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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6guj | ||||||
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タイトル | Molybdenum storage protein with two occupied ATP binding sites | ||||||
要素 | (Molybdenum storage protein subunit ...) x 2 | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / Molybdenum storage / polyoxomolybdate clusters / ATP (アデノシン三リン酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.102 Å | ||||||
データ登録者 | Ermler, U. / Poppe, J. / Bruenle, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018 タイトル: The Molybdenum Storage Protein: A soluble ATP hydrolysis-dependent molybdate pump. 著者: Poppe, J. / Brunle, S. / Hail, R. / Wiesemann, K. / Schneider, K. / Ermler, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6guj.cif.gz | 228.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6guj.ent.gz | 180.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6guj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/6guj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/6guj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-Molybdenum storage protein subunit ... , 2種, 2分子 BA
#1: タンパク質 | 分子量: 28247.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) / 参照: UniProt: P84253 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 29245.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) / 参照: UniProt: P84308 |
-非ポリマー , 6種, 349分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MO / #6: 化合物 | ChemComp-MG / | #7: 化合物 | ChemComp-MOO / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.49 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate, 1.1 M ammonium citrate, 10% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月21日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 53819 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.4 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4F6T 解像度: 2.102→48.771 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.42
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.102→48.771 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 41.3166 Å / Origin y: 19.1953 Å / Origin z: 28.3767 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |