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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6h2z | ||||||
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タイトル | The crystal structure of human carbonic anhydrase II in complex with 4-(4-phenylpiperidine-1-carbonyl)benzenesulfonamide. | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 2炭酸脱水酵素 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / Protein-inhibitor binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of intracellular pH / morphogenesis of an epithelium / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / 髄鞘 / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.94 Å | ||||||
データ登録者 | Buemi, M.R. / Di Fiore, A. / De Luca, L. / Ferro, S. / Mancuso, F. / Monti, S.M. / Buonanno, M. / Angeli, A. / Russo, E. / De Sarro, G. ...Buemi, M.R. / Di Fiore, A. / De Luca, L. / Ferro, S. / Mancuso, F. / Monti, S.M. / Buonanno, M. / Angeli, A. / Russo, E. / De Sarro, G. / Supuran, C.T. / De Simone, G. / Gitto, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2018 タイトル: Exploring structural properties of potent human carbonic anhydrase inhibitors bearing a 4-(cycloalkylamino-1-carbonyl)benzenesulfonamide moiety. 著者: Buemi, M.R. / Di Fiore, A. / De Luca, L. / Angeli, A. / Mancuso, F. / Ferro, S. / Monti, S.M. / Buonanno, M. / Russo, E. / De Sarro, G. / De Simone, G. / Supuran, C.T. / Gitto, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6h2z.cif.gz | 70.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6h2z.ent.gz | 49.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6h2z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/6h2z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/6h2z | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29477.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-FKE / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.05 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: sodium citrate 1.3M, Tris-HCl 0.1 M, pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月29日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→34.7 Å / Num. obs: 17564 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→2.01 Å / Rmerge(I) obs: 0.418 / Num. unique obs: 1610 / Rpim(I) all: 0.336 / Rrim(I) all: 0.57 / % possible all: 90.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1CA2 解像度: 1.94→34.7 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→34.7 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.94→2.01 Å
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