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万見
- PDB-6gyo: Structure of human HCN4 hyperpolarization-activated cyclic nucleo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gyo
タイトルStructure of human HCN4 hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel in complex with cAMP
要素Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ION CHANNEL (イオンチャネル) / PACEMAKER CURRENT
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated potassium channel activity involved in SA node cell action potential depolarization / sinoatrial node development / HCN channels / HCN channel complex / regulation of cardiac muscle cell action potential involved in regulation of contraction / SA node cell action potential / membrane depolarization during SA node cell action potential / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / cellular response to cGMP / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential ...voltage-gated potassium channel activity involved in SA node cell action potential depolarization / sinoatrial node development / HCN channels / HCN channel complex / regulation of cardiac muscle cell action potential involved in regulation of contraction / SA node cell action potential / membrane depolarization during SA node cell action potential / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / cellular response to cGMP / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / sodium ion import across plasma membrane / voltage-gated sodium channel activity / 循環器 / regulation of membrane depolarization / potassium ion import across plasma membrane / regulation of heart rate by cardiac conduction / voltage-gated potassium channel activity / monoatomic cation transport / sodium ion transmembrane transport / regulation of cardiac muscle contraction / cAMP binding / cellular response to cAMP / potassium ion transmembrane transport / regulation of membrane potential / regulation of heart rate / muscle contraction / 神経繊維 / 樹状突起 / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Ion transport N-terminal / Ion transport protein N-terminal / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily ...Ion transport N-terminal / Ion transport protein N-terminal / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOINOSITOL / Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Shintre, C.A. / Pike, A.C.W. / Tessitore, A. / Young, M. / Bushell, S.R. / Strain-Damerell, C. / Mukhopadhyay, S. / Burgess-Brown, N.A. / Huiskonen, J.T. / Arrowsmith, C.H. ...Shintre, C.A. / Pike, A.C.W. / Tessitore, A. / Young, M. / Bushell, S.R. / Strain-Damerell, C. / Mukhopadhyay, S. / Burgess-Brown, N.A. / Huiskonen, J.T. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Carpenter, E.P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust106169/Z/14/Z 英国
European CommissionIMI 115766 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human HCN4 hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel
著者: Shintre, C.A. / Pike, A.C.W. / Tessitore, A. / Young, M. / Bushell, S.R. / Strain-Damerell, C. / Mukhopadhyay, S. / Burgess-Brown, N.A. / Huiskonen, J.T. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / ...著者: Shintre, C.A. / Pike, A.C.W. / Tessitore, A. / Young, M. / Bushell, S.R. / Strain-Damerell, C. / Mukhopadhyay, S. / Burgess-Brown, N.A. / Huiskonen, J.T. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Carpenter, E.P.
履歴
登録2018年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0094
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4
B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4
C: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4
D: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,37852
ポリマ－243,3474
非ポリマー33,03148
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area64080 Å2
ΔGint-626 kcal/mol
Surface area85640 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4


分子量: 60836.754 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HCN4 / プラスミド: pFB-LIC-Bse
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y3Q4

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非ポリマー , 5種, 48分子

#2: 化合物
ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP / 環状アデノシン一リン酸


分子量: 329.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#3: 化合物...
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE / ホスファチジルコリン


分子量: 790.145 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物
ChemComp-PIE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOINOSITOL


分子量: 836.061 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H80O13P
#5: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / DSPE / ホスファチジルエタノールアミン


分子量: 748.065 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#6: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Potassium/Sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel 4
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES1
2150 mMSodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
30.02 %DDM1
40.002 %Cholesteryl hemisuccinate1
55 mMcyclic AMP環状アデノシン一リン酸1
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K / 詳細: blotted for 5.5s before plunge

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: EBIC TITAN KRIOS M07
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 37313 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 16 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2338
画像スキャン動画フレーム数/画像: 48 / 利用したフレーム数/画像: 1-48

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch0.53粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1.5CTF補正
7Coot0.8.9.1モデルフィッティング
9RELION2.1-beta-0初期オイラー角割当
10RELION2.1-beta-0最終オイラー角割当
11RELION2.1-beta-0分類
12cryoSPARC0.6.5３次元再構成
13PHENIX1.13モデル精密化
画像処理詳細: Images were motioncorrected and dose-weighted with MOTIONCOR2
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 234908
詳細: Autopicking with templates derived from manually picked particles
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 55829 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
詳細: Initial model was from ligand-free HCN4. Model refined against the cryosparc b-factor sharpened map using default restraints

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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