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- PDB-6fyy: Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fyy
タイトルStructure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C2)
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 17
  • (Eukaryotic translation initiation factor ...) x 9
  • 18S ribosomal RNA
  • 60S ribosomal protein L41-Aリボソーム
  • KLLA0A07194p
  • KLLA0A10483p
  • KLLA0B01474p
  • KLLA0B01562p
  • KLLA0B06182p
  • KLLA0B08173p
  • KLLA0B11231p
  • KLLA0D08305p
  • KLLA0D10659p
  • KLLA0E12277p
  • KLLA0E23673p
  • KLLA0F07843p
  • KLLA0F09812p
  • KLLA0F18040p
  • KLLA0F25542p
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
  • eIF3c,Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
  • mRNA (31-MER)
  • tRNAi
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / translation (翻訳 (生物学)) / initiation factors / 40S / eIF1A / eIF3 (EIF3) / eIF2 / eIF5 / tRNAi / 48S PIC / small ribosome subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


formation of translation initiation ternary complex / eukaryotic initiation factor eIF2 binding / Recycling of eIF2:GDP / ABC-family proteins mediated transport / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / methionyl-initiator methionine tRNA binding / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / incipient cellular bud site ...formation of translation initiation ternary complex / eukaryotic initiation factor eIF2 binding / Recycling of eIF2:GDP / ABC-family proteins mediated transport / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / methionyl-initiator methionine tRNA binding / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / incipient cellular bud site / multi-eIF complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / cytoplasmic translational initiation / protein-synthesizing GTPase / formation of translation preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / positive regulation of translational fidelity / GDP-dissociation inhibitor activity / regulation of translational initiation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / Formation of a pool of free 40S subunits / ribosomal small subunit binding / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation regulator activity / translation initiation factor binding / negative regulation of translational initiation / translational initiation / translation initiation factor activity / GTPase activator activity / cytosolic ribosome / cytosolic ribosome assembly / ribosomal small subunit assembly / rRNA processing / cytoplasmic stress granule / cytosolic small ribosomal subunit / ribosome binding / double-stranded RNA binding / cytoplasmic translation / small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / protein kinase binding / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G, N-terminal / eIF3G, RNA recognition motif / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3B, RNA recognition motif / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus ...Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G, N-terminal / eIF3G, RNA recognition motif / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3B, RNA recognition motif / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus / Translation initiation factor, beta propellor-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor eIF2A / Translation initiation factor IF2/IF5 / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / IF2a, S1-like domain / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / : / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S12e / : / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S26e signature. / S1 domain profile. / Ribosomal protein S17e, conserved site / : / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e, conserved site / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S28e conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / メチオニン / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / KLLA0B11231p ...PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / メチオニン / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / KLLA0B11231p / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta / Small ribosomal subunit protein eS32A / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / Small ribosomal subunit protein uS11 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Small ribosomal subunit protein eS28 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 5 / Eukaryotic translation initiation factor 1A / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / KLLA0F25542p / KLLA0F18040p / KLLA0F09812p / KLLA0F07843p / 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS6 / KLLA0E23673p / 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS2 / KLLA0E12277p / 40S ribosomal protein S27 / Small ribosomal subunit protein uS14 / KLLA0D10659p / 40S ribosomal protein S3 / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S30 / KLLA0B08173p / Small ribosomal subunit protein uS8 / 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S4 / KLLA0B01562p / KLLA0B01474p / KLLA0A10483p / KLLA0A07194p / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein uS9
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Kluyveromyces lactis (酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Llacer, J.L. / Hussain, T. / Gordiyenko, Y. / Ramakrishnan, V.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105184332 英国
Wellcome TrustWT096570 英国
FEBS 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Translational initiation factor eIF5 replaces eIF1 on the 40S ribosomal subunit to promote start-codon recognition.
著者: Jose Luis Llácer / Tanweer Hussain / Adesh K Saini / Jagpreet Singh Nanda / Sukhvir Kaur / Yuliya Gordiyenko / Rakesh Kumar / Alan G Hinnebusch / Jon R Lorsch / V Ramakrishnan /
要旨: In eukaryotic translation initiation, AUG recognition of the mRNA requires accommodation of Met-tRNA in a 'P' state, which is antagonized by the factor eIF1. eIF5 is a GTPase activating protein (GAP) ...In eukaryotic translation initiation, AUG recognition of the mRNA requires accommodation of Met-tRNA in a 'P' state, which is antagonized by the factor eIF1. eIF5 is a GTPase activating protein (GAP) of eIF2 that additionally promotes stringent AUG selection, but the molecular basis of its dual function was unknown. We present a cryo-electron microscopy (cryo-EM) reconstruction of a yeast 48S pre-initiation complex (PIC), at an overall resolution of 3.0 Å, featuring the N-terminal domain (NTD) of eIF5 bound to the 40S subunit at the location vacated by eIF1. eIF5 interacts with and allows a more accommodated orientation of Met-tRNA. Substitutions of eIF5 residues involved in the eIF5-NTD/tRNA interaction influenced initiation at near-cognate UUG codons and the closed/open PIC conformation in vitro, consistent with direct stabilization of the codon:anticodon duplex by the wild-type eIF5-NTD. The present structure reveals the basis for a key role of eIF5 in start-codon selection.
履歴
登録2018年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_admin / pdbx_data_processing_status ...em_admin / pdbx_data_processing_status / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22019年7月31日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine
改定 1.32019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.42024年4月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4328
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: tRNAi
2: 18S ribosomal RNA
3: mRNA (31-MER)
A: 40S ribosomal protein S0
B: 40S ribosomal protein S1
C: KLLA0F09812p
D: KLLA0D08305p
E: 40S ribosomal protein S4
F: KLLA0D10659p
G: 40S ribosomal protein S6
H: 40S ribosomal protein S7
I: 40S ribosomal protein S8
J: KLLA0E23673p
K: KLLA0B08173p
L: KLLA0A10483p
M: 40S ribosomal protein S12
N: KLLA0F18040p
O: 40S ribosomal protein S14
P: KLLA0F07843p
Q: 40S ribosomal protein S16
R: KLLA0B01474p
S: KLLA0B01562p
T: KLLA0A07194p
U: KLLA0F25542p
V: 40S ribosomal protein S21
W: 40S ribosomal protein S22
X: KLLA0B11231p
Y: 40S ribosomal protein S24
Z: KLLA0B06182p
a: 40S ribosomal protein S26
b: 40S ribosomal protein S27
c: 40S ribosomal protein S28
d: 40S ribosomal protein S29
e: 40S ribosomal protein S30
f: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
g: KLLA0E12277p
h: 60S ribosomal protein L41-A
i: Eukaryotic translation initiation factor 1A
j: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha
k: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma
l: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta
m: Eukaryotic translation initiation factor 5
o: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A
p: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B
q: eIF3c,Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
r: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G
s: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,762,414171
ポリマ－1,758,57347
非ポリマー3,841124
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area276650 Å2
ΔGint-2952 kcal/mol
Surface area528760 Å2
手法PISA

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 123

#1: RNA鎖 tRNAi


分子量: 24799.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#2: RNA鎖 18S ribosomal RNA /


分子量: 579454.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: GenBank: 49642208
#3: RNA鎖 mRNA (31-MER)


分子量: 15344.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
40S ribosomal protein ... , 17種, 17分子 ABEGHIMOQVWYabcde

#4: タンパク質 40S ribosomal protein S0 /


分子量: 28264.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CN12
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S1 /


分子量: 29013.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CWD0
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S4 /


分子量: 29617.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CWJ2
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S6 /


分子量: 26970.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CM04
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S7 /


分子量: 21735.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CTD6
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S8 /


分子量: 22642.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CMG3
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S12 /


分子量: 14466.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CLU4
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S14 / / RP59


分子量: 14530.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: P27069
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S16 /


分子量: 15874.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q875N2
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S21 /


分子量: 9797.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CXT6
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S22 /


分子量: 14645.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CW21
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S24 /


分子量: 15194.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CU44
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S26 /


分子量: 13539.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CS01
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S27 /


分子量: 8884.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CNL2
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S28 / / S33


分子量: 7549.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: P33285
#33: タンパク質 40S ribosomal protein S29 /


分子量: 6662.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CPG3
#34: タンパク質 40S ribosomal protein S30 /


分子量: 7141.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CUH5

-
タンパク質 , 17種, 17分子 CDFJKLNPRSTUXZfgq

#6: タンパク質 KLLA0F09812p


分子量: 27649.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CKL3
#7: タンパク質 KLLA0D08305p


分子量: 26300.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CRK7
#9: タンパク質 KLLA0D10659p


分子量: 25385.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CRA3
#13: タンパク質 KLLA0E23673p


分子量: 21587.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CM18
#14: タンパク質 KLLA0B08173p


分子量: 12584.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CVZ5
#15: タンパク質 KLLA0A10483p


分子量: 17843.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CX80
#17: タンパク質 KLLA0F18040p


分子量: 16989.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CJK0
#19: タンパク質 KLLA0F07843p


分子量: 15986.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CKV4
#21: タンパク質 KLLA0B01474p


分子量: 15722.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CWU3
#22: タンパク質 KLLA0B01562p


分子量: 17084.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CWT9
#23: タンパク質 KLLA0A07194p


分子量: 15879.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CXM0
#24: タンパク質 KLLA0F25542p


分子量: 13337.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CIM1
#27: タンパク質 KLLA0B11231p


分子量: 16047.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: F2Z602
#29: タンパク質 KLLA0B06182p


分子量: 12002.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CW78
#35: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a


分子量: 17110.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: P69061
#36: タンパク質 KLLA0E12277p


分子量: 35830.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CNI7
#45: タンパク質 eIF3c,Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / eIF3c / Eukaryotic translation initiation factor 3 93 kDa subunit / eIF3 p93 / Nuclear transport ...eIF3c / Eukaryotic translation initiation factor 3 93 kDa subunit / eIF3 p93 / Nuclear transport protein NIP1 / Translation initiation factor eIF3 / p93 subunit


分子量: 86539.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NIP1, YMR309C, YM9924.01C, YM9952.11C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32497

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 h

#37: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41-A / リボソーム / L47 / Large ribosomal subunit protein eL41-A / YL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: P0CX86

-
Eukaryotic translation initiation factor ... , 9種, 9分子 ijklmoprs

#38: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 1A / eIF-1A / Eukaryotic translation initiation factor 4C / eIF-4C


分子量: 17462.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TIF11, YMR260C, YM8156.02C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P38912
#39: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / eIF-2-alpha


分子量: 34763.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SUI2, TIF211, YJR007W, J1429 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20459
#40: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma / eIF-2-gamma


分子量: 57942.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: GCD11, TIF213, YER025W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32481
#41: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta / eIF-2-beta


分子量: 31631.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SUI3, TIF212, YPL237W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P09064
#42: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 5 / eIF-5


分子量: 45321.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TIF5, YPR041W, YP3085.05 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P38431
#43: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / EIF3 / eIF3a / Eukaryotic translation initiation factor 3 110 kDa subunit homolog / eIF3 p110 / ...eIF3a / Eukaryotic translation initiation factor 3 110 kDa subunit homolog / eIF3 p110 / Translation initiation factor eIF3 / p110 subunit homolog


分子量: 110517.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RPG1, TIF32, YBR079C, YBR0734 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38249
#44: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / EIF3 / eIF3b / Cell cycle regulation and translation initiation protein / Eukaryotic translation ...eIF3b / Cell cycle regulation and translation initiation protein / Eukaryotic translation initiation factor 3 90 kDa subunit / eIF3 p90 / Translation initiation factor eIF3 p90 subunit


分子量: 88241.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PRT1, CDC63, YOR361C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P06103
#46: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / EIF3 / eIF3g / Eukaryotic translation initiation factor 3 RNA-binding subunit / eIF-3 RNA-binding subunit ...eIF3g / Eukaryotic translation initiation factor 3 RNA-binding subunit / eIF-3 RNA-binding subunit / Translation initiation factor eIF3 p33 subunit homolog / eIF3 p33 homolog


分子量: 30520.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TIF35, SCY_1313 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A6ZZ25
#47: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / EIF3 / eIF3i / Eukaryotic translation initiation factor 3 39 kDa subunit homolog / eIF-3 39 kDa subunit homolog


分子量: 38803.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TIF34, SCY_4321 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A6ZMK5

-
非ポリマー , 4種, 124分子

#48: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#49: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#50: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#51: 化合物 ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸


分子量: 521.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C2)RIBOSOME#1-#470MULTIPLE SOURCES
2RibosomeリボソームRIBOSOME#2, #4-#371NATURAL
3tRNA転移RNACOMPLEX#11NATURAL
4initiation factorsInitiation factorCOMPLEX#39-#41, #43-#471RECOMBINANT
5initiation factorsInitiation factorCOMPLEX#38, #421RECOMBINANT
6mRNA伝令RNACOMPLEX#31RECOMBINANT
分子量値: 1.8 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)284590
23Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
34Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
45Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
56Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
14Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
25Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
36synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 6.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMMES1
25 mMMagnessium acetate1
380 mMPotassium acetate1
410 mMAmmonium acetate1
52 mMDithiothreitol (DTT)1
60.001 mMZinc acetate1
70.6 mMATPアデノシン三リン酸1
80.25 mMGDPCP1
試料濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 78000 X / 倍率（補正後）: 104478 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 最高温度: 100 K / 最低温度: 90 K
撮影平均露光時間: 1.1 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2100
詳細: Images were collected in movie-mode at 32 frames per second

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0166 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EMAN粒子像選択
3EPU画像取得
5GctfCTF補正
8UCSF Chimera1.1モデルフィッティング
9Coot0.8モデルフィッティング
11RELION1.4初期オイラー角割当
12RELION1.4最終オイラー角割当
13RELION1.4分類
14RELION1.4３次元再構成
15REFMAC5.8モデル精密化
画像処理詳細: FEI Falcon III
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 394672
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 157868 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 49 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: FSC
精密化解像度: 3.02→3.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.891 / SU B: 12.082 / SU ML: 0.202 / ESU R: 0.292
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射
Rwork0.28889 --
obs0.28889 1364807 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 120.726 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20.43 Å20.33 Å2
2---0.57 Å2-0.16 Å2
3---0.49 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 104243
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0060.016110873
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.1941.671157654
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg17.9978.22618481
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg43.0523.1752709
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg20.2581511353
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg14.38215541
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1170.20717870
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0050.02167484
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it2.04814.22832494
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it3.69521.32540483
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it1.97911.02978379
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined9.059196831
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.576 100930 -
Rfree-0 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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