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- PDB-6gsa: Core Centromere Binding Factor 3 (CBF3) with monomeric Ndc10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gsa
タイトルCore Centromere Binding Factor 3 (CBF3) with monomeric Ndc10
要素
  • Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit A
  • Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B
  • Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C
  • Suppressor of kinetochore protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Centromere (セントロメア) / CDEIII-binding / LRR domain (ロイシンリッチリピート)
機能・相同性
機能・相同性情報


RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / septin ring assembly / mitotic spindle elongation ...RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / septin ring assembly / mitotic spindle elongation / centromeric DNA binding / regulation of exit from mitosis / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / vacuolar acidification / kinetochore assembly / condensed chromosome, centromeric region / regulation of metabolic process / exit from mitosis / spindle pole body / positive regulation of glucose transmembrane transport / protein neddylation / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / silent mating-type cassette heterochromatin formation / mitochondrial fusion / DNA binding, bending / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / SCF複合体 / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / DNA replication origin binding / regulation of mitotic cell cycle / cullin family protein binding / subtelomeric heterochromatin formation / regulation of protein-containing complex assembly / spindle midzone / 細胞内膜系 / negative regulation of cytoplasmic translation / chromosome segregation / G1/S transition of mitotic cell cycle / spindle / 動原体 / G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic cell cycle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Ndc10 N-terminal domain / Transcription activator GCR1-like domain / Ndc10, domain 2 / Ndc10, domain 2 superfamily / Transcriptional activator of glycolytic enzymes / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit, domain 2 / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B, C-terminal / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. ...: / Ndc10 N-terminal domain / Transcription activator GCR1-like domain / Ndc10, domain 2 / Ndc10, domain 2 superfamily / Transcriptional activator of glycolytic enzymes / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit, domain 2 / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B, C-terminal / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Integrase/recombinase, N-terminal / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit A / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B / Suppressor of kinetochore protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Zhang, W.J. / Lukoynova, N. / Vaughan, C.K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J007595/1 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Insights into Centromere DNA Bending Revealed by the Cryo-EM Structure of the Core Centromere Binding Factor 3 with Ndc10.
著者: Wenjuan Zhang / Natalya Lukoyanova / Shomon Miah / Jonathan Lucas / Cara K Vaughan /
要旨: The centromere binding factor 3 (CBF3) complex binds the third centromere DNA element in organisms with point centromeres, such as S. cerevisiae. It is an essential complex for assembly of the ...The centromere binding factor 3 (CBF3) complex binds the third centromere DNA element in organisms with point centromeres, such as S. cerevisiae. It is an essential complex for assembly of the kinetochore in these organisms, as it facilitates genetic centromere specification and allows association of all other kinetochore components. We determined high-resolution structures of the core complex of CBF3 alone and in association with a monomeric construct of Ndc10, using cryoelectron microscopy (cryo-EM). We identify the DNA-binding site of the complex and present a model in which CBF3 induces a tight bend in centromeric DNA, thus facilitating assembly of the centromeric nucleosome.
履歴
登録2018年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0051
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B
B: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B
C: Suppressor of kinetochore protein 1
D: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C
E: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)286,5265
ポリマ－286,5265
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Complex migrates as a single peak on analytical gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area13640 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area66140 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B / Centromere protein 3


分子量: 68454.125 Da / 分子数: 2
変異: Truncation of the N-terminal domain, UNP residues 1-46
由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal polyhistidine purification tagTruncation of the binuclear zinc cluster domain
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CEP3, CBF3, CBF3B, CSL1, YMR168C, YM8520.17C / プラスミド: Modified pRS426 / 細胞株 (発現宿主): BCY123 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40969
#2: タンパク質 Suppressor of kinetochore protein 1 / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit D / E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit SKP1


分子量: 22558.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SKP1, CBF3D, YDR328C, D9798.14 / プラスミド: Modified pRS426 / 細胞株 (発現宿主): BCY123 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P52286
#3: タンパク質 Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C / Chromosome transmission fidelity protein 13 / Kinetochore protein CTF13


分子量: 60899.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal CBP purification tag
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CTF13, CBF3C, YMR094W, YM6543.01, YM9582.19 / プラスミド: Modified pRS424 / 細胞株 (発現宿主): BCY123 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P35203
#4: タンパク質 Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit A / Centromere-binding factor 2 / Chromosome transmission fidelity protein 14 / Kinetochore protein CTF14


分子量: 66159.578 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 2-553
変異: Construct comprising residues 1-554 with C-terminal Strep tag
由来タイプ: 組換発現
詳細: Domains 1-2 of Ndc10 with a non-cleavable C-terminal StrepII tag
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CBF2, CBF3A, CEP2, CTF14, NDC10, YGR140W / プラスミド: Modified pRS426 / Cell (発現宿主): BCY123 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32504

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Core CBF3 in complex with Ndc10 D1-2 / タイプ: COMPLEX
詳細: The truncated CBF3 complex, recombinantly expressed in Saccharomyces cerevisiae. It comprises a Cep3 homodimer, in which the binuclear zinc cluster domains are truncated, full length ...詳細: The truncated CBF3 complex, recombinantly expressed in Saccharomyces cerevisiae. It comprises a Cep3 homodimer, in which the binuclear zinc cluster domains are truncated, full length heterodimer of Skp1 and Ctf13, and a monomeric construct Ndc10 comprising domains 1-2.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.286 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / プラスミド: modified pRS424 and pRS426
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1200 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
215 mMTris base1
32 mMDTT1
試料濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The sample is homogeneous and well-dispersed on grids.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（補正後）: 47170 X / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2003
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
3EPU1.9.1画像取得Data collection
5CTFFIND4CTF補正CTF parameters were estimated using CTFFIND4
8UCSF Chimera1.8.1モデルフィッティング
13RELION2初期オイラー角割当
15RELION2最終オイラー角割当
17RELION2分類
19RELION2３次元再構成
画像処理詳細: The selected images were high-pass filtered and normalized.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 214608
詳細: Number of particles after selection by 2D classification
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 56509 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築詳細: "Fit in map" function used to place 6FE8 and 4ACO with out further refinement or model building

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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