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- PDB-6gjq: human NBD1 of CFTR in complex with nanobody T27 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gjq
タイトルhuman NBD1 of CFTR in complex with nanobody T27
要素
  • Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子
  • Nanobody T27
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Cystic Fibrosis (嚢胞性線維症) / CFTR (嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子) / nanobodies (ナノボディ) / thermal stabilization / conformational dynamics
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of voltage-gated chloride channel activity / positive regulation of cyclic nucleotide-gated ion channel activity / Sec61 translocon complex binding / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / positive regulation of enamel mineralization / transepithelial water transport / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / intracellular pH elevation / ATPase-coupled inorganic anion transmembrane transporter activity ...positive regulation of voltage-gated chloride channel activity / positive regulation of cyclic nucleotide-gated ion channel activity / Sec61 translocon complex binding / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / positive regulation of enamel mineralization / transepithelial water transport / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / intracellular pH elevation / ATPase-coupled inorganic anion transmembrane transporter activity / amelogenesis / chloride channel inhibitor activity / Golgi-associated vesicle membrane / multicellular organismal-level water homeostasis / vesicle docking involved in exocytosis / cholesterol transport / membrane hyperpolarization / bicarbonate transmembrane transporter activity / bicarbonate transport / chloride channel regulator activity / chloride transmembrane transporter activity / sperm capacitation / chloride channel activity / cholesterol biosynthetic process / RHOQ GTPase cycle / positive regulation of exocytosis / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / chloride channel complex / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / cellular response to forskolin / cellular response to cAMP / isomerase activity / chloride transmembrane transport / response to endoplasmic reticulum stress / PDZ domain binding / establishment of localization in cell / Defective CFTR causes cystic fibrosis / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Late endosomal microautophagy / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / recycling endosome / Aggrephagy / Chaperone Mediated Autophagy / recycling endosome membrane / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / protein-folding chaperone binding / early endosome membrane / エンドソーム / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / apical plasma membrane / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / 細胞膜 / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / CFTR regulator domain / Cystic fibrosis TM conductance regulator (CFTR), regulator domain / 嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子 / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. ...: / CFTR regulator domain / Cystic fibrosis TM conductance regulator (CFTR), regulator domain / 嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子 / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子 / 嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Sigoillot, M. / Overtus, M. / Grodecka, M. / Scholl, D. / Garcia-Pino, A. / Laeremans, T. / He, L. / Pardon, E. / Hildebrandt, E. / Urbatsch, I. ...Sigoillot, M. / Overtus, M. / Grodecka, M. / Scholl, D. / Garcia-Pino, A. / Laeremans, T. / He, L. / Pardon, E. / Hildebrandt, E. / Urbatsch, I. / Steyaert, J. / Riordan, J.R. / Govaerts, C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Domain-interface dynamics of CFTR revealed by stabilizing nanobodies.
著者: Sigoillot, M. / Overtus, M. / Grodecka, M. / Scholl, D. / Garcia-Pino, A. / Laeremans, T. / He, L. / Pardon, E. / Hildebrandt, E. / Urbatsch, I. / Steyaert, J. / Riordan, J.R. / Govaerts, C.
履歴
登録2018年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
B: Nanobody T27
C: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
D: Nanobody T27
E: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
F: Nanobody T27
G: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
H: Nanobody T27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,54812
ポリマ－180,5208
非ポリマー2,0294
水8,089449
1
A: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
B: Nanobody T27
E: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
F: Nanobody T27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,2746
ポリマ－90,2604
非ポリマー1,0142
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6870 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area27320 Å2
手法PISA
2
C: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
D: Nanobody T27
ヘテロ分子

G: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
H: Nanobody T27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,2746
ポリマ－90,2604
非ポリマー1,0142
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x+1/2,-y,z-1/21
Buried area6850 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area27300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.490, 118.150, 180.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / 嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子 / ATP-binding cassette sub-family C member 7 / Channel conductance-controlling ATPase / cAMP- ...ATP-binding cassette sub-family C member 7 / Channel conductance-controlling ATPase / cAMP-dependent chloride channel


分子量: 29218.408 Da / 分子数: 4 / 変異: S492P, A534P, I539T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFTR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q20BJ8, UniProt: P13569*PLUS, EC: 3.6.3.49
#2: 抗体
Nanobody T27


分子量: 15911.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→49.4 Å / Num. obs: 48671 / % possible obs: 99.18 % / 冗長度: 9.15 % / Biso Wilson estimate: 70.66 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1819 / Rrim(I) all: 0.193 / Net I/σ(I): 10.35
反射 シェル解像度: 2.49→2.56 Å / Rmerge(I) obs: 0.64 / CC1/2: 0.467 / Rrim(I) all: 1.741

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.49→47.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9337 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9073 / SU R Cruickshank DPI: 0.544 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.61 / SU Rfree Blow DPI: 0.272 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.271
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2396 2433 5 %RANDOM
Rwork0.1985 ---
obs0.2005 48669 99.18 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5126 Å20 Å20 Å2
2---3.7887 Å20 Å2
3---3.2761 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.315 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.49→47.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9511 0 124 453 10088
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019819HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2413284HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3412SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes221HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1477HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9819HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.37
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.3
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1271SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10854SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 157 5 %
Rwork0.2422 2984 -
all0.2459 3141 -
obs--99.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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