+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6g4j | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the protein kinase YabT from Bacillus subtilis in complex with an alphaREP crystallization helper | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Bacterial Hanks-type protein kinase / complex with an artificial binder / SIGNALING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein serine/threonine kinase activity => GO:0004674 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.599 Å | ||||||
データ登録者 | Nessler, S. / Cavagnino, A. / Rabefiraisana, J.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2018 タイトル: Structural Analysis of the Hanks-Type Protein Kinase YabT FromBacillus subtilisProvides New Insights in its DNA-Dependent Activation. 著者: Shi, L. / Cavagnino, A. / Rabefiraisana, J.L. / Lazar, N. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Ochsenbein, F. / Valerio-Lepiniec, M. / Urvoas, A. / Minard, P. / Mijakovic, I. / Nessler, S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6g4j.cif.gz | 92.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6g4j.ent.gz | 71.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6g4j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/6g4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/6g4j | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35023.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The C-terminal transmembrane helix of YabT (residues 316-338) has been deleted. The juxtamembrane region (residues 274-315) is disordered. 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: yabT, BSU00660 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: P37562, non-specific serine/threonine protein kinase |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 15864.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The N-terminal His-tag and the C-terminal linker are disordered. 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.03 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 8000, Hepes, |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.599→50 Å / Num. all: 203500 / Num. obs: 56285 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.6 % / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 14.11 |
反射 シェル | 解像度: 1.599→1.7 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. unique obs: 8958 / % possible all: 98.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.599→40.513 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.18
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97.28 Å2 / Biso mean: 32.7074 Å2 / Biso min: 15.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.599→40.513 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|