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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gyl | |||||||||
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タイトル | Structure of a yeast closed complex with distorted DNA (core CCdist) | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / rna polymerase II (RNAポリメラーゼII) / transcription initiation (転写 (生物学)) / promoter dna opening | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIA-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / transcription factor TFIIE complex / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / TFIIF-class transcription factor complex binding ...RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIA-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / transcription factor TFIIE complex / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / TFIIF-class transcription factor complex binding / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RPB4-RPB7 complex / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / transcription factor TFIIF complex / transcription factor TFIIA complex / : / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / 転写開始前複合体 / DNA binding, bending / RNA Polymerase I Transcription Initiation / : / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / termination of RNA polymerase II transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase II complex binding / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / protein phosphatase activator activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II activity / transcription-coupled nucleotide-excision repair / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / DNA修復 / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / translation initiation factor binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / DNA-templated transcription initiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / ペルオキシソーム / cytoplasmic stress granule / disordered domain specific binding / single-stranded DNA binding / リボソーム生合成 / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / nucleic acid binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / mRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / 核小体 / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / ミトコンドリア 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Dienemann, C. / Schwalb, B. / Schilbach, S. / Cramer, P. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019 タイトル: Promoter Distortion and Opening in the RNA Polymerase II Cleft. 著者: Christian Dienemann / Björn Schwalb / Sandra Schilbach / Patrick Cramer / 要旨: Transcription initiation requires opening of promoter DNA in the RNA polymerase II (Pol II) pre-initiation complex (PIC), but it remains unclear how this is achieved. Here we report the cryo-electron ...Transcription initiation requires opening of promoter DNA in the RNA polymerase II (Pol II) pre-initiation complex (PIC), but it remains unclear how this is achieved. Here we report the cryo-electron microscopic (cryo-EM) structure of a yeast PIC that contains underwound, distorted promoter DNA in the closed Pol II cleft. The DNA duplex axis is offset at the upstream edge of the initially melted DNA region (IMR) where DNA opening begins. Unstable IMRs are found in a subset of yeast promoters that we show can still initiate transcription after depletion of the transcription factor (TF) IIH (TFIIH) translocase Ssl2 (XPB in human) from the nucleus in vivo. PIC-induced DNA distortions may thus prime the IMR for melting and may explain how unstable IMRs that are predicted in promoters of Pol I and Pol III can open spontaneously. These results suggest that DNA distortion in the polymerase cleft is a general mechanism that contributes to promoter opening. | |||||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 6gyl.cif.gz | 1008.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6gyl.ent.gz | 771.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6gyl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/6gyl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/6gyl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 7種, 7分子 ABCDGIK
#1: タンパク質 | 分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P04050, ポリメラーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P08518, ポリメラーゼ |
#3: タンパク質 | 分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P16370 |
#4: タンパク質 | 分子量: 25451.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P20433 |
#7: タンパク質 | 分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P34087 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P27999 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P38902 |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL
#5: タンパク質 | 分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P20434 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P20435 |
#8: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P20436 |
#10: タンパク質 | 分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P22139 |
#12: タンパク質 | 分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P40422 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 MO
#13: タンパク質 | 分子量: 38257.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: SUA7, YPR086W, P9513.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29055 |
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#15: タンパク質 | 分子量: 27042.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: SPT15, BTF1, TBP1, YER148W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13393 |
-GAT1 promoter ... , 2種, 2分子 NT
#14: DNA鎖 | 分子量: 17129.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) |
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#18: DNA鎖 | 分子量: 17388.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) |
-Transcription initiation factor IIF subunit ... , 2種, 2分子 QR
#16: タンパク質 | 分子量: 82320.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: TFG1, SSU71, YGR186W, G7526 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41895 |
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#17: タンパク質 | 分子量: 46684.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: TFG2, YGR005C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41896, ヘリカーゼ |
-Transcription initiation factor IIA ... , 2種, 2分子 UV
#19: タンパク質 | 分子量: 19432.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: TOA1, YOR194C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32773 |
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#20: タンパク質 | 分子量: 14431.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: TOA2, YKL058W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32774 |
-Transcription initiation factor IIE subunit ... , 2種, 2分子 WX
#21: タンパク質 | 分子量: 57538.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: TFA1, YKL028W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36100 |
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#22: タンパク質 | 分子量: 37050.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: TFA2, YKR062W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36145 |
-非ポリマー , 2種, 11分子
#23: 化合物 | ChemComp-ZN / #24: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 37 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 38000 / 対称性のタイプ: POINT |