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万見
- PDB-6h19: Crystal structure of ethyl-paraoxon inhibited recombinant human b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h19
タイトルCrystal structure of ethyl-paraoxon inhibited recombinant human bile salt activated lipase (aged form)
要素Bile salt-activated lipase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Lipase (リパーゼ) / alpha-beta hydrolase. / paraoxon inhibition / aged form
機能・相同性
機能・相同性情報


retinyl-palmitate esterase activity / Digestion of dietary lipid / アセチルエステラーゼ / ceramide catabolic process / ステロールエステラーゼ / sterol esterase activity / pancreatic juice secretion / acetylesterase activity / intestinal cholesterol absorption / トリアシルグリセロールリパーゼ ...retinyl-palmitate esterase activity / Digestion of dietary lipid / アセチルエステラーゼ / ceramide catabolic process / ステロールエステラーゼ / sterol esterase activity / pancreatic juice secretion / acetylesterase activity / intestinal cholesterol absorption / トリアシルグリセロールリパーゼ / triglyceride lipase activity / catalytic activity / lipid metabolic process / heparin binding / hydrolase activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Mucin-like domain / Mucin-like / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold ...Mucin-like domain / Mucin-like / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Bile salt-activated lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Touvrey, C. / Brazzolotto, X. / Nachon, F.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French Ministry of Armed ForcesPDH-2-NRBC-3-C-3201 フランス
French National Research AgencyASTRID CAT-SCAV フランス
引用ジャーナル: Toxicology / 年: 2019
タイトル: X-ray structures of human bile-salt activated lipase conjugated to nerve agents surrogates.
著者: Touvrey, C. / Courageux, C. / Guillon, V. / Terreux, R. / Nachon, F. / Brazzolotto, X.
履歴
登録2018年7月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bile salt-activated lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,96919
ポリマ－60,8791
非ポリマー1,09018
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-314 kcal/mol
Surface area21650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.120, 97.810, 110.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Bile salt-activated lipase / BAL / Bile salt-stimulated lipase / BSSL / Bucelipase / Carboxyl ester lipase / Cholesterol ...BAL / Bile salt-stimulated lipase / BSSL / Bucelipase / Carboxyl ester lipase / Cholesterol esterase / Pancreatic lysophospholipase / Sterol esterase


分子量: 60878.801 Da / 分子数: 1 / 変異: N186D, A298D, 534STOP / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SPT = serine residue inhibited by ethylparaoxon in its aged form
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEL, BAL
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P19835, ステロールエステラーゼ, トリアシルグリセロールリパーゼ
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 8000, cacodylate, zinc acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→44.7 Å / Num. obs: 49065 / % possible obs: 99.35 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1196 / Rrim(I) all: 0.1387 / Net I/σ(I): 8.21
反射 シェル解像度: 1.89→1.958 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / Num. unique obs: 4813 / CC1/2: 0.639 / % possible all: 98.75

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解析

ソフトウェア
名称分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX精密化
精密化解像度: 1.89→44.7 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2296 2406 -
Rwork0.193 --
obs-49021 99.26 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→44.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4071 0 39 202 4312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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