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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gwy | ||||||
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タイトル | Blood group synthase AAGlyB in its apo form cryoprotected with glycerol | ||||||
要素 | ABO blood group (transferase A, alpha 1-3-N-acetylgalactosaminyltransferase transferase B, alpha 1-3-galactosyltransferase) | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / blood group synthase / glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) / dual specificity / cis-AB mutant | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 フコシルガラクトシド 3-α-ガラクトシルトランスフェラーゼ / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / hexosyltransferase activity / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding ...フコシルガラクトシド 3-α-ガラクトシルトランスフェラーゼ / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / hexosyltransferase activity / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding / vesicle / carbohydrate metabolic process / ゴルジ体 / nucleotide binding / ゴルジ体 / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Rocha, J. / Royant, A. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Blood group synthase AAGlyB in its apo form cryoprotected with glycerol 著者: Rocha, J. / Batot, G.O. / Palcic, M.M. / Breton, C. / Royant, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6gwy.cif.gz | 160.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6gwy.ent.gz | 125.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6gwy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/6gwy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/6gwy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3zggS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34654.008 Da / 分子数: 1 / 変異: L266G, G268A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F0X360, UniProt: P16442*PLUS | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.11 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: MOPS buffer, Magnesium chloride, ammonium sulfate and PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→42.34 Å / Num. obs: 62538 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.9 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / Rsym value: 0.748 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 3ZGG 解像度: 1.4→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 2.165 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.054
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.767 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.4→40 Å
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拘束条件 |
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