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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gwb | ||||||
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タイトル | Molybdenum storage protein without polyoxomolybdate clusters | ||||||
要素 | (Molybdenum storage protein subunit ...) x 2 | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / molybdate storage / polyoxometalate binding (ポリ酸) / ATP (アデノシン三リン酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Azotobacter vinelandii (窒素固定) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Ermler, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Inorg. Biochem. / 年: 2018 タイトル: The molybdenum storage protein - A bionanolab for creating experimentally alterable polyoxomolybdate clusters. 著者: Brunle, S. / Poppe, J. / Hail, R. / Demmer, U. / Ermler, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6gwb.cif.gz | 223.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6gwb.ent.gz | 176 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6gwb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/6gwb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/6gwb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6||||||||
2 |
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単位格子 |
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-要素
-Molybdenum storage protein subunit ... , 2種, 2分子 BA
#1: タンパク質 | 分子量: 28247.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (strain DJ / ATCC BAA-1303) (窒素固定) 遺伝子: mosB, Avin_43210 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P84253 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 29245.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (strain DJ / ATCC BAA-1303) (窒素固定) 遺伝子: mosA, Avin_43200 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P84308 |
-非ポリマー , 5種, 348分子
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 化合物 | ChemComp-ATP / | #6: 化合物 | ChemComp-MG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M sodium citrate, 1 M ammonium phosphate, 20% glycerol |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 73302 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 12.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4F6T 解像度: 1.9→46.422 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.15 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.422 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 41.2679 Å / Origin y: 18.86 Å / Origin z: 28.4962 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |