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- PDB-6g72: Mouse mitochondrial complex I in the deactive state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g72
タイトルMouse mitochondrial complex I in the deactive state
要素
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ...) x 12
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ...) x 11
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ...) x 3
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ...) x 7
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 7
  • Acyl carrier protein, mitochondrial
  • NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Complex I (NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)) / mitochondria (ミトコンドリア) / proton pump (プロトンポンプ) / membrane protein (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


response to injury involved in regulation of muscle adaptation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Complex I biogenesis / reproductive system development / Mitochondrial protein import / Respiratory electron transport / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / RHOG GTPase cycle / respiratory system process / protein insertion into mitochondrial inner membrane ...response to injury involved in regulation of muscle adaptation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Complex I biogenesis / reproductive system development / Mitochondrial protein import / Respiratory electron transport / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / RHOG GTPase cycle / respiratory system process / protein insertion into mitochondrial inner membrane / : / response to light intensity / blastocyst hatching / circulatory system development / ubiquinone-6 biosynthetic process / cellular response to oxygen levels / iron-sulfur cluster assembly complex / psychomotor behavior / mitochondrial large ribosomal subunit binding / gliogenesis / neural precursor cell proliferation / [2Fe-2S] cluster assembly / mitochondrial respirasome / NADH dehydrogenase activity / cardiac muscle tissue development / oxygen sensor activity / respiratory chain complex I / 細胞呼吸 / adult walking behavior / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / ubiquinone binding / cellular response to glucocorticoid stimulus / positive regulation of mitochondrial membrane potential / acyl binding / response to hydroperoxide / mitochondrial ribosome / electron transport coupled proton transport / iron-sulfur cluster assembly / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / acyl carrier activity / mitochondrial translation / adult behavior / dopamine metabolic process / NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / positive regulation of ATP biosynthetic process / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / mitochondrial respiratory chain complex I / apoptotic mitochondrial changes / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / 電子伝達系 / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / neuron development / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / cellular response to interferon-beta / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / 細胞呼吸 / ATP metabolic process / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway / response to cAMP / response to organonitrogen compound / クエン酸回路 / ionotropic glutamate receptor binding / reactive oxygen species metabolic process / 視覚 / respiratory electron transport chain / Neutrophil degranulation / cerebellum development / 神経発生 / response to hormone / fatty acid metabolic process / response to cocaine / regulation of mitochondrial membrane potential / response to nicotine / muscle contraction / synaptic membrane / kidney development / apoptotic signaling pathway / ミトコンドリア / sensory perception of sound / regulation of protein phosphorylation / brain development / multicellular organism growth / response to hydrogen peroxide / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / negative regulation of cell growth / response to organic cyclic compound / 認識 / 概日リズム / positive regulation of protein catabolic process / NAD binding / positive regulation of fibroblast proliferation / FMN binding / 髄鞘 / nervous system development / 4 iron, 4 sulfur cluster binding
類似検索 - 分子機能
NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / Rossmann fold - #12280 / Helix Hairpins - #3510 / Ubiquitin-like (UB roll) - #600 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit / NmrA-like domain / NmrA-like family / de novo design (two linked rop proteins) / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B ...NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / Rossmann fold - #12280 / Helix Hairpins - #3510 / Ubiquitin-like (UB roll) - #600 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit / NmrA-like domain / NmrA-like family / de novo design (two linked rop proteins) / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / Complex1_LYR-like / NADH-ubiquinone oxidoreductase 1 subunit C1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase flavoprotein 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, metazoa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, animal type / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a (Complex I-B14.5a) / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase 1 alpha subcomplex subunit 3 / SLBB domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2, NDUC2 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NDUFB4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit b14.5b (NDUFC2) / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit (NDUFB4) / NADH dehydrogenase 1, beta subcomplex, subunit 6 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB6/B17 subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase chain 4, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4, amino terminus / NADH dehydrogenase subunit 2 C-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / GRIM-19 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NDUFA6, LYR domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NDUFB9, LYR domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / Deoxynucleoside kinase domain / デオキシヌクレオシドキナーゼ / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / Complex 1 LYR protein domain / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-EHZ / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / フラビンモノヌクレオチド / Chem-NDP / 鉄・硫黄クラスター / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-EHZ / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / フラビンモノヌクレオチド / Chem-NDP / 鉄・硫黄クラスター / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / Acyl carrier protein, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Agip, A.N.A. / Blaza, J.N. / Bridges, H.R. / Viscomi, C. / Rawson, S. / Muench, S.P. / Hirst, J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105663141 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UU_00015/2 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UU_00015/5 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structures of complex I from mouse heart mitochondria in two biochemically defined states.
著者: Ahmed-Noor A Agip / James N Blaza / Hannah R Bridges / Carlo Viscomi / Shaun Rawson / Stephen P Muench / Judy Hirst /
要旨: Complex I (NADH:ubiquinone oxidoreductase) uses the reducing potential of NADH to drive protons across the energy-transducing inner membrane and power oxidative phosphorylation in mammalian ...Complex I (NADH:ubiquinone oxidoreductase) uses the reducing potential of NADH to drive protons across the energy-transducing inner membrane and power oxidative phosphorylation in mammalian mitochondria. Recent cryo-EM analyses have produced near-complete models of all 45 subunits in the bovine, ovine and porcine complexes and have identified two states relevant to complex I in ischemia-reperfusion injury. Here, we describe the 3.3-Å structure of complex I from mouse heart mitochondria, a biomedically relevant model system, in the 'active' state. We reveal a nucleotide bound in subunit NDUFA10, a nucleoside kinase homolog, and define mechanistically critical elements in the mammalian enzyme. By comparisons with a 3.9-Å structure of the 'deactive' state and with known bacterial structures, we identify differences in helical geometry in the membrane domain that occur upon activation or that alter the positions of catalytically important charged residues. Our results demonstrate the capability of cryo-EM analyses to challenge and develop mechanistic models for mammalian complex I.
履歴
登録2018年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32018年10月3日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: em_sample_support / Item: _em_sample_support.grid_type
改定 1.42019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4356
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
B: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
C: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial
D: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial
E: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
F: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
G: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
H: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
I: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
J: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
K: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
L: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
M: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
N: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
O: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
P: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
Q: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
R: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
S: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
T: Acyl carrier protein, mitochondrial
U: Acyl carrier protein, mitochondrial
V: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
W: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
X: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
Y: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
Z: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
a: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
b: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
c: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial
d: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
e: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
f: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
g: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
h: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
i: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
j: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial
k: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
l: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
m: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
n: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
o: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
p: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
q: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
r: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
s: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,052,14559
ポリマ－1,046,82045
非ポリマー5,32514
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 AHJKLMN

#1: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH dehydrogenase subunit 3


分子量: 13251.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓
参照: UniProt: P03899, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#8: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase subunit 1


分子量: 36105.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓
参照: UniProt: P03888, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#10: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase subunit 6


分子量: 18656.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓
参照: UniProt: P03925, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#11: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH dehydrogenase subunit 4L


分子量: 10637.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓
参照: UniProt: P03903, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#12: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH dehydrogenase subunit 5


分子量: 68547.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓
参照: UniProt: P03921, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#13: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH dehydrogenase subunit 4


分子量: 51943.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓
参照: UniProt: P03911, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#14: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 38800.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓
参照: UniProt: P03893, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 7種, 7分子 BCDIQRe

#2: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / Complex I-20kD / CI-20kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit


分子量: 24715.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓
参照: UniProt: Q9DC70, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型), NADHデヒドロゲナーゼ
#3: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / Complex I-30kD / CI-30kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 30 kDa subunit


分子量: 30191.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓
参照: UniProt: Q9DCT2, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型), NADHデヒドロゲナーゼ
#4: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / Complex I-49kD / CI-49kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 49 kDa subunit


分子量: 52720.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓
参照: UniProt: Q91WD5, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型), NADHデヒドロゲナーゼ
#9: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / Complex I-23kD / CI-23kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 23 kDa subunit


分子量: 24068.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓
参照: UniProt: Q8K3J1, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型), NADHデヒドロゲナーゼ
#17: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / Complex I-18 kDa / CI-18 kDa / Complex I-AQDQ / CI-AQDQ / NADH-ubiquinone oxidoreductase 18 kDa subunit


分子量: 19814.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q9CXZ1
#18: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Complex I-13kD-A / CI-13kD-A / NADH-ubiquinone oxidoreductase 13 kDa-A subunit


分子量: 13041.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: P52503
#30: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / Complex I-15 kDa / CI-15 kDa / NADH-ubiquinone oxidoreductase 15 kDa subunit


分子量: 12675.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q99LY9

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NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 3種, 3分子 EFs

#5: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit


分子量: 27318.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓
参照: UniProt: Q9D6J6, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型), NADHデヒドロゲナーゼ
#6: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / Complex I-51kD / CI-51kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51 kDa subunit


分子量: 50904.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓
参照: UniProt: Q91YT0, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型), NADHデヒドロゲナーゼ
#44: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / Complex I-9kD / CI-9kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9 kDa subunit


分子量: 11833.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q8BK30

-
タンパク質 , 2種, 3分子 GTU

#7: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / Complex I-75kD / CI-75kD


分子量: 79866.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓
参照: UniProt: Q91VD9, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型), NADHデヒドロゲナーゼ
#20: タンパク質 Acyl carrier protein, mitochondrial / ACP / CI-SDAP / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.6 kDa subunit


分子量: 17390.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q9CR21

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 12種, 12分子 OPSVWXYZabqr

#15: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / Complex I-42kD / CI-42kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 42 kDa subunit


分子量: 40657.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q99LC3
#16: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / Complex I-39kD / CI-39kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 39 kDa subunit


分子量: 42588.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q9DC69
#19: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / Complex I-B8 / CI-B8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B8 subunit


分子量: 10932.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q9CQ75
#21: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / Complex I subunit B13 / Complex I-13kD-B / CI-13kD-B / NADH-ubiquinone oxidoreductase 13 kDa-B subunit


分子量: 13380.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q9CPP6
#22: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / Complex I-B14 / CI-B14 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B14 subunit


分子量: 15311.858 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q9CQZ5
#23: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / Complex I-19kD / CI-19kD / Complex I-PGIV / CI-PGIV / NADH-ubiquinone oxidoreductase 19 kDa subunit


分子量: 20025.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q9DCJ5
#24: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11


分子量: 15130.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: G5E814
#25: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / Cell death regulatory protein GRIM-19 / Complex I-B16.6 / CI-B16.6 / Gene associated with retinoic ...Cell death regulatory protein GRIM-19 / Complex I-B16.6 / CI-B16.6 / Gene associated with retinoic and interferon-induced mortality 19 protein / Gene associated with retinoic and IFN-induced mortality 19 protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase B16.6 subunit


分子量: 16881.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q9ERS2
#26: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / Complex I-MWFE / CI-MWFE / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit


分子量: 8149.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: O35683
#27: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / Complex I-B9 / CI-B9 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B9 subunit


分子量: 9380.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q9CQ91
#42: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / Complex I-B17.2 / CIB17.2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B17.2


分子量: 17154.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q7TMF3
#43: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / Complex I-B14.5a / CI-B14.5a / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a


分子量: 12637.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q9Z1P6

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ... , 2種, 2分子 cd

#28: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / Complex I-KFYI / CI-KFYI / NADH-ubiquinone oxidoreductase KFYI subunit


分子量: 8636.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q9CQY9
#29: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / Complex I-B14.5b / CI-B14.5b / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5b


分子量: 14185.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q9CQ54

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ... , 11種, 11分子 fghijklmnop

#31: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / Complex I-MNLL / CI-MNLL / NADH-ubiquinone oxidoreductase MNLL subunit


分子量: 6965.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: P0DN34
#32: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / Complex I-ESSS / CI-ESSS / NADH-ubiquinone oxidoreductase ESSS subunit / Neuronal protein 15.6 / p15.6


分子量: 17463.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: O09111
#33: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / Complex I-SGDH / CI-SGDH / NADH-ubiquinone oxidoreductase SGDH subunit


分子量: 21742.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q9CQH3
#34: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / Complex I-B17 / CI-B17 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B17 subunit


分子量: 15582.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q3UIU2
#35: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / Complex I-AGGG / CI-AGGG / NADH-ubiquinone oxidoreductase AGGG subunit


分子量: 11982.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q9CPU2
#36: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / Complex I-B12 / CI-B12 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit


分子量: 11714.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q9CQZ6
#37: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / Complex I-ASHI / CI-ASHI / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit


分子量: 21903.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q9D6J5
#38: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / Complex I-B15 / CI-B15 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit


分子量: 15105.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q9CQC7
#39: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / Complex I-B22 / CI-B22 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B22 subunit


分子量: 22020.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q9CQJ8
#40: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / Complex I-B18 / CI-B18 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit


分子量: 16360.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q9CR61
#41: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / Complex I-PDSW / CI-PDSW / NADH-ubiquinone oxidoreductase PDSW subunit


分子量: 21054.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: Q9DCS9

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非ポリマー , 7種, 14分子

#45: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#46: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#47: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#48: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#49: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#50: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#51: 化合物 ChemComp-EHZ / ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (3~{S})-3-oxidanyltetradecanethioate


分子量: 584.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49N2O9PS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mitochondrial complex I from mouse in the deactive stateNADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
タイプ: COMPLEX
詳細: Placed in the deactive state by heating to 37degC for 30 mins before isolation
Entity ID: #1-#44 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.0 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6 / 器官: Heart
緩衝液pH: 7.14
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMSodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
220 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
30.05 %DDM1
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Peak fraction from a gel filtration column- monodisperse and not concentrated. The complex was put into the deactive state by heating at 37degC for 30 mins before isolation in detergent.
試料支持詳細: Gold was PEGylated prior to use in anaerobic ethanol in 5mM SPT-11P6 (Sensopath Technologies) for two days 0.6/1 holes
グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil UltrAuFoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 8-16s blotting.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（補正後）: 37600 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 15 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU1.9画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7Coot0.8.9.1モデルフィッティング
9RELION2.1初期オイラー角割当patch b1
10RELION2.1最終オイラー角割当patch b1
11RELION2.1分類patch b1
12RELION2.1３次元再構成patch b1
13PHENIX1.13モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 40131 / 詳細: Manually picked
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17066 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: Used default paramteres in phenix.real_space_refine

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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