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- PDB-6h3l: Structure of VgrG1 in the Type VI secretion "pre-firing" VgrG1-Ts... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h3l
タイトルStructure of VgrG1 in the Type VI secretion "pre-firing" VgrG1-Tse6-EagT6-EF-Tu-Tsi6 complex
要素VgrG1
キーワードTOXIN (毒素) / Bacterial Type VI effector complex / T6SS chaperone-effector complex / Tse6-loaded VgrG1 complex / NAD(P)+ Glycohydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


type VI protein secretion system complex / protein secretion by the type VI secretion system / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / Phage tail baseplate hub (GPD) / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain / Vgr protein, OB-fold domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Type VI secretion system spike protein VgrG1a
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Quentin, D. / Raunser, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
European Research Council615984 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2018
タイトル: Mechanism of loading and translocation of type VI secretion system effector Tse6.
著者: Dennis Quentin / Shehryar Ahmad / Premy Shanthamoorthy / Joseph D Mougous / John C Whitney / Stefan Raunser /
要旨: The type VI secretion system (T6SS) primarily functions to mediate antagonistic interactions between contacting bacterial cells, but also mediates interactions with eukaryotic hosts. This molecular ...The type VI secretion system (T6SS) primarily functions to mediate antagonistic interactions between contacting bacterial cells, but also mediates interactions with eukaryotic hosts. This molecular machine secretes antibacterial effector proteins by undergoing cycles of extension and contraction; however, how effectors are loaded into the T6SS and subsequently delivered to target bacteria remains poorly understood. Here, using electron cryomicroscopy, we analysed the structures of the Pseudomonas aeruginosa effector Tse6 loaded onto the T6SS spike protein VgrG1 in solution and embedded in lipid nanodiscs. In the absence of membranes, Tse6 stability requires the chaperone EagT6, two dimers of which interact with the hydrophobic transmembrane domains of Tse6. EagT6 is not directly involved in Tse6 delivery but is crucial for its loading onto VgrG1. VgrG1-loaded Tse6 spontaneously enters membranes and its toxin domain translocates across a lipid bilayer, indicating that effector delivery by the T6SS does not require puncturing of the target cell inner membrane by VgrG1. Eag chaperone family members from diverse Proteobacteria are often encoded adjacent to putative toxins with predicted transmembrane domains and we therefore anticipate that our findings will be generalizable to numerous T6SS-exported membrane-associated effectors.
履歴
登録2018年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0135
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VgrG1
B: VgrG1
C: VgrG1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,2953
ポリマ－216,2953
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy, electron cryo microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area46980 Å2
ΔGint-178 kcal/mol
Surface area64150 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 VgrG1


分子量: 72098.375 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
遺伝子: vgrG1, PA0091 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I741

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Type VI secretion "pre-firing" VgrG1-Tse6-EagT6-EF-Tu-Tsi6 complexType VI secretion systemCOMPLEXThe type VI "pre-firing" complex consists of a single copy of Tse6, EF-Tu, Tsi6 and trimeric VgrG1 as well as two copies of dimeric EagT6.all0RECOMBINANT
2Valine-glycine repeat protein 1COMPLEXVgrG1 forms a trimer - UniProt Identifier: Q9I741all1RECOMBINANT
3Type VI secretion exported 6Type VI secretion systemCOMPLEXTse6 - UniProt identifier: Q9I7391RECOMBINANT
4Type VI secretion immunity 6Type VI secretion systemCOMPLEXTsi6 - UniProt identifier: Q9I7401RECOMBINANT
5Effector associated gene with tse6COMPLEXEagT6 forms dimers - UniProt identifier: Q9I738. Two dimers are present in the EM map.1RECOMBINANT
6Elongation factor Tu 1EF-TuCOMPLEXEF-Tu - UniProt identifier: P0CE471NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.35 MDaNO
210.072 MDaNO
310.045 MDaNO
410.011 MDaNO
510.016 MDaNO
610.043 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
32Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)208964
43Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)208964
54Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)208964
65Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)208964
76Escherichia coli BL21 (大腸菌)511693
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
32Escherichia coli BL21 (大腸菌)511693
43Escherichia coli BL21 (大腸菌)511693
54Escherichia coli BL21 (大腸菌)511693
65Escherichia coli BL21 (大腸菌)511693
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタンTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
2300 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
試料濃度: 0.015 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / Cs: 0.01 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 11642
電子光学装置球面収差補正装置: Cs corrected microscope
画像スキャン動画フレーム数/画像: 24

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU1.8画像取得
12SPHIRE分類sort3D
13SPHIRE３次元再構成meridien
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 55000 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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