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- PDB-6fsz: Structure of the nuclear RNA exosome -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 6fsz
タイトルStructure of the nuclear RNA exosome
構成要素
  • (Exosome complex component ...エキソソーム複合体) x 9
  • (Exosome complex exonuclease ...) x 2
  • ATP-dependent RNA helicase DOB1
  • Exosome complex protein LRP1エキソソーム複合体
  • M-phase phosphoprotein 6 homolog,M-phase phosphoprotein 6 homolog,Nuclear exosome-associated RNA binding protein,M-phase phosphoprotein 6 homolog
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードRNA (リボ核酸) / RNA exosome / Ribosome (リボソーム) / pre-ribosome / Mtr4 / Helicase (ヘリカーゼ)
機能・相同性Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / Exosome complex component RRP45 / PIN-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / Exosome complex component, N-terminal domain / rRNA-processing arch domain / RNA-binding domain, S1 ...Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / Exosome complex component RRP45 / PIN-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / Exosome complex component, N-terminal domain / rRNA-processing arch domain / RNA-binding domain, S1 / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Exosome complex component CSL4, C-terminal / M-phase phosphoprotein 6 / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Nucleic acid-binding, OB-fold / Ribonuclease H-like superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / Prismane-like superfamily / Exosome-associated factor Rrp47/DNA strand repair C1D / HRDC-like superfamily / Sas10/Utp3/C1D / S1 domain / PIN domain / 3'-5' exonuclease domain / HRDC domain / Ribonuclease II/R / Exosome complex component Rrp43 / Rrp44-like cold shock domain / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / rRNA-processing arch domain / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / HRDC domain profile. / S1 domain profile. / Ribonuclease II family signature. / Rrp44-like cold shock domain / S1 domain / KH domain / Exosome complex exonuclease RRP4 N-terminal region / PIN domain / Exosome component EXOSC1/CSL4 / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / M-phase phosphoprotein 6 / DSHCT (NUC185) domain / PMC2NT (NUC016) domain / Sas10/Utp3/C1D family / 3' exoribonuclease family, domain 2 / 3'-5' exonuclease / 3' exoribonuclease family, domain 1 / RNB domain / HRDC domain / Helicase conserved C-terminal domain / DEAD/DEAH box helicase / Exosome complex component Csl4 / Rrp40, S1 domain / K Homology domain, type 1 superfamily / Helicase, C-terminal / K Homology domain, type 1 / regulation of exoribonuclease activity / ncRNA polyadenylation / nuclear mRNA surveillance of spliceosomal pre-mRNA splicing / ncRNA 3'-end processing / TRAMP complex / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / maturation of 5.8S rRNA / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / nuclear retention of pre-mRNA with aberrant 3'-ends at the site of transcription / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, exonucleolytic, 3'-5' / U1 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / nuclear retention of pre-mRNA at the site of transcription / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / CUT catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent tRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / exosome (RNase complex) / nuclear exosome (RNase complex) / U4 snRNA 3'-end processing / polyadenylation-dependent snoRNA 3'-end processing / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / histone mRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / Hydrolases, Acting on ester bonds, Endoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / rRNA metabolic process / posttranscriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / ATP-dependent 3'-5' RNA helicase activity
機能・相同性情報
試料の由来Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
実験手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 4.6 Å 分解能
データ登録者Schuller, J.M. / Falk, S. / Conti, E.
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structure of the nuclear exosome captured on a maturing preribosome.
著者: Jan Michael Schuller / Sebastian Falk / Lisa Fromm / Ed Hurt / Elena Conti
要旨: The RNA exosome complex processes and degrades a wide range of transcripts, including ribosomal RNAs (rRNAs). We used cryo-electron microscopy to visualize the yeast nuclear exosome holocomplex ...The RNA exosome complex processes and degrades a wide range of transcripts, including ribosomal RNAs (rRNAs). We used cryo-electron microscopy to visualize the yeast nuclear exosome holocomplex captured on a precursor large ribosomal subunit (pre-60) during 7-to-5.8 rRNA processing. The cofactors of the nuclear exosome are sandwiched between the ribonuclease core complex (Exo-10) and the remodeled "foot" structure of the pre-60 particle, which harbors the 5.8 rRNA precursor. The exosome-associated helicase Mtr4 recognizes the preribosomal substrate by docking to specific sites on the 25 rRNA, captures the 3' extension of the 5.8 rRNA, and channels it toward Exo-10. The structure elucidates how the exosome forms a structural and functional unit together with its massive pre-60 substrate to process rRNA during ribosome maturation.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2018年2月20日 / 公開: 2018年3月21日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02018年3月21日Structure modelrepositoryInitial release
1.12018年4月4日Structure modelData collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summaryentity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif_entity.details / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
1.22018年4月25日Structure modelData collection / Database referencescitation_citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4301
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AA: Exosome complex component RRP45
BB: Exosome complex component SKI6
CC: Exosome complex component RRP43
DD: Exosome complex component RRP46
EE: Exosome complex component RRP42
FF: Exosome complex component MTR3
GG: Exosome complex component RRP40
HH: Exosome complex component RRP4
II: Exosome complex component CSL4
JJ: Exosome complex exonuclease DIS3
KK: Exosome complex exonuclease RRP6
LL: Exosome complex protein LRP1
MM: ATP-dependent RNA helicase DOB1
NN: M-phase phosphoprotein 6 homolog,M-phase phosphoprotein 6 homolog,Nuclear exosome-associated RNA binding protein,M-phase phosphoprotein 6 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)641,38915
ポリマ－641,38915
非ポリマ－00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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構成要素

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RNA鎖 , 1種, 1分子 2

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 7158.137 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
Exosome complex component ... , 9種, 9分子 AABBCCDDEEFFGGHHII

#2: タンパク質・ペプチド Exosome complex component RRP45 / エキソソーム複合体 / Ribosomal RNA-processing protein 45


分子量: 33799.590 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRP45, YDR280W, D9954.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05636
#3: タンパク質・ペプチド Exosome complex component SKI6 / エキソソーム複合体 / Extracellular mutant protein 20 / Ribosomal RNA-processing protein 41 / Superkiller protein 6


分子量: 27794.926 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SKI6, ECM20, RRP41, YGR195W, G7587 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46948
#4: タンパク質・ペプチド Exosome complex component RRP43 / エキソソーム複合体 / Ribosomal RNA-processing protein 43


分子量: 43977.805 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRP43, YCR035C, YCR35C, YCR522 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25359
#5: タンパク質・ペプチド Exosome complex component RRP46 / エキソソーム複合体 / Ribosomal RNA-processing protein 46


分子量: 26913.988 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRP46, YGR095C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53256
#6: タンパク質・ペプチド Exosome complex component RRP42 / エキソソーム複合体 / Ribosomal RNA-processing protein 42


分子量: 29294.398 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRP42, YDL111C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12277
#7: タンパク質・ペプチド Exosome complex component MTR3 / エキソソーム複合体 / mRNA transport regulator 3


分子量: 27559.869 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MTR3, YGR158C, G6676 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P48240
#8: タンパク質・ペプチド Exosome complex component RRP40 / エキソソーム複合体 / Ribosomal RNA-processing protein 40


分子量: 26778.551 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRP40, YOL142W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08285
#9: タンパク質・ペプチド Exosome complex component RRP4 / エキソソーム複合体 / Ribosomal RNA-processing protein 4


分子量: 39714.445 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRP4, YHR069C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38792
#10: タンパク質・ペプチド Exosome complex component CSL4 / エキソソーム複合体 / CEP1 synthetic lethal protein 4


分子量: 32805.645 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CSL4, SKI4, YNL232W, N1154 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53859

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Exosome complex exonuclease ... , 2種, 2分子 JJKK

#11: タンパク質・ペプチド Exosome complex exonuclease DIS3 / Chromosome disjunction protein 3 / Ribosomal RNA-processing protein 44


分子量: 113983.898 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DIS3, RRP44, YOL021C, O2197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q08162, Hydrolases, Acting on ester bonds, Exoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters, Hydrolases, Acting on ester bonds, Endoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters
#12: タンパク質・ペプチド Exosome complex exonuclease RRP6 / Ribosomal RNA-processing protein 6


分子量: 84159.586 Da / 分子数: 1 / 詳細: Inactive point mutant D296N / 変異: D296N
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRP6, UNC733, YOR001W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q12149, Hydrolases, Acting on ester bonds, Exoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters

-
タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 LLMMNN

#13: タンパク質・ペプチド Exosome complex protein LRP1 / エキソソーム複合体 / Like an rRNA processing protein 1 / Yeast C1D domain-containing protein / rRNA processing protein 47


分子量: 21086.297 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LRP1, RRP47, YC1D, YHR081W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38801
#14: タンパク質・ペプチド ATP-dependent RNA helicase DOB1 / mRNA transport regulator MTR4


分子量: 122260.094 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MTR4, DOB1, YJL050W, J1158 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47047, ヘリカーゼ
#15: タンパク質・ペプチド M-phase phosphoprotein 6 homolog,M-phase phosphoprotein 6 homolog,Nuclear exosome-associated RNA binding protein,M-phase phosphoprotein 6 homolog / Exosome-associated RNA-binding protein MPP6


分子量: 4101.711 Da / 分子数: 1
詳細: Residues labeled as unknown - belongs to Mpp6 but the sequence is not known,Residues labeled as ...Residues labeled as unknown - belongs to Mpp6 but the sequence is not known,Residues labeled as unknown - belongs to Mpp6 but the sequence is not known,Residues labeled as unknown - belongs to Mpp6 but the sequence is not known,Residues labeled as unknown - belongs to Mpp6 but the sequence is not known
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母), (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MPP6, YNR024W, N3230 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53725

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実験情報

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実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent ID由来
1Nuclear RNA exosomeCOMPLEX1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 150MULTIPLE SOURCES
2Nuclear RNA exosomeCOMPLEX2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 151RECOMBINANT
3nucleic acidCOMPLEX11NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)
ID構成単位・集合体のIDNcbi tax ID生物種
224932Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
334932Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 38.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成分解能: 4.6 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22439 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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