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- PDB-6gz3: tRNA translocation by the eukaryotic 80S ribosome and the impact ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gz3
タイトルtRNA translocation by the eukaryotic 80S ribosome and the impact of GTP hydrolysis, Translocation-intermediate-POST-1 (TI-POST-1)
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 4
  • (Ribosomal protein ...) x 72
  • 18S ribosomal RNA
  • 28S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA5.8SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • 60S ribosomal protein L27
  • Ribosomal protein
  • ap/P-site tRNA
  • eukaryotic elongation factor 2 (eEF2)
  • mRNA伝令RNA
  • pe/E-site-tRNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / translocation rabbit ribosome / 80S / eEF2 / head swivel / rotation (回転)
機能・相同性
機能・相同性情報


リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S27a / 40S Ribosomal protein S10 / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein L44 / Plectin/S10 domain / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S28e ...Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S27a / 40S Ribosomal protein S10 / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein L44 / Plectin/S10 domain / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S6e / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein L37e / Ribosomal L15 / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal / Ribosomal protein L32e / Ribosomal protein L32e superfamily / Ribosomal_L32e / Ribosomal protein L32e signature. / Ribosomal protein L32 / Ribosomal protein L15e signature. / Ribosomal protein L21e signature. / Ribosomal protein L37e signature. / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S8 signature. / S4 domain / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S7p/S5e / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein L14 signature. / Ubiquitin domain profile. / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein L24 signature. / Ribosomal protein L14p/L23e / KOW motif / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Small ribosomal subunit protein eS12 ...PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage SP6 (ファージ)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Flis, J. / Holm, M. / Rundlet, E.J. / Loerke, J. / Hilal, T. / Dabrowski, M. / Buerger, J. / Mielke, T. / Blanchard, S.C. / Spahn, C.M.T. / Budkevich, T.V.
資金援助 ドイツ, 米国, 3件
組織認可番号国
German Research FoundationDFG SFB 740 ドイツ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM079238 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM115327-Tan 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: tRNA Translocation by the Eukaryotic 80S Ribosome and the Impact of GTP Hydrolysis.
著者: Julia Flis / Mikael Holm / Emily J Rundlet / Justus Loerke / Tarek Hilal / Marylena Dabrowski / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Scott C Blanchard / Christian M T Spahn / Tatyana V Budkevich /
要旨: Translocation moves the tRNA⋅mRNA module directionally through the ribosome during the elongation phase of protein synthesis. Although translocation is known to entail large conformational changes ...Translocation moves the tRNA⋅mRNA module directionally through the ribosome during the elongation phase of protein synthesis. Although translocation is known to entail large conformational changes within both the ribosome and tRNA substrates, the orchestrated events that ensure the speed and fidelity of this critical aspect of the protein synthesis mechanism have not been fully elucidated. Here, we present three high-resolution structures of intermediates of translocation on the mammalian ribosome where, in contrast to bacteria, ribosomal complexes containing the translocase eEF2 and the complete tRNA⋅mRNA module are trapped by the non-hydrolyzable GTP analog GMPPNP. Consistent with the observed structures, single-molecule imaging revealed that GTP hydrolysis principally facilitates rate-limiting, final steps of translocation, which are required for factor dissociation and which are differentially regulated in bacterial and mammalian systems by the rates of deacyl-tRNA dissociation from the E site.
履歴
登録2018年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0098
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A2: 28S ribosomal RNA
Bv: ap/P-site tRNA
Bx: mRNA
Bw: pe/E-site-tRNA
B1: 18S ribosomal RNA
BD: ribosomal protein uS3
BF: Ribosomal protein S5
BK: ribosomal protein eS10
BM: 40S ribosomal protein S12
BP: ribosomal protein uS19
BQ: ribosomal protein uS9
BR: ribosomal protein eS17
BS: ribosomal protein uS13
BT: ribosomal protein eS19
BU: ribosomal protein uS10
BZ: ribosomal protein eS25
Bc: Ribosomal protein S28
Bd: ribosomal protein uS14
Bf: Ribosomal protein S27a
Bg: ribosomal protein RACK 1
BA: ribosomal protein uS2
BB: 40S ribosomal protein S3a
BC: ribosomal protein uS5
BE: ribosomal protein eS4
BG: 40S ribosomal protein S6
BH: 40S ribosomal protein S7
BI: ribosomal protein eS8
BJ: Ribosomal protein S9 (Predicted)
BL: Ribosomal protein S11
BN: ribosomal protein uS15
BO: ribosomal protein uS11
BV: ribosomal protein eS21
BW: Ribosomal protein S15a
BX: Ribosomal protein S23
BY: ribosomal protein eS24
Ba: ribosomal protein eS26
Bb: ribosomal protein eS27
Be: ribosomal protein eS30
A3: 5.8S ribosomal RNA
A4: 5S ribosomal RNA
AA: Ribosomal protein L8
AB: ribosomal protein uL3
AC: ribosomal protein uL4
AD: ribosomal protein uL18
AE: ribosomal protein eL6
AF: ribosomal protein uL30
AG: ribosomal protein eL8
AH: ribosomal protein uL6
AI: Ribosomal protein L10 (Predicted)
AJ: Ribosomal protein L11
AL: ribosomal protein eL13
AM: ribosomal protein eL14
AN: Ribosomal protein L15
AO: ribosomal protein uL13
AP: ribosomal protein uL22
AQ: ribosomal protein eL18
AR: ribosomal protein eL19
AS: ribosomal protein eL20
AT: ribosomal protein eL21
AU: ribosomal protein eL22
AV: Ribosomal protein L23
AW: ribosomal protein eL24
AX: ribosomal protein uL23
AY: Ribosomal protein L26
AZ: 60S ribosomal protein L27
Aa: ribosomal protein uL15
Ab: ribosomal protein eL29
Ac: ribosomal protein eL30
Ad: ribosomal protein eL31
Ae: ribosomal protein eL32
Af: ribosomal protein eL33
Ag: ribosomal protein eL34
Ah: ribosomal protein uL29
Ai: ribosomal protein eL36
Aj: Ribosomal protein L37
Ak: ribosomal protein eL38
Al: ribosomal protein eL39
Am: ribosomal protein eL40
An: ribosomal protein eL41
Ao: ribosomal protein eL42
Ap: ribosomal protein eL43
At: ribosomal protein eL28
Au: Ribosomal protein
Aq: Ribosomal protein L12
AK: ribosomal protein uL10
Ct: eukaryotic elongation factor 2 (eEF2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,326,031419
ポリマ－3,317,23486
非ポリマー8,797333
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
手法PISA

-
要素

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 A2BvBxBwB1A3A4

#1: RNA鎖 28S ribosomal RNA /


分子量: 1170164.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#2: RNA鎖 ap/P-site tRNA


分子量: 24437.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#3: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 3837.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage SP6 (ファージ)
発現宿主: Enterobacteria phage SP6 (ファージ)
#4: RNA鎖 pe/E-site-tRNA


分子量: 24533.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 176421
#5: RNA鎖 18S ribosomal RNA /


分子量: 551108.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#39: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 50449.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#40: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38385.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

+
Ribosomal protein ... , 72種, 72分子 BDBFBKBPBQBRBSBTBUBZBcBdBfBgBABCBEBIBJBLBNBOBVBWBXBYBaBbBeAA...

#6: タンパク質 ribosomal protein uS3 /


分子量: 24357.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#7: タンパク質 Ribosomal protein S5 /


分子量: 21424.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFM5
#8: タンパク質 ribosomal protein eS10 /


分子量: 11773.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV3
#10: タンパク質 ribosomal protein uS19 /


分子量: 14273.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#11: タンパク質 ribosomal protein uS9 /


分子量: 15765.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#12: タンパク質 ribosomal protein eS17 /


分子量: 14447.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TU13
#13: タンパク質 ribosomal protein uS13 /


分子量: 16383.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPG3
#14: タンパク質 ribosomal protein eS19 /


分子量: 15822.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#15: タンパク質 ribosomal protein uS10 /


分子量: 11029.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#16: タンパク質 ribosomal protein eS25 /


分子量: 9801.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDB3
#17: タンパク質 Ribosomal protein S28 /


分子量: 7007.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TIB4
#18: タンパク質 ribosomal protein uS14 /


分子量: 6121.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7M4
#19: タンパク質 Ribosomal protein S27a / リボソーム


分子量: 8645.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SK22
#20: タンパク質 ribosomal protein RACK 1 / リボソーム


分子量: 34726.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SJB4
#21: タンパク質 ribosomal protein uS2 / / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40


分子量: 24245.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#23: タンパク質 ribosomal protein uS5 /


分子量: 24574.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#24: タンパク質 ribosomal protein eS4 /


分子量: 28893.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#27: タンパク質 ribosomal protein eS8 /


分子量: 24132.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#28: タンパク質 Ribosomal protein S9 (Predicted) / リボソーム


分子量: 21222.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZS8
#29: タンパク質 Ribosomal protein S11 /


分子量: 17910.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TRM4
#30: タンパク質 ribosomal protein uS15 /


分子量: 17057.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SP51
#31: タンパク質 ribosomal protein uS11 /


分子量: 14544.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#32: タンパク質 ribosomal protein eS21 /


分子量: 8863.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#33: タンパク質 Ribosomal protein S15a / リボソーム


分子量: 14734.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG89
#34: タンパク質 Ribosomal protein S23 /


分子量: 15626.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ47
#35: タンパク質 ribosomal protein eS24 /


分子量: 14489.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#36: タンパク質 ribosomal protein eS26 /


分子量: 11087.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#37: タンパク質 ribosomal protein eS27 /


分子量: 9000.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#38: タンパク質 ribosomal protein eS30 /


分子量: 6239.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#41: タンパク質 Ribosomal protein L8 /


分子量: 27456.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TT27
#42: タンパク質 ribosomal protein uL3 /


分子量: 45222.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#43: タンパク質 ribosomal protein uL4 /


分子量: 41171.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#44: タンパク質 ribosomal protein uL18 /


分子量: 34091.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#45: タンパク質 ribosomal protein eL6 /


分子量: 22262.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#46: タンパク質 ribosomal protein uL30 /


分子量: 27733.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#47: タンパク質 ribosomal protein eL8 /


分子量: 26724.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#48: タンパク質 ribosomal protein uL6 /


分子量: 21770.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#49: タンパク質 Ribosomal protein L10 (Predicted) / リボソーム


分子量: 24381.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZQ2
#50: タンパク質 Ribosomal protein L11 /


分子量: 19270.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB8
#51: タンパク質 ribosomal protein eL13 /


分子量: 23574.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#52: タンパク質 ribosomal protein eL14 /


分子量: 16220.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#53: タンパク質 Ribosomal protein L15 /


分子量: 24076.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T0C1
#54: タンパク質 ribosomal protein uL13 /


分子量: 22820.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#55: タンパク質 ribosomal protein uL22 /


分子量: 17757.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#56: タンパク質 ribosomal protein eL18 /


分子量: 21556.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#57: タンパク質 ribosomal protein eL19 /


分子量: 21742.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#58: タンパク質 ribosomal protein eL20 /


分子量: 20661.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#59: タンパク質 ribosomal protein eL21 /


分子量: 18276.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHQ2
#60: タンパク質 ribosomal protein eL22 /


分子量: 11481.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#61: タンパク質 Ribosomal protein L23 /


分子量: 13828.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T6D1
#62: タンパク質 ribosomal protein eL24 /


分子量: 14087.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE28
#63: タンパク質 ribosomal protein uL23 /


分子量: 13614.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#64: タンパク質 Ribosomal protein L26 /


分子量: 15161.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SQH0
#66: タンパク質 ribosomal protein uL15 /


分子量: 16473.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#67: タンパク質 ribosomal protein eL29 /


分子量: 7996.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#68: タンパク質 ribosomal protein eL30 /


分子量: 11500.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#69: タンパク質 ribosomal protein eL31 /


分子量: 12506.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHG0
#70: タンパク質 ribosomal protein eL32 /


分子量: 15179.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUN8
#71: タンパク質 ribosomal protein eL33 /


分子量: 12433.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#72: タンパク質 ribosomal protein eL34 /


分子量: 12994.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#73: タンパク質 ribosomal protein uL29 /


分子量: 14462.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#74: タンパク質 ribosomal protein eL36 /


分子量: 11373.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#75: タンパク質 Ribosomal protein L37 /


分子量: 9864.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KPD5
#76: タンパク質 ribosomal protein eL38 /


分子量: 8107.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#77: タンパク質・ペプチド ribosomal protein eL39 /


分子量: 6295.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYU7
#78: タンパク質・ペプチド ribosomal protein eL40 /


分子量: 5957.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#79: タンパク質・ペプチド ribosomal protein eL41 /


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#80: タンパク質 ribosomal protein eL42 /


分子量: 12345.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T040
#81: タンパク質 ribosomal protein eL43 /


分子量: 10168.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SY53
#82: タンパク質 ribosomal protein eL28 /


分子量: 13991.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#84: タンパク質 Ribosomal protein L12 /


分子量: 16290.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SMR7
#85: タンパク質 ribosomal protein uL10 /


分子量: 22217.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

-
40S ribosomal protein ... , 4種, 4分子 BMBBBGBH

#9: タンパク質 40S ribosomal protein S12 /


分子量: 13393.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SFR8
#22: タンパク質 40S ribosomal protein S3a /


分子量: 24660.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SS70
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S6 /


分子量: 26913.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM55
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S7 /


分子量: 20990.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVB0

-
タンパク質 , 3種, 3分子 AZAuCt

#65: タンパク質 60S ribosomal protein L27 /


分子量: 15647.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXF6
#83: タンパク質 Ribosomal protein /


分子量: 24879.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKZ8
#86: タンパク質 eukaryotic elongation factor 2 (eEF2)


分子量: 95056.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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非ポリマー , 3種, 333分子

#87: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#88: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#89: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / 5'-Guanylyl imidodiphosphate


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1translocation intermediate TI-POST-1RIBOSOME#1-#860MULTIPLE SOURCES
2RibosomeリボソームCOMPLEX#1-#2, #5-#861NATURAL
3mRNA伝令RNACOMPLEX#31RECOMBINANT
4tRNA転移RNACOMPLEX#41NATURAL
分子量値: 4.3 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
42Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
23Enterobacteria phage SP6 (ファージ)194966
54Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
由来(組換発現)生物種: Enterobacteria phage SP6 (ファージ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 270000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32386 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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