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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6h3q | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human carbonic anhydrase II in complex with the 4-(5-(chloromethyl)-1,3-selenazol-2-yl)benzenesulfonamide | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 2炭酸脱水酵素 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / 髄鞘 / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.31 Å | ||||||
データ登録者 | Ferraroni, M. / Angeli, A. / Supuran, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2018 タイトル: Discovery of new 2, 5-disubstituted 1,3-selenazoles as selective human carbonic anhydrase IX inhibitors with potent anti-tumor activity. 著者: Angeli, A. / Trallori, E. / Ferraroni, M. / Di Cesare Mannelli, L. / Ghelardini, C. / Supuran, C.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6h3q.cif.gz | 73.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6h3q.ent.gz | 51.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6h3q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/6h3q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/6h3q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4fikS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-FMH / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.13 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 1.5 M sodium citrate, Tris 50 mM |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月28日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.8731 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.31→69.83 Å / Num. obs: 58339 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.371 % / Biso Wilson estimate: 18.061 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rrim(I) all: 0.157 / Χ2: 0.964 / Net I/σ(I): 5.97 / Num. measured all: 313339 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 4FIK 解像度: 1.31→69.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.358 / SU ML: 0.054 / SU R Cruickshank DPI: 0.0545 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.056 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 186.31 Å2 / Biso mean: 16.73 Å2 / Biso min: 8.15 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.31→69.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.31→1.344 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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