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- PDB-6f9s: Crystal structure of the C-terminal RecA domain of DDX6 in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f9s
タイトルCrystal structure of the C-terminal RecA domain of DDX6 in complex with a conserved peptide from LSM14
要素
  • Cytokinesis, Apoptosis, RNA-associated細胞質分裂
  • Probable ATP-dependent RNA helicase DDX6
キーワードRNA (リボ核酸) / mRNA turnover / translational repression / decapping
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / mitotic spindle midzone / messenger ribonucleoprotein complex / viral RNA genome packaging / P-body assembly / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / P granule / RISC complex / stem cell population maintenance / 中心体マトリックス ...mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / mitotic spindle midzone / messenger ribonucleoprotein complex / viral RNA genome packaging / P-body assembly / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / P granule / RISC complex / stem cell population maintenance / 中心体マトリックス / negative regulation of neuron differentiation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / stress granule assembly / helicase activity / P-body / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / 紡錘体 / neuron differentiation / 転写後修飾 / cytoplasmic stress granule / negative regulation of translation / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / cadherin binding / ribonucleoprotein complex / protein domain specific binding / mRNA binding / positive regulation of gene expression / 小胞体 / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
FFD box / TFG box / FFD box profile. / TFG box profile. / Scd6-like Sm domain / Lsm14-like, N-terminal / Scd6-like Sm domain / FDF domain / FDF domain / DFDF domain ...FFD box / TFG box / FFD box profile. / TFG box profile. / Scd6-like Sm domain / Lsm14-like, N-terminal / Scd6-like Sm domain / FDF domain / FDF domain / DFDF domain / DFDF domain profile. / FDF / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / LSM domain superfamily / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX6 / Cytokinesis, Apoptosis, RNA-associated
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Jinek, M. / Brandmann, T.
資金援助 スイス, カナダ, 5件
組織認可番号国
European Research CouncilERC-StG-337284 スイス
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-130425 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada (NSERC)RGPIN-2015-03712 カナダ
NSERC Discovery and Accelerator SupplementRGPIN-2014-06434 カナダ
NSERC Discovery and Accelerator SupplementRGPAS 462169 カナダ
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2018
タイトル: Molecular architecture of LSM14 interactions involved in the assembly of mRNA silencing complexes.
著者: Brandmann, T. / Fakim, H. / Padamsi, Z. / Youn, J.Y. / Gingras, A.C. / Fabian, M.R. / Jinek, M.
履歴
登録2017年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX6
B: Cytokinesis, Apoptosis, RNA-associated
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6304
ポリマ－30,4372
非ポリマー1922
水181
1
A: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX6
B: Cytokinesis, Apoptosis, RNA-associated
ヘテロ分子

A: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX6
B: Cytokinesis, Apoptosis, RNA-associated
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2598
ポリマ－60,8754
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area8010 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area22360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.148, 92.148, 149.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX6 / ATP-dependent RNA helicase p54 / DEAD box protein 6 / Oncogene RCK


分子量: 20008.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX6, HLR2, RCK / プラスミド: pML-2MT Addgene #29708 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P26196, ヘリカーゼ
#2: タンパク質 Cytokinesis, Apoptosis, RNA-associated / 細胞質分裂


分子量: 10429.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: car-1, CELE_Y18D10A.17, Y18D10A.17 / プラスミド: pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XW17
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.83 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.55 M Li2SO4, 0.1 M Hepes pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.03→46.07 Å / Num. obs: 7824 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 31.5
反射 シェル解像度: 3.03→3.14 Å / 冗長度: 19.7 % / Rmerge(I) obs: 1.118 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 763 / CC1/2: 0.875 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WAY

2way


解像度: 3.03→46.07 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2423 678 4.89 %
Rwork0.2042 --
obs0.2061 7824 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.03→46.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1734 0 10 1 1745
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031774
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4842386
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.6611061
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039259
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003307
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0285-3.26230.3721370.29812643X-RAY DIFFRACTION99
3.2623-3.59050.27781390.22842623X-RAY DIFFRACTION100
3.5905-4.10980.24641350.20222633X-RAY DIFFRACTION100
4.1098-5.17680.20831330.16812643X-RAY DIFFRACTION100
5.1768-46.07930.21911340.20162643X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -27.4166 Å / Origin y: 17.3755 Å / Origin z: 6.1882 Å
111213212223313233
T0.3403 Å20.0543 Å20.0069 Å2-0.3616 Å2-0.0601 Å2--0.37 Å2
L0.635 °20.0602 °2-0.2204 °2-1.7052 °20.6753 °2--1.7472 °2
S0.0773 Å °0.0296 Å °-0.0137 Å °-0.043 Å °0.0015 Å °0.1467 Å °-0.119 Å °0.0023 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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