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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fc5 | ||||||||||||
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タイトル | Bik1 CAP-Gly domain | ||||||||||||
要素 | Microtubule-associated protein | ||||||||||||
キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / +TIP / CAP-Gly / microtubule (微小管) / yeast (酵母) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2-micrometer plasmid partitioning / nuclear migration involved in conjugation with cellular fusion / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion / mitotic spindle elongation / cell tip / microtubule plus-end / microtubule plus-end binding / mating projection tip / spindle pole body / microtubule associated complex ...2-micrometer plasmid partitioning / nuclear migration involved in conjugation with cellular fusion / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion / mitotic spindle elongation / cell tip / microtubule plus-end / microtubule plus-end binding / mating projection tip / spindle pole body / microtubule associated complex / negative regulation of microtubule polymerization / establishment of mitotic spindle orientation / cytoplasmic microtubule organization / spindle microtubule / spindle / 動原体 / 細胞皮質 / microtubule binding / 細胞分裂 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kumar, A. / Stangier, M.M. / Steinmetz, M.O. | ||||||||||||
資金援助 | スイス, 3件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2018 タイトル: Structure-Function Relationship of the Bik1-Bim1 Complex. 著者: Stangier, M.M. / Kumar, A. / Chen, X. / Farcas, A.M. / Barral, Y. / Steinmetz, M.O. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fc5.cif.gz | 26.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fc5.ent.gz | 19.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fc5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/6fc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/6fc5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11357.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: GPMDRYQRKIGCFIQIPNLGRGQLKYVGPVDTKAGMFAGVDLLANIGKNDGSFMGKKYFQTE YPQSGLFIQLQKVASLIEKASISQTSRRTTMEPLSIPKNR 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: BIK1, SCKG_5419 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A250WN99, UniProt: P11709*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.41 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M sodium cacodylate, 1.0 M sodium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→40.4 Å / Num. obs: 7731 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 25 % / Net I/σ(I): 28.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.95 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→40.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.737 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.122 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.45 Å2 / Biso mean: 34.056 Å2 / Biso min: 16.68 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.88→40.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.883→1.931 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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