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万見
- PDB-6h03: OPEN CONFORMATION OF THE MEMBRANE ATTACK COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h03
タイトルOPEN CONFORMATION OF THE MEMBRANE ATTACK COMPLEX
要素
  • (Complement component ...) x 6
  • Complement C5,Complement C5
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / C5B9
機能・相同性
機能・相同性情報


cell killing / Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / complement binding / other organism cell membrane / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / 補体 / chemokine activity ...cell killing / Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / complement binding / other organism cell membrane / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / 補体 / chemokine activity / retinol binding / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / positive regulation of chemokine production / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / protein homooligomerization / extracellular vesicle / 走化性 / positive regulation of immune response / G alpha (i) signalling events / blood microparticle / killing of cells of another organism / in utero embryonic development / cell surface receptor signaling pathway / 免疫応答 / 炎症 / G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor binding / 自然免疫系 / protein-containing complex binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Kazal-type serine protease inhibitor domain / : / : / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Complement component C7, FIM2 N-terminal / Complement component C7, Kazal domain / : / Complement component C6, KAZAL domain / Complement component C8 gamma chain / : ...Kazal-type serine protease inhibitor domain / : / : / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Complement component C7, FIM2 N-terminal / Complement component C7, Kazal domain / : / Complement component C6, KAZAL domain / Complement component C8 gamma chain / : / Complement components C8A/B/C6, EGF-like domain / Membrane attack complex component/perforin/complement C9 / Alpha-1-microglobulin / Factor I / membrane attack complex / factor I membrane attack complex / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / : / Complement component 5, CUB domain / membrane-attack complex / perforin / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Kazal domain / Kazal domain profile. / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Α2-マクログロブリン / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Α2-マクログロブリン / Alpha-2-macroglobulin family / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Lipocalin family conserved site / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/SCR/CCP superfamily / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Calycin / Lipocalin signature. / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement C5 / Complement component C9 / Complement component C8 alpha chain / Complement component C8 beta chain / Complement component C8 gamma chain / Complement component C7 / Complement component C6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å
データ登録者Menny, A. / Serna, M. / Boyd, C.M. / Gardner, S. / Joseph, A.P. / Topf, M. / Bubeck, D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Cancer Research UKC26409/A16099 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/M019292/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: CryoEM reveals how the complement membrane attack complex ruptures lipid bilayers.
著者: Anaïs Menny / Marina Serna / Courtney M Boyd / Scott Gardner / Agnel Praveen Joseph / B Paul Morgan / Maya Topf / Nicholas J Brooks / Doryen Bubeck /
要旨: The membrane attack complex (MAC) is one of the immune system's first responders. Complement proteins assemble on target membranes to form pores that lyse pathogens and impact tissue homeostasis of ...The membrane attack complex (MAC) is one of the immune system's first responders. Complement proteins assemble on target membranes to form pores that lyse pathogens and impact tissue homeostasis of self-cells. How MAC disrupts the membrane barrier remains unclear. Here we use electron cryo-microscopy and flicker spectroscopy to show that MAC interacts with lipid bilayers in two distinct ways. Whereas C6 and C7 associate with the outer leaflet and reduce the energy for membrane bending, C8 and C9 traverse the bilayer increasing membrane rigidity. CryoEM reconstructions reveal plasticity of the MAC pore and demonstrate how C5b6 acts as a platform, directing assembly of a giant β-barrel whose structure is supported by a glycan scaffold. Our work provides a structural basis for understanding how β-pore forming proteins breach the membrane and reveals a mechanism for how MAC kills pathogens and regulates cell functions.
履歴
登録2018年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / em_single_particle_entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_single_particle_entity.id
改定 1.22019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0106
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C5,Complement C5
C: Complement component C8 beta chain
D: Complement component C7
E: Complement component C8 gamma chain
F: Complement component C8 alpha chain
B: Complement component C6
G: Complement component C9
P: Complement component C9
H: Complement component C9
I: Complement component C9
J: Complement component C9
K: Complement component C9
L: Complement component C9
M: Complement component C9
N: Complement component C9
O: Complement component C9
Q: Complement component C9
R: Complement component C9
S: Complement component C9
T: Complement component C9
U: Complement component C9
V: Complement component C9
W: Complement component C9
X: Complement component C9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,631,06482
ポリマ－1,613,80524
非ポリマー17,25958
水0
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area236580 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area626070 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Complement C5,Complement C5 / C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 4


分子量: 177707.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01031

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Complement component ... , 6種, 23分子 CDEFBGPHIJKLMNOQRSTUVWX

#2: タンパク質 Complement component C8 beta chain / Complement component 8 subunit beta


分子量: 61122.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07358
#3: タンパク質 Complement component C7


分子量: 91221.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10643
#4: タンパク質 Complement component C8 gamma chain


分子量: 20410.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07360
#5: タンパク質 Complement component C8 alpha chain / Complement component 8 subunit alpha


分子量: 61782.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07357
#6: タンパク質 Complement component C6


分子量: 102541.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13671
#7: タンパク質
Complement component C9


分子量: 61056.594 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02748

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糖 , 3種, 58分子

#8: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Membrane Attack Complex膜侵襲複合体COMPLEXProtein complex was assembled on liposomes and detergent solubilized#1-#70NATURAL
2C5bCOMPLEX#11NATURAL
3C6COMPLEX#61NATURAL
4C7COMPLEX#31NATURAL
5C8 alphaCOMPLEX#51NATURAL
6C8 betaCOMPLEX#21NATURAL
7C8 gammaCOMPLEX#41NATURAL
8C9COMPLEX#71NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
111.6 MDaNO
210.18 MDaNO
310.1 MDaNO
410.09 MDaNO
510.06 MDaNO
610.06 MDaNO
710.02 MDaNO
810.069 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Homo sapiens (ヒト)9606
54Homo sapiens (ヒト)9606
65Homo sapiens (ヒト)9606
76Homo sapiens (ヒト)9606
87Homo sapiens (ヒト)9606
98Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 59000 X / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 8 / 実像数: 13009

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Flex-EMモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
9iMODFITモデルフィッティング
10MODELLERモデルフィッティング
11TEMPyモデルフィッティング
12UCSF Chimeraモデルフィッティング
14RELION初期オイラー角割当
15RELION最終オイラー角割当
16RELION分類
17RELION３次元再構成
18PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 288366
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 5.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81968 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 5.6 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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