+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6giq | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Saccharomyces cerevisiae respiratory supercomplex III2IV | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / Respiratory chain (電子伝達系) / supercomplex / bc1 complex / cytochrome c oxidase (シトクロムcオキシダーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / Respiratory electron transport / mitochondrial respirasome assembly / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / mitochondrial respiratory chain complex III / mitochondrial respiratory chain complex IV / シトクロムcオキシダーゼ / quinol-cytochrome-c reductase ...mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / Respiratory electron transport / mitochondrial respirasome assembly / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / mitochondrial respiratory chain complex III / mitochondrial respiratory chain complex IV / シトクロムcオキシダーゼ / quinol-cytochrome-c reductase / 細胞呼吸 / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / electron transport coupled proton transport / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / 細胞呼吸 / proton transmembrane transport / nuclear periphery / ミトコンドリア / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metalloendopeptidase activity / ミトコンドリア内膜 / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / ミトコンドリア / タンパク質分解 / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å | ||||||
データ登録者 | Rathore, S. / Berndtsson, J. / Conrad, J. / Ott, M. | ||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structure of the yeast respiratory supercomplex. 著者: Sorbhi Rathore / Jens Berndtsson / Lorena Marin-Buera / Julian Conrad / Marta Carroni / Peter Brzezinski / Martin Ott / 要旨: Respiratory chain complexes execute energy conversion by connecting electron transport with proton translocation over the inner mitochondrial membrane to fuel ATP synthesis. Notably, these complexes ...Respiratory chain complexes execute energy conversion by connecting electron transport with proton translocation over the inner mitochondrial membrane to fuel ATP synthesis. Notably, these complexes form multi-enzyme assemblies known as respiratory supercomplexes. Here we used single-particle cryo-EM to determine the structures of the yeast mitochondrial respiratory supercomplexes IIIIV and IIIIV, at 3.2-Å and 3.5-Å resolutions, respectively. We revealed the overall architecture of the supercomplex, which deviates from the previously determined assemblies in mammals; obtained a near-atomic structure of the yeast complex IV; and identified the protein-protein and protein-lipid interactions implicated in supercomplex formation. Take together, our results demonstrate convergent evolution of supercomplexes in mitochondria that, while building similar assemblies, results in substantially different arrangements and structural solutions to support energy conversion. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6giq.cif.gz | 980.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6giq.ent.gz | 816 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6giq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/6giq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/6giq | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 8種, 16分子 ALBMEPFQGRHSITUV
#1: タンパク質 | 分子量: 50282.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 参照: UniProt: P07256 #2: タンパク質 | 分子量: 40528.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 参照: UniProt: P07257 #5: タンパク質 | 分子量: 23393.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 参照: UniProt: P08067, quinol-cytochrome-c reductase #6: タンパク質 | 分子量: 17276.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 参照: UniProt: P00127 #7: タンパク質 | 分子量: 14583.755 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 参照: UniProt: P00128 #8: タンパク質 | 分子量: 10987.511 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 参照: UniProt: P08525 #9: タンパク質 | 分子量: 7485.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 参照: UniProt: P22289 #10: タンパク質 | 分子量: 8602.913 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 参照: UniProt: P37299 |
---|
-タンパク質 , 2種, 4分子 CNDO
#3: タンパク質 | 分子量: 43686.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 参照: UniProt: P00163 #4: タンパク質 | 分子量: 34097.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 参照: UniProt: P07143 |
---|
-Cytochrome c oxidase subunit ... , 9種, 9分子 abcdfgijk
#11: タンパク質 | 分子量: 58832.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 参照: UniProt: P00401, シトクロムcオキシダーゼ |
---|---|
#12: タンパク質 | 分子量: 28585.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 参照: UniProt: P00410, シトクロムcオキシダーゼ |
#13: タンパク質 | 分子量: 30383.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 参照: UniProt: P00420, シトクロムcオキシダーゼ |
#14: タンパク質 | 分子量: 17164.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 参照: UniProt: P04037, シトクロムcオキシダーゼ |
#16: タンパク質 | 分子量: 17366.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 参照: UniProt: P00427, シトクロムcオキシダーゼ |
#17: タンパク質 | 分子量: 6942.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 参照: UniProt: P10174, シトクロムcオキシダーゼ |
#19: タンパク質 | 分子量: 6974.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 参照: UniProt: P07255, シトクロムcオキシダーゼ |
#20: タンパク質 | 分子量: 9799.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 参照: UniProt: Q01519, シトクロムcオキシダーゼ |
#21: タンパク質 | 分子量: 15046.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 参照: UniProt: P32799, シトクロムcオキシダーゼ |
-Cytochrome c oxidase polypeptide ... , 2種, 2分子 eh
#15: タンパク質 | 分子量: 17161.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 参照: UniProt: P00424, シトクロムcオキシダーゼ |
---|---|
#18: タンパク質 | 分子量: 8921.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 参照: UniProt: P04039, シトクロムcオキシダーゼ |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 m
#22: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2656.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) |
---|
-非ポリマー , 13種, 26分子
#23: 化合物 | #24: 化合物 | ChemComp-HEM / #25: 化合物 | #26: 化合物 | ChemComp-CN5 / ( | #27: 化合物 | #28: 化合物 | #29: 化合物 | #30: 化合物 | #31: 化合物 | #32: 化合物 | ChemComp-CN3 / ( | #33: 化合物 | ChemComp-CU / | #34: 化合物 | #35: 化合物 | ChemComp-CUA / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 203271 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Cross-Correlation coefficient |