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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fg3 | |||||||||
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タイトル | Structure of Ryanodine receptor 1 in nanodiscs in the presence of calcium, ATP and ryanodine | |||||||||
要素 | Ryanodine receptor 1 | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / calcium release channel / nanodiscs | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP-gated ion channel activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / skin development / cellular response to caffeine / intracellularly gated calcium channel activity / outflow tract morphogenesis ...ATP-gated ion channel activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / skin development / cellular response to caffeine / intracellularly gated calcium channel activity / outflow tract morphogenesis / organelle membrane / toxic substance binding / voltage-gated calcium channel activity / skeletal muscle fiber development / release of sequestered calcium ion into cytosol / sarcoplasmic reticulum membrane / cellular response to calcium ion / 筋小胞体 / muscle contraction / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / intracellular calcium ion homeostasis / disordered domain specific binding / protein homotetramerization / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Willegems, K. / Efremov, R.G. | |||||||||
資金援助 | ベルギー, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2018 タイトル: Influence of Lipid Mimetics on Gating of Ryanodine Receptor. 著者: Katrien Willegems / Rouslan G Efremov / 要旨: Understanding gating principles of ion channels at high resolution is of great importance. Here we investigate the conformational transition from closed to open state in ryanodine receptor 1 (RyR1) ...Understanding gating principles of ion channels at high resolution is of great importance. Here we investigate the conformational transition from closed to open state in ryanodine receptor 1 (RyR1) reconstituted into lipid nanodiscs. RyR1 is a homotetrameric giant ion channel that couples excitation of muscle cells to fast calcium release from the sarcoplasmic reticulum. Using single-particle cryo-EM we show that RyR1 reconstituted into lipid nanodiscs is stabilized in the open conformation when bound to the plant toxin ryanodine, but not in the presence of its physiological activators, calcium and ATP. Further, using ryanodine binding assays we show that membrane mimetics influence RyR1 transition between closed and open-channel conformations. We find that all detergents, including fluorinated detergents added to nanodiscs, stabilize closed state of RyR1. Our biochemical results correlate with available structural data and suggest optimal conditions for structural studies of RyR1 gating. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fg3.cif.gz | 2.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fg3.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6fg3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/6fg3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/6fg3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 532033.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 詳細: Poly Unk stretches correspond to polypeptide regions where the register is not assigned. 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 株: New Zealand white rabbit / 組織: skeletal muscle骨格筋 / 参照: UniProt: P11716 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-CA / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ryanodine receptor 1 reconstituted in lipid nanodiscs in the presence of calcium, ATP and ryanodine タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 2.2 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 株: New Zealand white rabbit / 細胞内の位置: sarcoplasmic reticulum / 組織: skeletal muscle | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Glow discharged in ELMO plasma cleaner at current of 3 mA for 1 min. グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 凍結前の試料温度: 293.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 28 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3078 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 7 / 利用したフレーム数/画像: 1-7 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 75794 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61773 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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