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- PDB-6gk2: Helical reconstruction of BCL10 CARD and MALT1 DEATH DOMAIN complex -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 6gk2
タイトルHelical reconstruction of BCL10 CARD and MALT1 DEATH DOMAIN complex
構成要素
  • B-cell lymphoma/leukemia 10
  • Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / BCL10 / MALT1 / CBM complex / helical reconstruction / cancer (悪性腫瘍) / autoimmune disease
機能・相同性Downstream TCR signaling / B-cell lymphoma/leukemia 10/E10 / FCERI mediated NF-kB activation / Peptidase C14, p20 domain / CARD domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin-like domain / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Death-like domain superfamily / CLEC7A/inflammasome pathway ...Downstream TCR signaling / B-cell lymphoma/leukemia 10/E10 / FCERI mediated NF-kB activation / Peptidase C14, p20 domain / CARD domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin-like domain / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Death-like domain superfamily / CLEC7A/inflammasome pathway / Immunoglobulin-like fold / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Caspase-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / Immunoglobulin-like domain superfamily / MALT1, death domain / Caspase recruitment domain / 免疫グロブリンフォールド / Caspase family p20 domain profile. / CARD caspase recruitment domain profile. / Activation of NF-kappaB in B cells / Ig-like domain profile. / positive regulation of mast cell cytokine production / interleukin-6 biosynthetic process / lymphotoxin A biosynthetic process / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / T cell apoptotic process / protein kinase B binding / 核外搬出シグナル / response to fungus / B cell apoptotic process / CARD domain binding / positive regulation of interleukin-8 biosynthetic process / response to food / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of T cell activation / negative regulation of mature B cell apoptotic process / positive regulation of kinase activity / cell death / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / immunoglobulin mediated immune response / B cell activation / 免疫シナプス / T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / NF-kappaB binding / cytoplasmic microtubule / toll-like receptor signaling pathway / cellular defense response / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / positive regulation of protein ubiquitination / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Hydrolases, Acting on peptide bonds (peptidases), Cysteine endopeptidases / neural tube closure / positive regulation of phosphorylation / 核小体 / defense response / I-kappaB kinase/NF-kappaB signaling / kinase binding / Fc-epsilon receptor signaling pathway / protein self-association / protein heterooligomerization / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / response to molecule of bacterial origin / positive regulation of T cell cytokine production / ubiquitin-protein transferase activity / cellular response to mechanical stimulus / adaptive immune response / T cell receptor signaling pathway / protein complex oligomerization / peptidase activity / regulation of apoptotic process / protein homooligomerization / positive regulation of I-kappaB kinase/NF-kappaB signaling / リソソーム / transcription coactivator activity / protein C-terminus binding / cysteine-type endopeptidase activity / protein ubiquitination / protease binding / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / 脂質ラフト / positive regulation of apoptotic process / transcription factor binding / 核小体 / タンパク質分解 / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of transcription, DNA-templated / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / protein-containing complex / identical protein binding / 細胞核
機能・相同性情報
試料の由来Homo sapiens (ヒト)
実験手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 4.9 Å 分解能
データ登録者Schlauderer, F. / Desfosses, A. / Gutsche, I. / Hopfner, K.P. / Lammens, K.
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2018
タイトル: Molecular architecture and regulation of BCL10-MALT1 filaments.
著者: Florian Schlauderer / Thomas Seeholzer / Ambroise Desfosses / Torben Gehring / Mike Strauss / Karl-Peter Hopfner / Irina Gutsche / Daniel Krappmann / Katja Lammens
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2018年5月18日 / 公開: 2018年10月31日

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-0013
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0013
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: B-cell lymphoma/leukemia 10
F: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0162
ポリマ-23,0162
非ポリマ-00
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area (Å2)1220
ΔGint (kcal/M)-2
Surface area (Å2)12980
実験手法PISA

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構成要素

#1: タンパク質・ペプチド B-cell lymphoma/leukemia 10 / B-cell CLL/lymphoma 10 / Bcl-10 / CARD-containing molecule enhancing NF-kappa-B / CARD-like apoptotic protein / hCLAP / CED-3/ICH-1 prodomain homologous E10-like regulator / CIPER / Cellular homolog of vCARMEN / cCARMEN / Cellular-E10 / c-E10 / Mammalian CARD-containing adapter molecule E10 / mE10


分子量: 12614.566 Da / 分子数: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL10, CIPER, CLAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95999
#2: タンパク質・ペプチド Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT lymphoma-associated translocation / Paracaspase


分子量: 10401.128 Da / 分子数: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MALT1, MLT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UDY8, Hydrolases, Acting on peptide bonds (peptidases), Cysteine endopeptidases

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実験情報

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実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of BCL10 CARD and MALT1 DEATH DOMAIN / タイプ: COMPLEX / Entity ID: 1, 2 / 由来: RECOMBINANT
分子量: 104 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 99.6 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1SPRING0.86particle selection
4CTFFIND3CTF correction
7Cootmodel fitting
12SPRING0.863D reconstruction
13PHENIXmodel refinement
CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: -100.8 deg. / 軸方向距離/サブユニット: 5.082 Å / 回転・らせん対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 25776
3次元再構成分解能: 4.9 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9600 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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