Molybdenum storage protein subunit beta
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
ヘテロ分子

B: Molybdenum storage protein subunit beta
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
ヘテロ分子

B: Molybdenum storage protein subunit beta
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,58636
ポリマ－172,4796
非ポリマー20,10730
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area32320 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area47270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.720, 116.720, 235.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-303-

J8E

21B-303-

J8E

31B-303-

J8E

41B-303-

J8E

51A-305-

J85

61A-305-

J85

71A-305-

J85

81A-305-

J85

91A-306-

MOO

101A-427-

HOH

-
要素

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Molybdenum storage protein subunit ... , 2種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Molybdenum storage protein subunit beta / MoSto subunit beta


分子量: 28247.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P84253
#2: タンパク質 Molybdenum storage protein subunit alpha / Mo storage protein subunit alpha / MoSto subunit alpha


分子量: 29245.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P84308

-
非ポリマー , 11種, 209分子

#3: 化合物 ChemComp-J7T / molybdate cluster


分子量: 1359.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo9O31
#4: 化合物 ChemComp-J7N / 2,2,4-tris(oxidanyl)-1,3-dioxa-2$l^{4},4$l^{3}-dimolybdacyclobutane


分子量: 274.901 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H3Mo2O5
#5: 化合物 ChemComp-J8E / oxidanyl-[[2,2,4,4,4-pentakis($l^{1}-oxidanyl)-1-(oxidanylmolybdenio)-1$l^{3},3-dioxa-2$l^{5},4$l^{5}-dimolybdacyclobut-2-yl]oxy]molybdenum


分子量: 545.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2Mo4O10
#6: 化合物 ChemComp-FUQ / Mo5 Cluster


分子量: 899.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H20Mo5O25
#7: 化合物 ChemComp-J7Q / tetrakis($l^{1}-oxidanyl)-[[2,2,2,4,4,4,4,6,6,6,8-undecakis($l^{1}-oxidanyl)-8-(oxidanylmolybdeniooxy)-6-[tris($l^{1}-oxidanyl)molybdeniooxy]-1,3,5,7-tetraoxa-2$l^{6},4$l^{6},6$l^{6},8$l^{4}-tetramolybdacyclooct-2-yl]oxy]molybdenum


分子量: 1088.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HMo7O26
#8: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 化合物 ChemComp-J8B / Molybdate cluster


分子量: 1183.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo8O26
#11: 化合物 ChemComp-J85 / [[[bis(oxidanylmolybdenio)-$l^{3}-oxidanyl]-$l^{1}-oxidanyl-oxidanylidene-molybdenio]-(oxidanylmolybdenio)-$l^{3}-oxidanyl]-tetrakis($l^{1}-oxidanyl)molybdenum


分子量: 658.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H3Mo5O11
#12: 化合物 ChemComp-MOO / MOLYBDATE ION / MOLYBDATE / モリブデン酸塩


分子量: 159.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: MoO4
#13: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.6 1 M NH4H2PO4 10% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 74844 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.837 / Rsym value: 0.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ndo

4ndo


解像度: 1.9→49.415 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.98 / 位相誤差: 26.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2468 7061 5.07 %
Rwork0.2336 --
obs0.2343 139264 98.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.415 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3809 0 213 197 4219
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0194151
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.9945877
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3942415
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043630
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003702
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9001-1.92170.3892550.38114403X-RAY DIFFRACTION98
1.9217-1.94430.33822080.36934460X-RAY DIFFRACTION98
1.9443-1.9680.36622350.3474394X-RAY DIFFRACTION99
1.968-1.99290.33342670.33174372X-RAY DIFFRACTION99
1.9929-2.01910.33282270.33324475X-RAY DIFFRACTION99
2.0191-2.04680.31522330.32124414X-RAY DIFFRACTION99
2.0468-2.0760.30632550.30614368X-RAY DIFFRACTION99
2.076-2.1070.31112170.30444415X-RAY DIFFRACTION98
2.107-2.13990.30942500.29474426X-RAY DIFFRACTION99
2.1399-2.1750.30832460.29044376X-RAY DIFFRACTION98
2.175-2.21250.28142300.29684381X-RAY DIFFRACTION98
2.2125-2.25280.30692310.28084436X-RAY DIFFRACTION99
2.2528-2.29610.2952690.27534414X-RAY DIFFRACTION99
2.2961-2.34290.26822720.27434401X-RAY DIFFRACTION99
2.3429-2.39390.28092530.26724427X-RAY DIFFRACTION100
2.3939-2.44960.24822350.25934454X-RAY DIFFRACTION99
2.4496-2.51080.27042210.25714441X-RAY DIFFRACTION99
2.5108-2.57870.25562200.24554427X-RAY DIFFRACTION99
2.5787-2.65460.24232080.23064485X-RAY DIFFRACTION99
2.6546-2.74030.24412490.23164374X-RAY DIFFRACTION98
2.7403-2.83820.23042310.21634366X-RAY DIFFRACTION98
2.8382-2.95180.21512290.22234385X-RAY DIFFRACTION98
2.9518-3.08610.25022570.20574411X-RAY DIFFRACTION99
3.0861-3.24880.21492360.19874410X-RAY DIFFRACTION99
3.2488-3.45230.18692320.19334420X-RAY DIFFRACTION99
3.4523-3.71880.23612380.18054365X-RAY DIFFRACTION98
3.7188-4.09290.19742180.17264373X-RAY DIFFRACTION97
4.0929-4.68470.15471880.15414375X-RAY DIFFRACTION96
4.6847-5.90070.18432380.1894358X-RAY DIFFRACTION98
5.9007-49.4320.31432130.28934397X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.15990.487-4.7489.0923-2.71148.164-0.01020.37520.5524-0.26860.16890.9008-0.3975-1.4768-0.24190.2089-0.0118-0.09390.5327-0.05710.483321.078629.22124.3173
20.6982-0.03180.07380.4974-0.0360.974-0.06210.1424-0.0849-0.08890.02-0.01120.0805-0.08720.04290.3168-0.00440.00480.2393-0.04290.234754.02515.730917.8248
37.34041.5218-2.4259.14714.37563.7539-0.5298-0.3614-1.04010.57880.1505-0.1111.03060.18490.31460.4913-0.00540.00840.35610.00520.259444.6452-1.51512.48
46.5849-2.6508-4.09052.47632.55454.7599-0.15510.086-0.4889-0.0413-0.07690.15480.4387-0.15250.20760.3966-0.0517-0.03910.2274-0.06710.312843.75585.992911.2335
58.544-3.13462.54161.4252-2.24417.623-0.3541-0.2096-0.86160.27360.18690.36350.60320.03990.190.2501-0.08080.05960.23770.00230.285144.581218.240247.8489
67.2202-5.49535.94726.2869-5.08285.0348-0.1219-0.13690.07340.31180.05750.1213-0.227-0.20410.06130.1665-0.04970.05580.2569-0.01850.233736.394935.767848.5549
71.27610.31881.50010.73911.04654.37120.00710.0724-0.0249-0.10190.00640.0330.0248-0.023-0.00610.1957-0.02280.01920.23280.00630.233941.18230.873933.616
80.2230.0132-0.48042.6373-0.40251.5421-0.08290.1525-0.1177-0.28260.04530.45570.0977-0.47130.03630.2123-0.0314-0.03740.3634-0.05740.24829.839423.619242.141
99.1807-5.3909-0.77657.96222.98784.72510.22310.27550.41030.1048-0.49790.99770.3989-1.34330.15280.2659-0.14280.00450.58210.02890.531119.178717.27743.0657
101.0151-1.01620.09974.19690.83973.5877-0.00380.0329-0.1579-0.0635-0.14730.4390.2054-0.52240.13710.1432-0.06230.02440.3023-0.01890.250130.814520.702544.8352
116.55440.9511-0.29153.35943.41527.75390.0467-0.2273-1.09750.58190.2987-0.19041.29480.1293-0.24670.4299-0.0608-0.03320.3892-0.01020.511530.607214.404851.0349
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 3 through 28 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 29 through 180 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 181 through 219 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 220 through 270 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 32 through 47 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 48 through 80 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 81 through 169 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 170 through 204 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 205 through 221 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 222 through 261 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 262 through 276 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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