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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fdd | ||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of the HHD2 Domain of Whirlin | ||||||||||||
要素 | Whirlin | ||||||||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Usher syndrome (アッシャー症候群) / scaffold protein (足場タンパク質) / hearing (聴覚) / deafness (難聴) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 axon collateral / paranodal junction maintenance / periciliary membrane compartment / USH2 complex / stereocilia ankle link / inner ear receptor cell differentiation / stereocilia ankle link complex / cerebellar Purkinje cell layer formation / sensory perception of light stimulus / photoreceptor connecting cilium ...axon collateral / paranodal junction maintenance / periciliary membrane compartment / USH2 complex / stereocilia ankle link / inner ear receptor cell differentiation / stereocilia ankle link complex / cerebellar Purkinje cell layer formation / sensory perception of light stimulus / photoreceptor connecting cilium / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / stereocilium bundle / stereocilium / apical dendrite / retina homeostasis / auditory receptor cell stereocilium organization / photoreceptor inner segment / dendritic shaft / ciliary basal body / マイクロフィラメント / establishment of localization in cell / sensory perception of sound / establishment of protein localization / 繊毛 / presynapse / 成長円錐 / postsynapse / neuron projection / protein domain specific binding / neuronal cell body / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Delhommel, F. / Cordier, F. / Saul, F. / Haouz, A. / Wolff, N. | ||||||||||||
資金援助 | フランス, 3件
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引用 | ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018 タイトル: Structural plasticity of the HHD2 domain of whirlin. 著者: Delhommel, F. / Cordier, F. / Saul, F. / Chataigner, L. / Haouz, A. / Wolff, N. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fdd.cif.gz | 115.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fdd.ent.gz | 95.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fdd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/6fdd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/6fdd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9916.566 Da / 分子数: 6 / 断片: WHIRLIN DOMAIN HHD2 RESIDUES 420-499 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Whrn, Dfnb31, Kiaa1526 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q80VW5 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: ammonium sulfate 1.26M cacodylate 0.7M |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97917 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97917 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→49.17 Å / Num. obs: 54049 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 27.66 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2966 / CC1/2: 0.681 / Rpim(I) all: 0.63 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→47.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU R Cruickshank DPI: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.121 / SU Rfree Blow DPI: 0.108 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.104
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.55 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.75→47.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
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