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万見
- PDB-6fe8: Cryo-EM structure of the core Centromere Binding Factor 3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fe8
タイトルCryo-EM structure of the core Centromere Binding Factor 3 complex
要素
  • Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B
  • Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C
  • Suppressor of kinetochore protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Centromere (セントロメア) / CDEIII-binding / LRR domain (ロイシンリッチリピート)
機能・相同性
機能・相同性情報


RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / septin ring assembly / centromeric DNA binding ...RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / septin ring assembly / centromeric DNA binding / regulation of exit from mitosis / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / vacuolar acidification / kinetochore assembly / regulation of metabolic process / exit from mitosis / positive regulation of glucose transmembrane transport / protein neddylation / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / silent mating-type cassette heterochromatin formation / mitochondrial fusion / DNA binding, bending / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / SCF複合体 / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / DNA replication origin binding / regulation of mitotic cell cycle / cullin family protein binding / subtelomeric heterochromatin formation / regulation of protein-containing complex assembly / 細胞内膜系 / negative regulation of cytoplasmic translation / G1/S transition of mitotic cell cycle / 動原体 / G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic cell cycle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / zinc ion binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B, C-terminal / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 ...Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B, C-terminal / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B / Suppressor of kinetochore protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Zhang, W.J. / Lukoynova, N. / Miah, S. / Vaughan, C.K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J007595/1 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Insights into Centromere DNA Bending Revealed by the Cryo-EM Structure of the Core Centromere Binding Factor 3 with Ndc10.
著者: Wenjuan Zhang / Natalya Lukoyanova / Shomon Miah / Jonathan Lucas / Cara K Vaughan /
要旨: The centromere binding factor 3 (CBF3) complex binds the third centromere DNA element in organisms with point centromeres, such as S. cerevisiae. It is an essential complex for assembly of the ...The centromere binding factor 3 (CBF3) complex binds the third centromere DNA element in organisms with point centromeres, such as S. cerevisiae. It is an essential complex for assembly of the kinetochore in these organisms, as it facilitates genetic centromere specification and allows association of all other kinetochore components. We determined high-resolution structures of the core complex of CBF3 alone and in association with a monomeric construct of Ndc10, using cryoelectron microscopy (cryo-EM). We identify the DNA-binding site of the complex and present a model in which CBF3 induces a tight bend in centromeric DNA, thus facilitating assembly of the centromeric nucleosome.
履歴
登録2017年12月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine
改定 1.22019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4241
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B
B: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B
C: Suppressor of kinetochore protein 1
D: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,3674
ポリマ－220,3674
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, It shows a single and symmetric peak at an elution volume corresponding to 220kDa.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13630 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area66160 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B / Centromere protein 3


分子量: 68454.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Model is numbered according to
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CEP3, CBF3, CBF3B, CSL1, YMR168C, YM8520.17C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40969
#2: タンパク質 Suppressor of kinetochore protein 1 / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit D / E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit SKP1


分子量: 22558.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SKP1, CBF3D, YDR328C, D9798.14 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P52286
#3: タンパク質 Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C / Chromosome transmission fidelity protein 13 / Kinetochore protein CTF13


分子量: 60899.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CTF13, CBF3C, YMR094W, YM6543.01, YM9582.19 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P35203

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The core Centromere Binding Factor 3 complex / タイプ: COMPLEX
詳細: The core CBF3 complex, recombinantly expressed in Saccharomyces cerevisiae. It comprises a Cep3 homodimer, in which the binuclear zinc cluster domains are truncated, and full length Skp1 and Ctf13 components.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.22 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1200 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
215 mMTris base1
32 mMDTT1
試料濃度: 0.12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The sample is homogeneous and well-dispersed on grids.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（補正後）: 47170 X / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影

Imaging-ID: 1 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1

ID平均露光時間 (sec.)電子線照射量 (e/Å2)実像数
10.44.61236
20.3754.061101
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2992: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細Image processing-ID
1Gautomatch粒子像選択Gautomatch was used to pick a subset of the initial dataset for making references and for further automatic particle picking of the initial dataset1
3EPU1.9.1画像取得Data collection
5CTFFIND4CTF補正CTF parameters were estimated using CTFFIND41
8UCSF Chimera1.8.1モデルフィッティングUsed for initial placement of Cep3 and BTB/POZ domain of Skp1
11Coot0.8.8モデルフィッティングUsed for ab initio building of all of Ctf13, the C-terminal section of Skp1, and parts of Cep3 where new density was visible or where it deviated from the crystal structure coordinates
12PHENIX1.13モデル精密化Real Space Refinement Protocol
13REFMACモデル精密化
14RELION2初期オイラー角割当1
16RELION2最終オイラー角割当1
18RELION2分類1
20RELION2３次元再構成1
22Gautomatch粒子像選択Gautomatch was used to pick a subset of the initial dataset for making references and for further automatic particle picking of the initial dataset2
33CTFFIND4CTF補正CTF parameters were estimated using CTFFIND42
35RELION2初期オイラー角割当2
37RELION2最終オイラー角割当2
39RELION2分類2
41RELION2３次元再構成2
画像処理
IDImage recording-ID詳細
11The selected images were high-pass filtered and normalized.
22The selected images were high-pass filtered and normalized.
CTF補正
IDEM image processing-IDタイプ
11PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
22PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択
IDImage processing-ID選択した粒子像数
11139303
22289281
対称性
IDImage processing-IDEntry-ID点対称性
116FE8C1 (非対称)
226FE8C1 (非対称)
3次元再構成

アルゴリズム: FOURIER SPACE / Entry-ID: 6FE8 / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 対称性のタイプ: POINT

ID解像度 (Å)粒子像の数Image processing-ID詳細クラス平均像の数
14.16939213D auto-refinement of all the good particles from 2D classification, provided a reconstruction at 4.7 angstrom overall resolution. After post-process by RELION and sharpened by a negative B-factor using an automated procedure resulting in a 4.1 angstrom reconstruction.4
23.71876062187, 606 particles were in the best two 3D classes. 3D auto-refinement of the 3D joined classes against the corresponding particles resulted in a final reconstruction.2
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-IDPdb chain residue range
12VEQ

2veq

A148-608
21NEX

1nex

A1
精密化解像度: 3.7→127.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.884 / ESU R: 1.068
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.29358 --
obs0.29358 62402 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 117.316 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.92 Å21.76 Å2-5.08 Å2
2---2.74 Å2-1.5 Å2
3---1.82 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 12393
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.020.01912682
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.0211685
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg2.251.95517218
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg3.765326900
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg7.60551535
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg30.62523.657566
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg15.126152140
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg15.5631568
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1490.21966
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0090.0213935
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0130.022754
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it18.68910.9986176
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other18.68310.9976175
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it30.38616.3937699
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other30.38416.3957700
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it26.28913.1336506
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other26.28713.1336506
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other41.65818.7279520
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined50.88614953
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other50.84614949
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.7→3.796 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.615 4633 -
Rfree-0 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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