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- PDB-6fxg: Crystal structure of substrate binding domain 1 (SBD1) OF ABC tra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fxg
タイトルCrystal structure of substrate binding domain 1 (SBD1) OF ABC transporter GLNPQ in complex with Asparagine
要素Amino acid ABC transporter membrane protein PAAT family
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ASPARAGINE BINDING PROTEIN / AMINO ACID TRANSPORT / EXTRACELLULAR
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrogen compound transport / peptide transport / ligand-gated monoatomic ion channel activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / protein transport
類似検索 - 分子機能
Amino acid ABC transporter, permease protein, 3-TM domain / Solute-binding protein family 3, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 signature. / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF ...Amino acid ABC transporter, permease protein, 3-TM domain / Solute-binding protein family 3, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 signature. / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アスパラギン / ABC transporter permease subunit / Glutamine ABC transporter permease and substrate binding protein protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Guskov, A. / Schuurman-Wolters, G.K. / Poolman, B.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号
ERCABCvolume, #670578 オランダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of substrate binding domain 1 (SBD1) OF ABC transporter GLNPQ in complex with Asparagine
著者: Schuurman-Wolters, G.K. / Guskov, A. / Poolman, B.
履歴
登録2018年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amino acid ABC transporter membrane protein PAAT family
B: Amino acid ABC transporter membrane protein PAAT family
C: Amino acid ABC transporter membrane protein PAAT family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5206
ポリマ-74,1243
非ポリマー3963
16,952941
1
A: Amino acid ABC transporter membrane protein PAAT family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8402
ポリマ-24,7081
非ポリマー1321
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Amino acid ABC transporter membrane protein PAAT family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8402
ポリマ-24,7081
非ポリマー1321
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Amino acid ABC transporter membrane protein PAAT family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8402
ポリマ-24,7081
非ポリマー1321
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.870, 74.270, 110.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Amino acid ABC transporter membrane protein PAAT family


分子量: 24707.889 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GM are cloning artefacts, the real sequence starts from E, which should be # 27
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
遺伝子: LL275_1813 / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 参照: UniProt: A0A1V0NHP2, UniProt: Q9CES5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ASN / ASPARAGINE / アスパラギン / アスパラギン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.118 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C4H8N2O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 941 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.55 %
結晶化温度: 273 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M CH3COONa pH4.5, 0.05 M (CH3COO)Ca2, 40 % v/v propanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→44.261 Å / Num. obs: 135138 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 1.84 % / Rrim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.72 Å / Rrim(I) all: 0.101 / % possible all: 74

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KPT
解像度: 1.7→44.26 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.14 / 位相誤差: 16.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.17 6742 4.99 %
Rwork0.136 --
obs0.138 135138 92.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→44.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5168 0 25 941 6134
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095415
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9817323
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1593245
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056789
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007954
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.71930.21851740.18963416X-RAY DIFFRACTION74
1.7193-1.73960.22811990.18273767X-RAY DIFFRACTION81
1.7396-1.76080.23422090.18014075X-RAY DIFFRACTION89
1.7608-1.78310.21072280.17454249X-RAY DIFFRACTION92
1.7831-1.80650.22812380.17484496X-RAY DIFFRACTION95
1.8065-1.83130.21322230.16914393X-RAY DIFFRACTION96
1.8313-1.85750.19792330.16494390X-RAY DIFFRACTION95
1.8575-1.88520.19112290.15674377X-RAY DIFFRACTION95
1.8852-1.91460.19092280.14964368X-RAY DIFFRACTION95
1.9146-1.9460.20272300.16064347X-RAY DIFFRACTION95
1.946-1.97960.20092330.16044395X-RAY DIFFRACTION94
1.9796-2.01560.19212230.15454309X-RAY DIFFRACTION94
2.0156-2.05440.16742270.14344323X-RAY DIFFRACTION93
2.0544-2.09630.16792230.14164299X-RAY DIFFRACTION92
2.0963-2.14190.18562230.14014167X-RAY DIFFRACTION90
2.1419-2.19170.18552270.14214360X-RAY DIFFRACTION93
2.1917-2.24650.17622330.13384364X-RAY DIFFRACTION95
2.2465-2.30720.18292300.13754390X-RAY DIFFRACTION95
2.3072-2.37510.1582310.12264366X-RAY DIFFRACTION95
2.3751-2.45180.14912280.12364452X-RAY DIFFRACTION95
2.4518-2.53940.16042280.12144300X-RAY DIFFRACTION94
2.5394-2.64110.17072240.12594363X-RAY DIFFRACTION94
2.6411-2.76120.16942280.12844310X-RAY DIFFRACTION93
2.7612-2.90680.16622250.1344230X-RAY DIFFRACTION92
2.9068-3.08890.17822170.14214159X-RAY DIFFRACTION90
3.0889-3.32730.16792340.13274336X-RAY DIFFRACTION94
3.3273-3.6620.14582320.12634351X-RAY DIFFRACTION94
3.662-4.19150.1542300.11474387X-RAY DIFFRACTION94
4.1915-5.27950.14892290.10654330X-RAY DIFFRACTION93
5.2795-44.27580.14612260.14724327X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4959-2.21710.31515.92250.21882.060.0148-0.03540.07010.14950.0665-0.08660.0137-0.2008-0.04570.0642-0.00990.03440.14280.02550.059237.601912.3981147.3649
27.36985.81556.99014.59025.50677.03310.1282-0.1717-0.05120.2826-0.0674-0.03030.1212-0.11940.01460.1593-0.002-0.01630.12890.01520.10848.56686.0975155.9388
31.99792.0366-1.9793.1674-4.47027.474-0.0007-0.11320.10630.3944-0.02-0.1671-0.20990.03690.05650.148-0.0118-0.04020.0974-0.01750.129355.875919.7389152.5388
45.7308-0.8623-1.82465.36331.88333.80410.21410.03080.441-0.0927-0.0037-0.1587-0.3198-0.165-0.05650.19-0.03280.0250.09780.00170.076348.054254.805156.9291
52.9578-1.27440.34582.10650.82313.25380.0720.03420.26360.00360.0358-0.2086-0.25130.0431-0.03890.2144-0.02080.06060.0721-0.01150.157147.800356.051155.9468
60.6572-0.41570.12321.0026-0.03270.81450.0217-0.0211-0.03290.117-0.0099-0.02720.0052-0.0338-0.01660.168-0.03750.01080.1139-0.01150.127451.746440.0397157.7498
77.11120.0931-1.41075.1564-0.69785.23460.0009-0.0869-0.3232-0.0757-0.0054-0.30320.12290.39420.11260.15040.0226-0.02470.1444-0.03540.088144.280760.4715117.4331
83.89861.238-0.21473.9989-0.71384.2245-0.12170.1346-0.4135-0.14060.1604-0.25620.35720.36160.0510.17830.01260.00070.1597-0.06170.162143.841356.1039111.2161
90.9730.7839-0.34732.1215-0.40623.7175-0.08280.0943-0.0739-0.09050.1577-0.1430.06570.5253-0.09450.1043-0.019-0.01310.2113-0.03280.130348.499366.0863119.2215
100.97410.207-0.50131.3440.35152.3847-0.026-0.03060.0028-0.031-0.06740.20190.0564-0.21790.04180.1009-0.0112-0.02720.1462-0.01770.136129.815766.0087130.9146
112.18031.1154-1.35391.745-0.61712.8678-0.11050.0703-0.0382-0.11490.02240.09140.1002-0.27370.08670.157-0.0169-0.03490.1426-0.02170.12430.668262.4853122.6983
124.90473.71765.93893.78715.05997.5769-0.22640.21620.2549-0.12860.1460.0278-0.49460.32960.04910.316-0.0542-0.00150.1858-0.00020.122440.287568.5647103.3736
135.22372.3372-2.93136.9199-4.30473.51920.02070.17170.01640.03230.21150.480.7009-0.649-0.12480.2765-0.0687-0.01320.1997-0.01890.161432.256255.5107107.1958
140.3376-0.12420.4950.085-0.17290.7183-0.0251-0.0206-0.01160.1513-0.0182-0.1096-0.0905-0.0170.0420.0574-0.0120.030.14050.00420.09442.164341.921141.5743
151.8813-1.85970.68212.6973-1.20251.08530.0970.0254-0.175-0.17110.0530.0720.18610.0223-0.12690.1046-0.0051-0.00970.1056-0.00240.097949.368210.0729139.7322
161.70972.8233-2.01545.8781-3.59313.7815-0.07290.0652-0.17090.0435-0.1278-0.39150.1360.16210.26850.08140.0091-0.02390.1366-0.00980.147456.052411.3216143.1664
171.42120.40740.0833.6557-0.36783.48890.04670.0921-0.1137-0.0972-0.01470.08660.1267-0.023-0.0310.0979-0.0031-0.00880.078-0.01260.085345.13695.3106138.3515
180.95820.5464-0.48673.2337-1.50081.9307-0.0219-0.02060.09670.1580.16360.269-0.1367-0.184-0.11140.06670.01260.00330.1301-0.00960.105537.378421.2172144.2168
193.2594-3.19670.39294.5601-1.17173.98980.03270.11070.4814-0.09620.02340.2556-0.256-0.2791-0.03310.0953-0.0172-0.03910.12950.02540.276731.828.7077134.5773
202.8166-0.38110.26371.9512-0.13331.6624-0.0390.05340.1245-0.16340.05240.2549-0.0489-0.15910.00850.10940.0058-0.02350.0970.01630.141636.744326.7991135.0887
213.93722.4273-0.76465.8114-1.18598.0154-0.15480.07060.0746-0.10850.1034-0.0969-0.05320.0870.03640.10540.0106-0.00750.0579-0.01290.101544.562934.177138.5383
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
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2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 221 THROUGH 237 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 238 THROUGH 251 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 26 THROUGH 43 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 44 THROUGH 84 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 85 THROUGH 251 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'C' AND (RESID 27 THROUGH 43 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'C' AND (RESID 44 THROUGH 65 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'C' AND (RESID 66 THROUGH 94 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'C' AND (RESID 95 THROUGH 180 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'C' AND (RESID 181 THROUGH 220 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'C' AND (RESID 221 THROUGH 237 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'C' AND (RESID 238 THROUGH 250 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'D' AND (RESID 1 THROUGH 3 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'A' AND (RESID 27 THROUGH 43 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'A' AND (RESID 44 THROUGH 65 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'A' AND (RESID 66 THROUGH 94 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'A' AND (RESID 95 THROUGH 128 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'A' AND (RESID 129 THROUGH 143 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'A' AND (RESID 144 THROUGH 193 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'A' AND (RESID 194 THROUGH 203 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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